docs: 任务书 03 医生核对包；TIC 拟合约束文献核查记录

来源：负责人 2026-10-17 要求把 29 例处理结果整理成医生能看的格式并做成长期入口（表格 CSV、文字 PDF、视频不压缩、不向医生提问、问题清单只写现象）；文献核查为负责人要求的质量门依据核对，结论待医生看过后再定。

Co-Authored-By: Claude Opus 5.5 <noreply@anthropic.com>

research-wiki/scratch/2026-10-17-TIC拟合约束文献核查/D-old-sources.md

@@ -0,0 +1,64 @@
+# Lognormal 拟合质量门参数：旧项目溯源
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+路径前缀：`OLD` = `/home/iomgaa/Projects/CADx-4/reference/CADx-4-CAD`。旧代码行号指当前 HEAD 的 `OLD/app/domain/ceus_roi/tic_fitting.py`。
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+## 结论
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+`tic_analysis.fitting` 里的每一个数，旧项目里都找不到论文出处，也找不到临床方出处，全部是工程侧在第一轮四段视频工程验收时定的占位值。旧 design/0043、0044 明确写了：这些数**不进决策记录**，要等「代表性开发集」标定后才锁定；而旧项目直到结束也没有做这次标定。两个引入提交（`6630872`、`5d83603`）的提交说明只有标题，没有正文。现在 yaml 注释写的「出自旧项目 design/0044」只说明这些数是在 0044 那次提交引入的，0044 正文里一个数都没有。
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+旧仓库的临床规范抄本（`535c387` 里的 08-16 重写稿）给多峰判据和主峰判据定了**另一组数**（0.80 / 3.0 秒），和拟合段的 `multi_peak_*`、`minimum_peak_distance_s` 对不上。见第 6 行和「没把握的地方」。
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+## 一、逐条溯源表
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+| # | 约束 | 当前值 | 引入提交 | 出处原文（文件:行号） | 出处类别 |
+|---|---|---|---|---|---|
+| 1a | 峰高上界 = 幅度 × 10 | `height_upper = max(amplitude*10.0, 1.0)` | `5d83603`（2026-09-18，「收紧双曲线拟合与截图就绪门」，无正文）。v1 `6630872` 用的是面积上界 `amplitude*duration*100`（`git show 6630872:app/domain/ceus_roi/tic_fitting.py` 第 352 行） | 旧代码 `tic_fitting.py:457`，没有注释。0043:154-155「约束至少保证 `A > 0`、`σ > 0`……边界的数值不在本文重复，最终进入工程配置并由标定数据决定」 | 工程侧自定（写死在代码里，没进配置） |
+| 1b | 峰时刻窗：候选峰 ±`candidate_long_window_s`(5 s)，并且离拟合区间头尾各 `boundary_margin_s`(0.25 s) | 5.0 / 0.25 | `candidate_long_window_s` 是 `5d83603` 引入的；`boundary_margin_s` 是 `6630872` 引入的，`5d83603` 起才用作峰窗 | 旧代码 `tic_fitting.py:807-814`。旧 yaml 注释：`candidate_long_window_s: 5.0 # 宏观 bolus 候选，抑制逐帧掩膜与压缩波动`（`OLD/config/ceus_roi_default.yaml:117`）。0044:133-134「峰值必须位于第一遍 bolus 的实际观察区间」只讲原则，没有给数 | 工程侧自定 |
+| 1c | σ 区间 [0.08, 2.5] | 0.08 / 2.5 | `6630872` | `OLD/config/ceus_roi_default.yaml:127-128`，没有注释。0044:141-142「否决"放宽形状参数上界直到现有样本通过"。贴边解说明参数空间或数据支持有问题」。0049:18-20 记录一次 `roi_pan` 拟合「`sigma` 到达配置上限，质量门以 `parameter_on_boundary` 拒绝」；0049:47「不提高 `sigma_max`，不为参考区另造一套未标定的拟合阈值」 | 工程侧自定（0049 自己写了「未标定」） |
+| 1d | t0 区间：观察到基线时不早于拟合起点；估计基线时可早 `estimated_baseline_lookback_s`(10 s) | 10.0 | `5d83603` | 旧代码 `tic_fitting.py:815-819`。旧 yaml `:136` `estimated_baseline_lookback_s: 10.0 # 允许 t0 位于视频起点前，但截图不外推`。**注意**：旧 `research_config.py:488` 里 pydantic 的默认值是 `5.0`，和 yaml 的 10.0 不一致（yaml 覆盖默认值，所以实际跑的是 10.0）。0044:90-93 讲联合估计基线的道理，没有给数 | 工程侧自定 |
+| 1e | 基线区间：观察基线 ±max(3×噪声, 5%幅度)；估计基线时下界 max(0, P1−0.25×幅度)，上界 min(P45, 基线+0.35×幅度)；正则尺度 max(0.2×幅度, 噪声) | 3.0 / 0.05 / P1 / P45 / 0.25 / 0.35 / 0.2，全写死在代码里 | `5d83603`（`amplitude*0.05` 最早出现在 `6630872`，当时用作残差尺度） | 旧代码 `tic_fitting.py:458-469`，没有注释。0044:91-92「估计范围由曲线低分位、局部噪声和显示灰度范围共同约束，并用正则项阻止基线……任意漂移」只讲原则。这里的 3×噪声和临床契约的到达判据 3×σ0 是两回事（契约见 `ceus.yaml` 的 `anchor_frames.arrival`），代码里没有任何地方把两者关联起来 | 工程侧自定 |
+| 2 | `parameter_boundary_fraction=0.001`：参数贴边即拒绝 | 0.001 | `5d83603` | 旧 yaml `:138` `# 形状参数贴边判据占允许区间的比例`。拒绝这一规则的出处是 0044:138-140「形状参数贴近边界、峰值落在观察边缘时，即使残差门通过也不能成为正式拟合」。0.001 这个数本身找不到出处 | 规则：工程侧设计（0044）。数值：工程侧自定 |
+| 3 | 模型峰不得落在拟合区间头尾（`model_peak_on_boundary`，余量 0.25 s） | 0.25 | `6630872`（v1 已有这一拒绝；`5d83603` 起改用拟合区间头尾） | 旧代码 `tic_fitting.py:864-870`。0043:206-207 失败语义「峰值落在观测边界」；0043:154「模型峰值落在观测到的有效时间范围」；0044:138-139。0.25 s 的数值找不到出处 | 规则：工程侧设计（0043/0044）。数值：工程侧自定 |
+| 4 | `minimum_r2=0.35`、`maximum_nrmse=0.45`、`maximum_residual_noise_ratio=2.0`；判据是 nRMSE 必须过，R² 和残差噪声比二者过一个即可 | 0.35 / 0.45 / 2.0 | `minimum_r2`、`maximum_nrmse` 是 `6630872` 引入的；`maximum_residual_noise_ratio` 是 `5d83603` 引入的 | 旧代码 `tic_fitting.py:871-876`。旧 yaml `:133` `# 残差不高于基线噪声同量级时允许低 R²`。0043:248-250「`1.5 s` 平滑窗、某个固定 `R²`、`nRMSE` 或信噪比门槛都可以作为实验起点，不能在只有一例真实交付时成为正式口径」。0044:168-170「具体数值进入版本化配置并由代表性开发集锁定，不在决策记录中复制」。旧 `explanation/tic-quantification-encoding.md:594`「Lognormal 的 `fit_R2`、`fit_nRMSE` 与残差质量门 \| 工程侧占位，代表性开发集标定后固定 \| 工程侧」。「二者过一个」的理由见旧 `explanation/ceus-roi-pipeline.md:510-512`「让低动态范围但残差已落入观测噪声的曲线不因 `R²` 单项被误杀」。临床规范抄本只要求「`fit_R2` 与 `fit_nRMSE` 各自过门槛时记 1」，没有给门槛值（`git show 535c387:"research-wiki/scratch/2026-08-16-ceus-tic规范重写稿.md"` 第 899 行） | 工程侧自定（文档自己写明是占位）。临床方只定了这两个字段，没给数值 |
+| 5 | `roi_all` 和 `roi_perf` 两条都成功，才取 D1–D4 | — | `5d83603`（`lesion_fit_ready` 由它引入） | 0044:30-31「项目负责人确认了本轮交付目标：`roi_all` 与 `roi_perf` 都要得到可用于取值的 Lognormal 拟合，关键截图由 `roi_perf` 的连续拟合曲线定位」。0044:53-54「一次病灶截图任务只有在两条拟合都通过后才进入关键时刻提取」。旧代码 `OLD/app/domain/ceus_roi/service.py:482`、`OLD/debugs/tic_lognormal_replay.py:514`。本仓库对应位置是 `src/cadx/ceus/_pipeline.py:300` 和 `_anchor_frames.py:234`，不在 `_tic.py` | 负责人决定（工程侧 design 记录），不是临床方，也不是论文 |
+| 6a | `candidate_window_s=1.5`、`candidate_polyorder=2`、`max_candidate_gap_s=0.5`、`minimum_valid_samples=20`、`duplicate_mean_absdiff_threshold=0.25`、`max_nfev=4000`、`robust_loss=soft_l1` | 同左 | 全部是 `6630872` | 旧 yaml `:116-130`。0043:126-128「阶数固定为 2，因为一阶导数需要表达峰附近的曲率；具体窗口时长必须通过代表性视频标定」。0043:100-101 重复帧阈值「属于待标定参数」。0043:109-110 短缺口「不能在没有批量素材时拍一个固定秒数」。0043:157-158 损失函数「Huber 或 `soft_l1`……实现前的开发集比较负责在两者中固定一个」，但找不到任何比较记录。旧 encoding.md:595-597 把候选窗、重复帧、短缺口列为「工程侧占位」 | 工程侧自定（文档自己写明待标定） |
+| 6b | `minimum_peak_distance_s=1.0`、`minimum_relative_peak_height=0.10` | 1.0 / 0.10 | `6630872` | 旧 yaml `:122-123`，没有注释。**对照临床规范抄本 §7.1**：「候选峰的高度要达到全局峰值的 0.80」「峰的突出度要超过"峰高的 0.10 倍"与"基线噪声 σ0 的 3 倍"中较大的那一个」「多个候选彼此要隔开多远才算两个峰，规范给的是 3.0 秒」（`535c387` 重写稿第 213-219 行）。拟合段的候选检测没有用这组数 | 工程侧自定，和临床规范 §7.1 的数不一致 |
+| 6c | `multi_peak_minimum_separation_s=5.0`、`multi_peak_minimum_relative_height=0.50`、`multi_peak_maximum_valley_fraction=0.25` | 5.0 / 0.50 / 0.25 | `6630872` | 旧 yaml `:124-126`，没有注释。**对照临床规范抄本 §15**：「第二峰高度达到第一主峰的 0.80、且两峰间距达到 3.0 秒时，记下一条"这条曲线有两个峰"的提示」（`535c387` 重写稿第 448 行）。旧 encoding.md:578-579 把「多峰判据：第二峰占第一主峰的高度比例 / 两峰最小间距」的取值权威列为《临床口径契约》（临床方原规范 §15）。谷深比 0.25 是工程侧另加的条件，理由见 ceus-roi-pipeline.md:506-507「否则呼吸和 ROI 跟踪造成的周期振荡会被误判成再次推注」 | 工程侧自定，和临床规范 §15 的数不一致 |
+| 6d | `estimated_baseline_percentile=15.0`（另有写死的 `min(2×15, 45)` 分位低值集） | 15.0 | `5d83603` | 旧 yaml `:135` `# 无稳定开头时的有界基线先验`。旧代码 `tic_fitting.py:245-248` | 工程侧自定 |
+| 6e | `maximum_perf_area_step_fraction=0.15` | 0.15 | `5d83603` | 旧 yaml `:137`。0044:71-73 讲规则（相邻帧去暗区面积比例突变就排除），没有给数 | 规则：工程侧设计。数值：工程侧自定 |
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+旧文档里明确写出「这些数是占位」的总括引文：
+- 0043:268-269「拟合质量门槛、Savitzky-Golay 候选窗口、重复帧阈值、短缺口上限和参数边界只在开发集上确定一次，锁定后用于整个队列」
+- 0043:281-282「参数在更大开发集上锁定前不得描述成临床阈值」
+- 0044:193-194「正式门槛仍需在代表性开发集上评价……」
+- 旧 `explanation/tic-quantification-encoding.md:600-603`「当前值是首轮工程占位，四段本地 MP4 只验证失败可见性、帧率差异和回放链路，不能代替代表性开发集标定」
+- 旧 `explanation/ceus-roi-pipeline.md:727-728`「尚未在代表性开发集上锁定，不能视为临床标定」
+- 旧 `research_config.py:456-459` docstring「这些值只用于第一轮工程验收，不是临床阈值」
+- 旧 `guides/replaying-lognormal-tic.md:167`「四例只构成工程冒烟集，不足以锁定候选窗口、重复帧、多峰和质量阈值」
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+临床方唯一规定过的拟合相关内容：曲线处理方法从四种里选一种（gamma-variate 拟合、lognormal 拟合、Savitzky-Golay、local regression），全队列统一、参数固定（旧 design/0030:288、encoding.md:521；原规范 §3.5）；另外列了 `fit_QC` / `fit_R2` / `fit_nRMSE` 三个字段（原规范 §17）。临床方没有给任何门槛值。
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+## 二、旧项目提到过的 TIC 相关文献
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+全部集中在旧 `research-wiki/design/0043-mp4-tic-lognormal-fitting.md` §13（289-310 行）。没有一篇被引来支撑具体数值，只用来支撑路线选择。下表年份是我从 URL 和期刊 ID 推的，文件里没有写年份。
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+| 作者 / 来源 | 年份（推断） | 被引位置 | 引来支撑什么 |
+|---|---|---|---|
+| Bracco，VueBox® Instructions for Use（v7.7，VBO.8.20） | 2025-06-06（0042:22-23 写明） | 0043:291-292；0042:22-25；原件在 `OLD/debugs/VueBox说明书.pdf` | 删重复帧、bolus/replenishment 两种模型、保留拟合信号、输出 QOF。0043:62-63 明说说明书没有公开函数、优化器、初始化、边界和 QOF 公式 |
+| Bracco 产品页 VueBox Quantification Toolbox | — | 0043:293-294 | bolus 与 replenishment 用的是专有拟合模型 |
+| Cooley 等，nanobubble 微流控（RSC Lab Chip，D3LC00514C） | 约 2023 | 0043:295-297 | 能从 MP4 灰度矩阵生成 TIC（体外实验，0043:65-66） |
+| Hoyt 等，pixel-by-pixel CEUS perfusion kinetics（PMC3463888） | 约 2012 | 0043:298-300 | 有损压缩 CEUS 视频可以做半定量时序分析，同时说明压缩带来的局限（0043:68-70） |
+| Gheonea 等，quantitative low-MI CE-EUS，胰腺（PMC3548695） | 约 2013 | 0043:301-303 | 胰腺 CE-EUS 视频逐帧 ROI 灰度并加参照曲线，作为临床先例（0043:72-74） |
+| Harabis 等，indicator dilution models for UCA bolus（PMID 23348425） | 约 2013 | 0043:304-305 | 拟合残差最小，不代表参数最接近真值（0043:76-78） |
+| Kuenen 等，multi-model framework（PMC6615468） | 约 2019 | 0043:306-308 | Lognormal、Gamma-variate、LDRW 等模型之间的差异，以及逐模型的拟合比较 |
+| Fujioka 等，Ceusia-Breast（PMC10466705） | 约 2023 | 0043:309-310 | 被否决的 Logistic 洗入加指数洗出方案的来源（0043:240-244） |
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+本仓库 `reference-pdf/INDEX.md`（50 个 PDF）里没有一篇 TIC、Lognormal 或灌注建模方法学论文。2018 年的 EFSUMB 非肝 CEUS 指南只是临床检查规范，也没有被引来支撑拟合参数。旧仓库的 `research-wiki/reference/roi-tic-parameters.md` 和 `glossary.md` 里完全没有 Lognormal 拟合的内容。
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+## 三、我没把握的地方
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+1. **临床规范抄本只到 08-16 重写稿为止。** 旧 yaml 里的 anchor_frames 镜像的是《临床口径契约》2026-08-25 版，而契约本身在 Linear 上，旧仓库没有它的全文。我拿来对照的 §7.1 / §15 数值（0.80、3.0 秒）出自 `535c387` 的 08-16 重写稿。08-25 版或之后有没有改这几个数，我没有核到；要核得去 Linear 读契约原文。拟合段的 `multi_peak_*` 和 `minimum_peak_distance_s` 是不是有意偏离临床口径（只用于找候选、不直接当临床多峰判据），旧文档没有写；我在旧文档里只看到 encoding.md:578-579 把多峰判据的权威归到契约。
+2. **`fit_quality ≥ 85%` 的来历查不出。** 旧 `debugs/TIC关键帧与定量质检指标_计算方式.md:78` 和 `debugs/TIC指标_LLM输入清单.md:42` 都写着「当前质量门不是单一的 `R² ≥ 85%`」，看上去有人（可能是临床方）提过 85% 这个口径，但旧仓库里找不到最早出处。最早出现在提交 `2351e69`，提交说明没有正文。VueBox 说明书里 QOF 的单位是 %，我在它的文本里没有找到 85% 这个门槛。
+3. **`6630872` 和 `5d83603` 两个提交的说明都只有标题**，所以「为什么取 0.35 / 0.45 / 2.0 / 0.001 / ×10」只能从 design 和代码注释里推断。四段工程视频上有没有试过别的取值，旧仓库没有留下记录；我也没有翻 `debugs/` 下的日志。
+4. 上表的年份是从 URL 和 ID 推断的，没有逐篇打开核对。
+5. 旧 `research_config.py:488` 里 `estimated_baseline_lookback_s` 的默认值 5.0 和 yaml 的 10.0 不一致。按 pydantic 的读法实际生效的是 yaml 的 10.0，但我没有在旧项目里跑代码确认。