feat(ceus): 任务书 02 第三阶段——scripts/ceus_quant.py

- delivery 的 CaseRecord 加视频路径和推注时间(C04、C08 已检查过)。
- scripts/ceus_quant.py:读 ceus.yaml,跑检查全部通过的病例;runs/ceus/<运行号>/ 先写 .partial
  再改名;第 1–6 步的单例失败记 failed.csv 后接着跑;终端只打印计数。
- 分割缓存 work/segment_cache/<键>/:键含视频 SHA-256、第 1–3 步参数、权重 SHA-256、MedSAM2 提交号。
- 视频解码错误改为第 1 步的单例失败(VideoDecodeError),不再停掉整次运行(审阅意见)。
- 暗区 kmeans 用 cv2 进程级随机数,结果受病例顺序影响;ceus 配置加必填 random_seed,每例第 4 步前设种子。
- segment 导出 cuda_peak_memory_bytes,供运行快照记录显存峰值。

Co-Authored-By: Claude Opus 5.5 <noreply@anthropic.com>
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2026-10-16 05:30:29 -04:00
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@@ -293,8 +293,8 @@ Python 环境用 uv;安装与检查命令见 `../guides/开发环境.md`。
| 模块 | 预期行数 | 实际行数 | 旧项目对应部分的行数 |
| --- | --- | --- | --- |
| ceus | 6000–7500(基本照搬旧算法,去掉只为产品层服务的部分) | — | `ceus_roi/` 除 `service.py` 7330,`video_decoder.py` 135 |
| segment | 150–300 | 220 | `medsam2_local_track.py` 240 |
| delivery | 400–700 | 733 | `clinical.py` 266、`modalities.py` 522、`workbook.py` 99、`delivery.py` 134,共 1021,其中入库与数据库部分不迁 |
| segment | 150–300 | 233 | `medsam2_local_track.py` 240 |
| delivery | 400–700 | 739 | `clinical.py` 266、`modalities.py` 522、`workbook.py` 99、`delivery.py` 134,共 1021,其中入库与数据库部分不迁 |
| library | 150–300 | 300 | `input_packages.py` 104 |
| answers | 100–200 | 201 | — |
| verdicts | 100–200 | — | — |
@@ -304,7 +304,7 @@ Python 环境用 uv;安装与检查命令见 `../guides/开发环境.md`。
| runs | 100–250 | 86(只含快照部分) | — |
| consult | 500–1000(会诊口径定后重估) | — | — |
| evaluate | 300–600(评价口径定后重估) | — | 已删的 `core/eval` 622 |
| scripts/ 每个 | ≤ 300 | `build.py` 37、`scan_library.py` 88 | `t1_local_debug.py` 762、`tic_lognormal_replay.py` 627 |
| scripts/ 每个 | ≤ 300 | `build.py` 37、`scan_library.py` 88、`ceus_quant.py` 293 | `t1_local_debug.py` 762、`tic_lognormal_replay.py` 627 |
---
@@ -328,7 +328,7 @@ Python 环境用 uv;安装与检查命令见 `../guides/开发环境.md`。
- `read_delivery(delivery_dir, code_maps)`:读交付包,做整张表的检查 T1–T4 和逐例检查 C01–C13,交出 `DeliveryResult`;`code_maps` 为 None 表示不解码。
- `DeliveryResult`:一次读取的结果:通过的病例(按病例号排序)、跳过记录、病例总数、认不出编号的行数、因没有映射表而没比对的项。
- `CaseRecord`:一个检查全部通过的病例:三位病例号、视频号、临床一路的 22 列、超声描述、MR 描述、关键图路径、三张表的诊断编码。
- `CaseRecord`:一个检查全部通过的病例:三位病例号、视频号、临床一路的 22 列、超声描述、MR 描述、关键图路径、CEUS 视频路径(`video`,C04 已检查恰好一段)、推注时间 X(`bolus_start_s`,超声表「推注开始时间s」,C08 已检查是非负整数)、三张表的诊断编码。
- `DiagnosisCodes`:一例在临床表、超声表、MR 表里各自的诊断编码(C10 保证三者相等)。
- `SkipRecord`:一条跳过记录:病例号(认不出编号时是「文件 第 N 行」或「病例目录 名字」)、检查编号、检查说明、涉及的文件和列、涉及值的 JSON 字符串。
- `DeliveryError`:整张表读不了(T1–T4)时抛出,消息以检查编号开头,整次构建停下。
@@ -370,14 +370,14 @@ Python 环境用 uv;安装与检查命令见 `../guides/开发环境.md`。
对外两段接口,中间由 `scripts/ceus_quant.py` 调 segment 做第 3 步:
- `prepare_segmentation(video_path, cfg)`:第 1–2 步,交出 `SegmentationInput`;找不到可信分屏线抛 `SplitDetectionError`(第 1 步),两半都有或都没有绿框抛 `ContrastSideError`(第 2 步)。
- `prepare_segmentation(video_path, cfg)`:第 1–2 步,交出 `SegmentationInput`;视频打不开或读出的不合规(fps、尺寸、时间戳、帧数)抛 `VideoDecodeError`、找不到可信分屏线抛 `SplitDetectionError`(都是第 1 步),两半都有或都没有绿框抛 `ContrastSideError`(第 2 步)。
- `SegmentationInput`:视频的 fps、帧数、宽高、逐帧时间戳,分屏线,`contrast`(`ContrastSide`:哪一半是造影画面、造影视图和分割那一半视图 `target_view`、提示帧),`target_frames`(分割那一半的逐帧 BGR 图像),`prompt_masks`(提示帧帧号 → 绿框挪到 `target_view` 局部坐标的掩膜),造影那一半的第一帧。
- `quantify_case(prepared, target_masks, injection_offset_s, cfg)`:第 4–9 步。`target_masks` 是分割在 `target_view` 局部坐标上的 `(帧数, 高, 宽)` 布尔数组,`injection_offset_s` 是推注时间 X;分割一帧有效轮廓都没有抛 `NoValidContourError`(第 4 步)。拟合没过质量门不抛错。
- `QuantResult`:`trajectory`(`Trajectory`)、`tic`(`TicResult`)、`curves`(`TicCurves`)、推注时间、病灶两条曲线拟合是否都过质量门、`anchors`(7 个槽位的 `AnchorFrameLocation`)、`perfusion`(`roi_all`、`roi_perf` 各自的 `LognormalPerfusionMetrics`,拟合没过为 None)、紫圈检出率。
- `AnchorFrameLocation`:一个关键帧槽位的帧号、视频时间、推注后时刻、状态(`ok` 或未定位的类别)、未定位的原因、锚点时刻。
- 写产物用:`pack_trajectory(trajectory)`(trajectory.npz 字节)、`pack_tic_curves(curves)`(tic_curves.npz 字节)、`render_tic_png(tic, markers=tic_plot_markers(anchors))`(tic.png,标出 D1–D4)、`render_case_overlay(prepared, result)`(overlay.mp4 字节)、`keyframe_images(prepared, anchors)`(定位到的关键帧整幅原图,槽位 → 图像)、`quant_summary(result)`(拟合、灌注指标、紫圈检出率、7 个关键帧定位,可直接写成 JSON);读回用 `unpack_trajectory`、`unpack_tic_curves`。
- `CeusConfig` 及各段的配置类:`config/ceus.yaml` 里 `ceus` 段的字段定义(pydantic,字段必填、不许多写、读入后不可改);`paths` 段由 `scripts/ceus_quant.py` 定义。
- `CeusCaseError`:只落在这一例上的失败,带失败的步号和原因;`SplitDetectionError`、`ContrastSideError`、`NoValidContourError` 是它的子类。脚本据此把这一例记进 `failed.csv`、接着跑下一例。
- `CeusCaseError`:只落在这一例上的失败,带失败的步号和原因;`VideoDecodeError`、`SplitDetectionError`、`ContrastSideError`、`NoValidContourError` 是它的子类。脚本据此把这一例记进 `failed.csv`、接着跑下一例。
- `VideoFile(path)`:按路径用 cv2 读视频:`probe()` 给 fps、帧数、宽高;`iter_frames()` 每次从第 0 帧逐帧读;`frame_times_s()` 给逐帧显示时间戳。
- 其余导出(几何函数、各步的算法函数与结果类型,如 `split_views`、`locate_contrast_side`、`masks_to_smoothed_polygons`、`extract_dark_region_polygons`、`select_reference_region`、`compute_tic_for_video`、`fit_lognormal_curve`、`locate_anchor_frames`、`compute_lognormal_perfusion_metrics`、`render_overlay`)是两段接口的组成部分,供测试用。
@@ -386,6 +386,7 @@ Python 环境用 uv;安装与检查命令见 `../guides/开发环境.md`。
- `segment_video(frames, prompt_masks, cfg)`:把提示帧的病灶掩码用 MedSAM2 传播到每一帧;`frames` 是分割那一半的逐帧 BGR 图像,`prompt_masks` 是提示帧帧号 → 同尺寸布尔掩码,交出 `(帧数, 高, 宽)` 布尔数组(即 `quantify_case` 的 `target_masks`)。
- `SegmentConfig`:`config/ceus.yaml` 里 `segment` 段的字段定义(MedSAM2 代码目录、权重、模型配置名、设备、两个 offload 开关;pydantic,字段必填、不许多写、读入后不可改)。
- `medsam2_commit(medsam2_dir)`:读 MedSAM2 代码目录 `.git` 的 HEAD 提交号,给快照和分割缓存键用。
- `cuda_peak_memory_bytes(device)`:本进程在该设备上分配过的显存峰值(字节),给运行快照用;非 CUDA 设备为 None,本进程没初始化过 CUDA(分割全读了缓存)为 0。放在 segment 里,是因为 `cadx` 里只有它引用 `torch`。
### build(`src/cadx/build/`)