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feat(review): 核对包改成医生读得懂；资料库超声一路只留给 agent 的参数

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- ceus：灌注指标改为对病灶去暗区（roi_perf）和紫圈（roi_pan）两组算，roi_all 指标删除；
  D1–D4 仍要 roi_all、roi_perf 两条都过才定位（负责人 2026-10-17：医生要正常区与病灶对比看）
- build/library：tic.json 只出两组 11 个指标与 7 个槽位的视频时间；医生截图挪进
  ultrasound/keyframes/key.png，UltrasoundRoute 去掉 key_image、keyframes 多一个 key
- review：TIC参数.csv 取代 TIC结果.csv；问题清单按原因对照表写成大白话，对照表外的原因报错；
  程序原文进 snapshot/问题清单_原文.csv；说明.pdf 整份重写为合作者口吻
- 文档：结构.md、医生核对包、装配两个库、CEUS定量

任务书 04。

Co-Authored-By: Claude Opus 5.5 <noreply@anthropic.com>
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iomgaa
2026-10-17 10:22:15 -04:00
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research-wiki/explanation/结构.md
+42 -13
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@@ -160,15 +160,28 @@ library/<构建号>/
manifest.json 构建清单：每个文件的 SHA-256、构建时的 git 提交、配置哈希、所用 CEUS 运行号（没装为 null）
cases/<化名>/
clinical/clinical.json 临床那一路
ultrasound/ 超声那一路：report.txt、key.png；装了 CEUS 结果时另有
keyframes/<槽位>.png 和 tic.json
ultrasound/ 超声那一路：report.txt、keyframes/key.png；装了 CEUS 结果时
keyframes/ 里另有定位到的 <槽位>.png，另有 tic.json
mr/report.txt MR 那一路
```
`build.yaml` 的 `ceus_run` 指向某次 CEUS 定量的运行目录时，build 才往超声一路装 CEUS 结果，为 null 时不装。装的时候：
超声一路的图都放在 `keyframes/` 一个文件夹里。医生截的关键图 `key.png` 来自交付包、不来自 CEUS，所以每例都有，没装 CEUS 时 `keyframes/` 里只有它一张；去掉文本块、EXIF 等附加数据，只按像素重新编码，不能逐像素保真重编码的整例跳过（C14）。
- `keyframes/<槽位>.png`：下文关键帧表里定位到的那几张（槽位即 B0、D1 等），和 `key.png` 一样去掉附加数据重新编码；每例最多 8 张图（7 张关键帧加 `key.png`）。
- `tic.json`：从这一例的 `summary.json` 里逐字段挑出，此外什么都不写：四条曲线（`roi_all` 病灶整体、`roi_perf` 病灶去暗区、`roi_pan` 紫圈即医生圈的一块正常胰腺、`background_circle` 背景圆）各自的拟合是否成功（`success`）和拟合优度 R²（`r2`）；病灶两条曲线的灌注指标（`perfusion_metrics`，拟合没过质量门为 null）；紫圈曲线是否可用（`pan_curve_usable`）；7 个槽位各自是否定位到（`located`）、定位到的视频时间（`video_time_s`，秒）、没定位的原因（`reason`）。视频号、文件路径、配置、帧号、拟合参数都不写。挑哪些字段只在 `src/cadx/build/_ceus.py` 里列。
`build.yaml` 的 `ceus_run` 指向某次 CEUS 定量的运行目录时，build 才往超声一路装 CEUS 结果，为 null 时不装（没有 `tic.json`）。装的时候：
- `keyframes/<槽位>.png`：下文关键帧表里定位到的那几张（槽位即 B0、D1 等），和 `key.png` 一样去掉附加数据重新编码、过 C14；每例最多 8 张图（7 张关键帧加 `key.png`）。
- `tic.json`：只放「给专家的参数」，此外什么都不写：
```
{
"perfusion_metrics": {"roi_pan": {11 个指标} 或 null, "roi_perf": {11 个指标} 或 null},
"keyframe_times_s": {"B0": 秒或 null, …, "F2": 秒或 null}
}
```
`perfusion_metrics` 是两组灌注指标：`roi_pan` 是紫圈（医生在正常胰腺实质上圈的一块），`roi_perf` 是病灶去掉暗区（不进造影剂的囊液部分）后的区域，两组放在一起，是为了让专家把病灶和正常胰腺对着看（负责人 2026-10-17）。每组是下文第 9 步的 11 个指标，键名沿用 `summary.json` 的 `values`（`PE_au`、`TTP_s` …）；这一组的拟合没过质量门整组为 null，观测不够算不出的单项为 null，不外推。`keyframe_times_s` 是 7 个槽位定位到的视频时间（秒），没定位到为 null。
不放：拟合成败和 R²、病灶整体（`roi_all`）和背景圆的曲线、紫圈是否可用、关键帧没定位的原因、指标的信号域等口径标签和辅助时刻（TI、TO、mTT，只是算其他指标的中间量），以及视频号、文件路径、配置、帧号、拟合参数。资料库的定义是「专家能看到什么」，可见范围只在 build 一处决定：多放进去、等会诊那边再挑，就成了两处决定，改了一处忘了另一处就会悄悄漏给专家（任务书 04，负责人 2026-10-17 认可）。挑哪些字段只在 `src/cadx/build/_ceus.py` 里列。
- 核对这次 CEUS 运行是在这份交付包上跑的：运行快照里 `ceus.yaml` 的 `paths.delivery_dir` 与 `build.yaml` 的 `delivery_dir` 规范化后不是同一路径；或逐例比，交付包里这段视频文件的 SHA-256 与 `summary.json` 的 `video_sha256` 不同，或交付包的推注时间与 `summary.json` 的 `injection_offset_s` 不同，整次停下报错。这两个字段不进 `tic.json`。
- CEUS 在这一例上失败（在 `failed.csv` 里）或运行目录里没有这一例的结果，这一例整例跳过，记 C15。失败的病例要不要改成「超声不可评价、仍参与会诊」等 `../待定问题/03-病例排除标准.md` 定。
@@ -179,7 +192,7 @@ library/<构建号>/
| 性别、年龄 | 看得见 | 看不见 | 看不见 |
| 5 个症状、5 项既往史、5 项化验（原值与是否异常） | 看得见 | 看不见 | 看不见 |
| 超声报告「所见」段、医生截的关键图 | 看不见 | 看得见 | 看不见 |
| CEUS 关键帧、TIC 灌注指标 | 看不见 | 看得见（给哪些指标、几张图由会诊任务书定） | 看不见 |
| CEUS 关键帧图与视频时间、紫圈和病灶去暗区两组灌注指标（上文 `tic.json`） | 看不见 | 看得见 | 看不见 |
| MR 报告「所见」段 | 看不见 | 看不见 | 看得见 |
| 病理诊断、报告「印象 / 结论」段、医生标注工作簿、真实病例号、Excel 行序、姓名 | 看不见 | 看不见 | 看不见 |
@@ -198,7 +211,23 @@ library/<构建号>/
### 医生核对包（`runs/review_pack/<运行号>/`）
把一次构建的两个库和它装入的那次 CEUS 运行，整理成医生不用写代码就能看的一个文件夹（表格 CSV、文字 PDF、图和视频逐字节拷贝），由负责人打包交给临床方核对我们的处理结果。病例目录用医生的病例号，问题清单只写程序观察到的现象；包里有真实病例号、报告原文和诊断，只在临床方与我们之间传递。它不是流水线的一段：不产出任何后续段要读的东西，医生每交一版数据、跑完 CEUS 定量和装配之后出一次。包内布局和每个文件的格式见 `../任务书/03-医生核对包.md` 和包里的 `说明.pdf`，怎么跑见 `../guides/医生核对包.md`。
把一次构建的两个库和它装入的那次 CEUS 运行，整理成医生不用写代码就能看的一个文件夹（表格 CSV、文字 PDF、图和视频逐字节拷贝），由负责人打包交给临床方核对我们的处理结果。包里有真实病例号、报告原文和诊断，只在临床方与我们之间传递。它不是流水线的一段：不产出任何后续段要读的东西，医生每交一版数据、跑完 CEUS 定量和装配之后出一次。
```
runs/review_pack/<运行号>/
snapshot/ 快照，含程序原文的 问题清单_原文.csv（不给医生）
医生核对包_<构建号>/
说明.pdf 问题清单.csv 病例总表.csv
标准答案/ 答案库 4 张表原样拷贝
病例/<病例号>/ 临床信息.csv 超声报告.pdf MR报告.pdf
关键帧/医生截图.png、<槽位>_第<秒>秒.png
TIC曲线.png TIC参数.csv 回放视频.mp4
```
- 医生看到的超声参数就是 AI 专家看到的那份：`关键帧/医生截图.png` 拷自资料库 `ultrasound/keyframes/key.png`，`TIC参数.csv` 的数值取自资料库 `tic.json`（紫圈、病灶去暗区两组 × 11 个指标）。只有某组整组为空时的「没算出的原因」取自 CEUS 运行的 `summary.json`，这一行只给医生看。
- 问题清单是给医生的大白话：程序记录的原因经 review 里的一张对照表（检查编号、CEUS 各步的失败原因、拟合原因码、关键帧未取到的原因、紫圈不可用）换成一句医生能懂的话，同一个原因引起的几条合成一行；对照表里没有的原因直接报错停下。程序原文留在快照里给我们自己追溯。来源：任务书 04，负责人 2026-10-17「合作方是医生，感觉他们也不一定看得懂」。
每个文件的格式见 `../任务书/03-医生核对包.md`（04 改过的以 `../任务书/04-核对包改成医生读得懂.md` 为准）和包里的 `说明.pdf`，怎么跑见 `../guides/医生核对包.md`。
### CEUS 定量的产物（`runs/ceus/` 与 `work/`）
@@ -216,7 +245,7 @@ CEUS 定量按下面的阶段进行（旧项目的阶段划分，迁移时逐模
| 6 TIC 采样 | 逐帧取病灶（去不去暗区两种）平均亮度，得到 TIC（时间-强度曲线） | 否 |
| 7 拟合 | 用 Lognormal（对数正态）曲线拟合 TIC，过质量门 | 否 |
| 8 关键帧 | 按下面的定义挑 7 张 | 否 |
| 9 灌注指标 | 从拟合曲线算 11 个指标（峰值强度、达峰时间、洗入速率等，口径仿照商用造影定量软件 VueBOX） | 否 |
| 9 灌注指标 | 对病灶去暗区（`roi_perf`）和紫圈（`roi_pan`）两条曲线各算一组 11 个指标（峰值强度、达峰时间、洗入速率等，口径仿照商用造影定量软件 VueBOX），只从过了质量门的拟合曲线算，没过的那组为空。两组是为了让病灶和正常胰腺对着看；病灶整体（`roi_all`）含暗区，不算（负责人 2026-10-17，医生要正常区与病灶对比看） | 否 |
只有阶段 3 跨运行复用，其余每次重算：阶段 3 要显卡，最贵；其余阶段在 CPU 上算。改了后段参数不必重跑显卡。
@@ -309,19 +338,19 @@ Python 环境用 uv；安装与检查命令见 `../guides/开发环境.md`。
| 模块 | 预期行数 | 实际行数 | 旧项目对应部分的行数 |
| --- | --- | --- | --- |
| ceus | 6000–7500（基本照搬旧算法，去掉只为产品层服务的部分） | 7103 | `ceus_roi/` 除 `service.py` 7330，`video_decoder.py` 135 |
| ceus | 6000–7500（基本照搬旧算法，去掉只为产品层服务的部分） | 7106 | `ceus_roi/` 除 `service.py` 7330，`video_decoder.py` 135 |
| segment | 150–300 | 300 | `medsam2_local_track.py` 240 |
| delivery | 400–700 | 739 | `clinical.py` 266、`modalities.py` 522、`workbook.py` 99、`delivery.py` 134，共 1021，其中入库与数据库部分不迁 |
| library | 150–300 | 377 | `input_packages.py` 104 |
| answers | 100–200 | 227 | — |
| verdicts | 100–200 | — | — |
| build | 300–500 | 537（含装入 CEUS 结果的 `_ceus.py`；读 CEUS 运行目录已挪进 runs） | `input_readers.py` 329 的装配部分 |
| build | 300–500 | 520（含装入 CEUS 结果的 `_ceus.py`；读 CEUS 运行目录已挪进 runs） | `input_readers.py` 329 的装配部分 |
| llm | 200–450 | — | ClinDB `llm/` 415 |
| ledger | 200–300 | — | ClinDB `ledger/` 274 |
| runs | 100–250 | 201（快照 `_snapshot.py` 98、读 CEUS 运行的 `_ceus_run.py` 82、`__init__.py` 21） | — |
| consult | 500–1000（会诊口径定后重估） | — | — |
| evaluate | 300–600（评价口径定后重估） | — | 已删的 `core/eval` 622 |
| review | 300–500 | 610（`_pack.py` 407、`_pdf.py` 129、`_config.py` 64、`__init__.py` 10；不含说明模板 `readme_template.md` 202 行） | — |
| review | 300–500 | 1152（`_pack.py` 447、`_problems.py` 502、`_pdf.py` 129、`_config.py` 64、`__init__.py` 10；不含说明模板 `readme_template.md` 91 行）。超出一倍：任务书 04 要求的原因对照表（`_problems.py`）大半是逐条的原因与医生写法，待负责人确认是否接受 | — |
| scripts/ 每个 | ≤ 300 | `build.py` 37、`scan_library.py` 88、`ceus_quant.py` 403（超出，含目视核对表的读取与核对、开跑即写快照）、`ceus_align_review.py` 243、`review_pack.py` 37 | `t1_local_debug.py` 762、`tic_lognormal_replay.py` 627 |
---
@@ -365,7 +394,7 @@ Python 环境用 uv；安装与检查命令见 `../guides/开发环境.md`。
- `read_build_info(build_dir)`：读构建清单的概况，交出 `BuildInfo`：构建号、编码列是否解码、装入的 CEUS 运行号（没装为 None）。
- `read_clinical(build_dir, alias)`、`read_ultrasound(build_dir, alias)`、`read_mr(build_dir, alias)`：按路读出一例，读时核对 SHA-256，拒绝 `.partial` 目录。
- `ClinicalRoute`：临床一路：是否已解码、22 列字段。
- `UltrasoundRoute`：超声一路：报告「所见」原文、关键图路径、tic.json 的内容（没装 CEUS 时为 None）、槽位 → 关键帧路径（没装时为空）。
- `UltrasoundRoute`：超声一路：报告「所见」原文、tic.json 的内容（没装 CEUS 时为 None）、`keyframes`（`keyframes/` 下的图，文件名主干 → 路径：总有医生截的关键图 `key`，即 `KEY_SLOT`；装了 CEUS 时另有定位到的槽位）。
- `MrRoute`：MR 一路：报告「所见」原文。
- `scan_for_leaks(build_dir, forbidden_strings, forbidden_keys)`：在构建目录的全部 `.txt`、`.json` 里找禁止的字符串（NFKC 归一、不分大小写、按子串）和禁止的 JSON 键名，返回命中列表。
- `LeakHit`：一处命中：文件（相对构建目录）、类别（「字符串」或「键名」）、命中的词。
@@ -399,7 +428,7 @@ Python 环境用 uv；安装与检查命令见 `../guides/开发环境.md`。
- `register_halves(frames, left_view, right_view, cfg.registration, cfg.prompt_source, cfg.pan_source)`：第 1 步的两半配准，交出 `HalfRegistration`：左半局部坐标 → 右半局部坐标的平移，`correlation`（两半扇形区边缘图的归一化互相关，采用它）、`template`（左半扇形内多块模板逐帧匹配后取中位数，只用来核对）、各次匹配明细、两者各分量之差的最大值；`contrast_to_target(side)` 换成造影那一半 → 另一半的平移。
- `SegmentationInput`：视频的 fps、帧数、宽高、逐帧时间戳，分屏线，`registration`（`HalfRegistration`），`offset`（造影那一半局部坐标 + `offset` = `target_view` 局部坐标），`contrast`（`ContrastSide`：哪一半是造影画面、造影视图和分割那一半视图 `target_view`、提示帧），`target_frames()`（重新解码，逐帧交出分割那一半的 BGR 图像；不存整段），`prompt_masks`（提示帧帧号 → 绿框按 `offset` 挪到 `target_view` 局部坐标的掩膜），造影那一半的第一帧。
- `quantify_case(prepared, target_masks, injection_offset_s, cfg)`：第 4–9 步。`target_masks` 是分割在 `target_view` 局部坐标上的 `(帧数, 高, 宽)` 布尔数组，`injection_offset_s` 是推注时间 X；分割一帧有效轮廓都没有抛 `NoValidContourError`（第 4 步）。拟合没过质量门不抛错。
- `QuantResult`：`trajectory`（`Trajectory`）、`tic`（`TicResult`）、`curves`（`TicCurves`）、推注时间、病灶两条曲线拟合是否都过质量门、`anchors`（7 个槽位的 `AnchorFrameLocation`）、`perfusion`（`roi_all`、`roi_perf` 各自的 `LognormalPerfusionMetrics`，拟合没过为 None）、紫圈检出率。
- `QuantResult`：`trajectory`（`Trajectory`）、`tic`（`TicResult`）、`curves`（`TicCurves`）、推注时间、病灶两条曲线拟合是否都过质量门、`anchors`（7 个槽位的 `AnchorFrameLocation`）、`perfusion`（`METRIC_CURVES` 即 `roi_perf`、`roi_pan` 各自的 `LognormalPerfusionMetrics`，拟合没过为 None）、紫圈检出率。
- `AnchorFrameLocation`：一个关键帧槽位的帧号、视频时间、推注后时刻、状态（`ok` 或未定位的类别）、未定位的原因、锚点时刻。
- 写产物用：`pack_trajectory(trajectory)`（trajectory.npz 字节）、`pack_tic_curves(curves)`（tic_curves.npz 字节）、`render_tic_png(tic, markers=tic_plot_markers(anchors))`（tic.png，标出 D1–D4）、`render_case_overlay(prepared, result)`（overlay.mp4 字节）、`keyframe_images(prepared, anchors)`（定位到的关键帧整幅原图，槽位 → 图像）、`quant_summary(result)`（拟合、灌注指标、紫圈检出率、7 个关键帧定位，可直接写成 JSON）；读回用 `unpack_trajectory`、`unpack_tic_curves`。
- `fan_mask(std, cfg.registration)`：由一半画面的逐像素时间标准差求扇形区掩膜；`color_marks(frames, prompt_cfg, pan_cfg, dilate)`：任一帧里落在绿框或紫圈颜色范围内的像素。两者配准用，目视核对出图也用。