docs: 协作规则、工作记录与 research-wiki 文档体系

从产品重构为研究原型的第一步（负责人 2026-10-15：「其其实不需要（至少目前不需要）
是一个工程产品」）。协作环境照 ClinDB-ReviewBench（负责人点名参考）。

- AGENTS.md 为唯一规则，CLAUDE.md 只引用它；硬性约束保留旧项目的答案隔离、各路隔离，
  加上数字可追溯、花钱先报预估等
- WORK_LOG.md 记当前状态与负责人的关键决定
- research-wiki：README、explanation/结构.md（8 个模块、依赖边界、推进顺序）、
  design/0001（为什么重构、继承与放弃什么、单一 uv 环境）、guides/开发环境.md
- 三份新文档过了一轮「硕士生阅读」并按意见修订

Co-Authored-By: Claude Opus 5.5 <noreply@anthropic.com>

research-wiki/README.md

@@ -0,0 +1,22 @@
+# research-wiki
+
+本项目的文档。读者是没参与过讨论的医学 AI 方向硕士生：懂 Python 和深度学习，不懂胰腺囊性肿瘤。
+
+| 位置 | 内容 | 维护方式 |
+|---|---|---|
+| `explanation/` | 系统由哪些环节组成、各环节的输入输出、为什么这样分。从 `结构.md` 读起 | 常青：改了就重写那一段 |
+| `design/` | 每次重要决策的来历，文件名 `NNNN-简短主题.md` | 写完冻结；决策变了新写一份并注明取代关系 |
+| `guides/` | 怎么做某件事：建环境、跑某个环节 | 常青，随实际情况更新 |
+| `reference/` | 查得到的外部事实：术语表、算法参数的原始口径、临床方给的字段定义。每条自带出处；抄自 Linear 的写明抄自哪份、哪天同步 | 常青，随出处更新 |
+| `任务书/` | 每个模块动手前的任务书，文件名 `NN-模块名.md`：要做什么、依据哪些文档、怎么验收 | 负责人确认后交执行者；要改就在开头写「这一版改了什么」 |
+| `survey/` | 文献调研：同类工作怎么做、对我们意味着什么，引文带 PDF 页码（PDF 在根目录 `reference-pdf/`，不进 git） | 写完冻结；有新调研另写一份 |
+| `results/` | 实验结果报告，每个数字标明来自哪次运行（`runs/` 下的目录名） | 写完冻结 |
+| `scratch/` | 讨论中的草稿、上下文压缩前的快照 | 由负责人清理，Agent 不删 |
+
+## 几类文档的开头
+
+不用 YAML 头，靠固定的开头段落：
+
+- **design**：`# NNNN 标题` → `状态：负责人 YYYY-MM-DD 认可（「原话」） ｜ 日期：…` → 取代了谁就写一行 `> 取代 NNNN 的第 X 条` → `## 先认识几个词` → `## 背景` → `## 决定`（编号条目，写明哪条是负责人定的、哪条是 Agent 提的） → 需要时加 `## 不做的事`。
+- **任务书**：标题 → 一段目的 → `来源：`（负责人原话） → `## 先认识几个词` → `## 开工前先读` → 分阶段的工作内容（每阶段写收尾点） → `## 测试` → `## 规模` → `## 审阅` → `## 报告`（分开写已验证的事实、推断和未验证的部分，附运行目录、提交号、花费）。
+- **results**：`日期 ｜ 对应结构.md 第六节第 N 步 ｜ 原始记录：runs/…` → `## 先认识几个词` → `## 一 跑了什么` → 结果，每个数字带运行目录。