feat(ceus,segment): 任务书 02 第二阶段——分割和后半段算法

- ceus 迁入 polygons、dark_region、reference_region、tic_fitting、tic、anchor_frames、
  perfusion_metrics、trajectory、tic_curves、tic_plot、overlay，旧测试照搬（改 import 与配置读取）。
- 对外两段接口：prepare_segmentation（第 1–2 步）与 quantify_case（第 4–9 步）。
- 第 3 条：删掉 D1 取医生标注时刻的模式，D1 只从拟合曲线算。
- 第 4 条：F1/F2 取视频第 20−X、60−X 秒（X 为视频第 0 秒时已推注的秒数），落在视频外记未定位。
- 绿框融合权重、紫圈颜色阈值照搬；关键帧容差窗口的出处写进 ceus.yaml 注释。
- segment：同一进程调用 MedSAM2，设置写进 ceus.yaml 的 segment 段，全部必填；gpu 测试真跑通过。
- 依赖加 scipy、matplotlib、medsam2（可编辑安装，不编译 CUDA 扩展）；uv 只解析 linux x86_64。
- 导入契约：只有 segment 引用 torch、sam2；segment 不引用其他 cadx 模块。

Co-Authored-By: Claude Opus 5.5 <noreply@anthropic.com>

pyproject.toml

@@ -4,12 +4,15 @@ version = "0.0.0"
 description = "胰腺囊性肿瘤多模态会诊诊断的研究代码"
 requires-python = ">=3.12"
 dependencies = [
+    "matplotlib>=3.11.2",
+    "medsam2",
     "numpy>=2.5.4",
     "opencv-python-headless>=5.0.0.93",
     "openpyxl>=3.1.5",
     "pillow>=12.3.0",
     "pydantic>=2.14.1",
     "pyyaml>=6.0.3",
+    "scipy>=1.18.1",
 ]
 
 [dependency-groups]
@@ -23,6 +26,14 @@ dev = [
     "types-openpyxl>=3.1.5.20260827",
 ]
 
+[tool.uv]
+# 只在本机和远程服务器（都是 Linux x86_64）上跑；只为这一种平台解析依赖，
+# 免得 torch 的各平台 CUDA 轮子都要下载一遍。
+environments = ["sys_platform == 'linux' and platform_machine == 'x86_64'"]
+
+[tool.uv.sources]
+medsam2 = { path = "reference/MedSAM2", editable = true }
+
 [build-system]
 requires = ["hatchling>=1.26"]
 build-backend = "hatchling.build"
@@ -50,7 +61,8 @@ pythonVersion = "3.12"
 typeCheckingMode = "strict"
 venvPath = "."
 venv = ".venv"
-extraPaths = ["tests"]
+# medsam2 以 setuptools 的导入钩子方式可编辑安装，pyright 跟不过去，直接指给它源码目录。
+extraPaths = ["tests", "reference/MedSAM2"]
 
 [tool.pytest.ini_options]
 testpaths = ["tests"]
@@ -69,12 +81,25 @@ root_packages = ["cadx"]
 include_external_packages = true
 
 [[tool.importlinter.contracts]]
-# design 0001：torch 与 MedSAM2 只许出现在分割模块（模块落地时在这里放行 cadx.segment）。
-name = "torch 与 sam2 不进 cadx"
+# design 0001：torch 与 MedSAM2 只许出现在分割模块。import-linter 不能写「除 segment 外的 cadx」
+# （只有 ignore_imports 能开例外），所以逐个列出其余模块；新模块落地时加进 source_modules。
+name = "cadx 里只有 segment 引用 torch、sam2"
 type = "forbidden"
-source_modules = ["cadx"]
+source_modules = [
+    "cadx.delivery", "cadx.library", "cadx.answers", "cadx.runs", "cadx.build", "cadx.ceus",
+]
 forbidden_modules = ["torch", "sam2"]
 
+[[tool.importlinter.contracts]]
+# 结构.md 第三部分依赖表：segment 不引用其他 cadx 模块（它不认识分屏和绿框）。
+name = "segment 不引用其他 cadx 模块"
+type = "forbidden"
+source_modules = ["cadx.segment"]
+forbidden_modules = [
+    "cadx.delivery", "cadx.library", "cadx.answers", "cadx.runs", "cadx.build",
+    "cadx.ceus", "cadx.llm", "cadx.ledger", "cadx.consult", "cadx.evaluate", "cadx.verdicts",
+]
+
 [[tool.importlinter.contracts]]
 # 结构.md 第三部分依赖表：外部层与格式层的模块不依赖其他 cadx 模块。
 name = "delivery、library、answers、runs 互不依赖"