feat(review): 核对包改成医生读得懂；资料库超声一路只留给 agent 的参数
- ceus：灌注指标改为对病灶去暗区（roi_perf）和紫圈（roi_pan）两组算，roi_all 指标删除； D1–D4 仍要 roi_all、roi_perf 两条都过才定位（负责人 2026-10-17：医生要正常区与病灶对比看） - build/library：tic.json 只出两组 11 个指标与 7 个槽位的视频时间；医生截图挪进 ultrasound/keyframes/key.png，UltrasoundRoute 去掉 key_image、keyframes 多一个 key - review：TIC参数.csv 取代 TIC结果.csv；问题清单按原因对照表写成大白话，对照表外的原因报错； 程序原文进 snapshot/问题清单_原文.csv；说明.pdf 整份重写为合作者口吻 - 文档：结构.md、医生核对包、装配两个库、CEUS定量 任务书 04。 Co-Authored-By: Claude Opus 5.5 <noreply@anthropic.com>
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- **配准**：估出左半画面局部坐标到右半画面局部坐标的平移 (dx, dy)（方向固定是左到右，与哪一半是造影画面无关），让两半里同一个解剖位置对上。程序在造影画面上找绿框，挪到灰阶那一半交给分割模型，分割完再把轮廓挪回造影那一半采亮度，挪的就是这个平移。在灰阶那一半分割，是因为造影画面里病灶边界随造影剂进出时明时暗，灰阶画面上边界稳定（沿用旧代码，任务书 02「先认识几个词」）。配准错了不会报错，只会让亮度采在病灶旁边，所以全量运行之前要做一轮**目视核对**（第二节）。
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- **提示帧**：绿框位置或形状明显变化的那几帧，第 2 步挑出，交给分割模型告诉它「病灶在这里」。
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- **MedSAM2**：医学图像分割模型，给它几帧提示帧上的病灶框，它把病灶轮廓传播到整段视频的每一帧。要用显卡，是最慢的一步（第 3 步）。怎么装见 `开发环境.md`。
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- **TIC**（时间-强度曲线）：ROI 平均亮度随时间的变化，造影剂进来变亮、洗出变暗。程序用 Lognormal（对数正态）形状的光滑曲线去拟合它，拟合要过一道**质量门**（拟合优度等门槛，见 `ceus.yaml` 的 `tic_analysis.fitting`）才算成功。病灶有两条曲线（整体、去掉暗区），两条都过了质量门才算**病灶拟合成功**，D1–D4 和灌注指标都要它。
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- **灌注指标**：从拟合曲线算出的 11 个数（峰值强度、达峰时间、洗入速率等），口径仿照商用造影定量软件 VueBOX（`结构.md` 第四部分）。
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- **TIC**（时间-强度曲线）：ROI 平均亮度随时间的变化，造影剂进来变亮、洗出变暗。程序用 Lognormal（对数正态）形状的光滑曲线去拟合它，拟合要过一道**质量门**（拟合优度等门槛，见 `ceus.yaml` 的 `tic_analysis.fitting`）才算成功。病灶有两条曲线（整体、去掉暗区），两条都过了质量门才算**病灶拟合成功**，B0、D1–D4 要它。
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- **灌注指标**：从拟合曲线算出的 11 个数（峰值强度、达峰时间、洗入速率等），口径仿照商用造影定量软件 VueBOX（`结构.md` 第四部分）。对病灶去暗区（`roi_perf`）和紫圈（`roi_pan`）两条曲线各算一组，哪条的拟合过了质量门就算哪条，没过的那组为 null。
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- **关键帧与槽位**：按 TIC 挑出的 7 个时刻的画面，每个时刻叫一个槽位：B0（刚开始变亮之前）、D1（开始变亮）、D2（变亮最快）、D3（最亮）、D4（变暗最快）从拟合曲线上取；F1、F2 是推注后第 20、60 秒。详细定义见 `../explanation/结构.md` 第四部分的关键帧表。
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- **推注时间 X**：超声表的「推注开始时间s」，含义是视频第 0 秒时已经推注了多少秒（不是「第几秒开始推注」），交付时已检查是非负整数。F1 取视频第 20 − X 秒，F2 取第 60 − X 秒。
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- **第 N 步**：一段视频依次经过的 9 步：1 解码、分屏与两半配准，2 找绿框、选提示帧，3 MedSAM2 分割，4 整理轮廓，5 找暗区，6 TIC 采样，7 拟合，8 关键帧，9 灌注指标（`结构.md` 第四部分的表）。
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几点说明：
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- 病灶拟合没过质量门**不算失败**：这一例照常有结果目录，D1–D4 记为未定位，灌注指标写 null，原因写在 `summary.json`；F1、F2 照常按推注时间取。个别槽位未定位也不算失败。
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- 病灶拟合没过质量门**不算失败**：这一例照常有结果目录，B0、D1–D4 记为未定位，拟合没过的那条曲线（`roi_perf`、`roi_pan`）的灌注指标写 null，原因写在 `summary.json`；F1、F2 照常按推注时间取。个别槽位未定位也不算失败。
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- 不进 `failed.csv`、而是整次停下的：配准核对表对不上（第二节末）、MedSAM2 报错（如显存不够、权重找不到）、重新解码时读不到关键帧、配置写错。报错信息在终端和日志里，留下 `.partial`。
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- 失败的病例构建时按 C15 整例跳过（`装配两个库.md` 第四节）；要不要改成「超声不可评价、仍参与会诊」等 `../待定问题/03-病例排除标准.md` 定。
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# 医生核对包
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医生核对包是一个文件夹，交给临床方的医生，请他们核对我们对交付资料的处理结果。医生不用写代码就能打开：表格是 CSV，文字是 PDF，图和视频原样拷贝。本文写给出包的人：什么时候跑、怎么跑、产物在哪、怎么交出去、报错了怎么办。为什么做、包里每个文件的格式，见 `../任务书/03-医生核对包.md`；它在代码里的位置见 `../explanation/结构.md` 第三、四部分。
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医生核对包是一个文件夹，交给临床方的医生，请他们核对我们对交付资料的处理结果。医生不用写代码就能打开：表格是 CSV，文字是 PDF，图和视频原样拷贝。本文写给出包的人：什么时候跑、怎么跑、产物在哪、怎么交出去、报错了怎么办。为什么做、包里每个文件的格式，见 `../任务书/03-医生核对包.md` 和改成医生读得懂的 `../任务书/04-核对包改成医生读得懂.md`（两者不一致处以 04 为准）；它在代码里的位置见 `../explanation/结构.md` 第三、四部分。
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## 先认识几个词
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- **CEUS 定量运行**：跑一次 `scripts/ceus_quant.py`（`CEUS定量.md`），产物在 `runs/ceus/<CEUS运行号>/`。
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- **`failed.csv`**：这次运行里记各病例在第几步失败、失败原因的表。
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- **视频号**：每例 CEUS 视频的编号，`U` 加三位病例号（如 `U001`），CEUS 运行的结果目录按它命名。
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- **TIC、拟合**：TIC（时间-强度曲线）是病灶区域平均亮度随时间的变化。拟合是用一条光滑的模型曲线（Lognormal，对数正态形状）去贴 TIC。拟合要过一道质量门才算成功；没成功时，关键帧 D1–D4 和灌注指标都取不到。
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- **TIC、拟合**：TIC（时间-强度曲线）是一块区域平均亮度随时间的变化。拟合是用一条光滑的模型曲线（Lognormal，对数正态形状）去贴 TIC。拟合要过一道质量门才算成功；病灶曲线没成功时关键帧 B0、D1–D4 取不到，某条曲线没成功时它那一组灌注指标为空。
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- **TIC 参数**：从过了质量门的拟合曲线算出的 11 个灌注指标（PE、TTP 等），紫圈（胰腺实质）和病灶去暗区各一组，就是资料库 `tic.json` 里给 AI 专家的那份。
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- **紫圈**：临床方在视频上画的紫色圈，圈一块正常胰腺作对照，程序也为它画一条 TIC。
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- **关键帧、槽位**：从视频里挑出的 7 个时刻的画面，每个时刻叫一个槽位。B0 是刚开始变亮之前，D1–D4 是从拟合曲线上取的开始变亮、变亮最快、最亮、变暗最快，F1、F2 是推注造影剂后第 20、60 秒。细节见包里的 `说明.pdf`。
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- **回放视频**：原视频逐帧叠加程序画的病灶轮廓等线条，医生用它看程序圈得对不对。
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- **问题清单**：包里的 `问题清单.csv`，列出程序在每个病例上观察到的现象：某例没进资料库、CEUS 在第几步失败、拟合没完成、关键帧没取到、紫圈曲线不可用。每条都抄自某个已有文件里的值，只写现象，不写原因推测和建议。这是负责人 2026-10-17 定的（任务书 03「不做什么」）：包只请医生核对事实，推测会把医生的注意力引向我们的猜测。
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- **问题清单**：包里的 `问题清单.csv`，列出程序在每个病例上观察到的现象：某例没进资料库、造影视频处理失败、曲线没能拟合、关键帧没取到、紫圈不可用。每条都抄自某个已有文件里的值，只写现象，不写原因推测和建议（负责人 2026-10-17，任务书 03「不做什么」）：包只请医生核对事实，推测会把医生的注意力引向我们的猜测。
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- **写成医生能懂的话**：程序记录的原因（检查编号、原因码、英文字段名）经 `src/cadx/review/_problems.py` 里的对照表换成一句大白话，同一个原因引起的几条合成一行（任务书 04）。对照表里没有的原因直接报错停下，不把程序原文给医生；程序原文另存在快照的 `问题清单_原文.csv` 里。
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- **三种编号**：格式都是 `YYYYMMDD-HHMMSS-<git 短哈希>`，工作区有未提交改动时末尾加 `-dirty`（`装配两个库.md` 第三节「构建号」）。三者各指一样东西，本文用不同的名字区分：
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- **构建号**：一次构建，即 `library/<构建号>/`、`answers/<构建号>/`；
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- **CEUS 运行号**：一次 CEUS 定量运行，即 `runs/ceus/<CEUS运行号>/`；
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@@ -27,15 +29,16 @@
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## 一、什么时候跑
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医生每交一版新数据，按顺序做完：
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医生每交一版新数据，或者处理规则改了，按顺序做完：
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1. CEUS 定量 `scripts/ceus_quant.py`，得到新的 `runs/ceus/<CEUS运行号>/`；
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2. 把 `config/build.yaml` 的 `ceus_run` 指向这个目录，跑 `scripts/build.py` 构建两个库，得到新的构建号；
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3. 再跑本入口出核对包。
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1. **干净工作区**：先确认 `git status` 没有任何改动（包括未跟踪文件），有就先提交或请改动的人处理。工作区不干净时三个运行号末尾都会带 `-dirty`，记下的提交号复现不出这次结果；
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2. **ceus_quant**：CEUS 定量 `scripts/ceus_quant.py`，得到新的 `runs/ceus/<CEUS运行号>/`；
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3. **build**：把 `config/build.yaml` 的 `ceus_run` 指向这个目录，跑 `scripts/build.py` 构建两个库，得到新的构建号；
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4. **review_pack**：再跑本入口出核对包。
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核对包只读已经构建好的两个库和那次 CEUS 运行，不碰交付包，也不改两个库。所以交付数据或处理规则变了，要先重新构建，再出包。一次构建可以出多次包，每次一个新的出包号。
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没装 CEUS 结果的构建（`build.yaml` 的 `ceus_run` 为 null）也能出包。包里没有关键帧、TIC 曲线、TIC 结果和回放视频，病例总表的 CEUS 各列留空，`说明.pdf` 里写明这次没有 CEUS 结果。
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没装 CEUS 结果的构建（`build.yaml` 的 `ceus_run` 为 null）也能出包。病例的 `关键帧/` 里只有医生截图，没有程序取的关键帧、TIC 曲线图、TIC 参数和回放视频，病例总表的 CEUS 各列留空，`说明.pdf` 里写明这一版没有造影视频的处理结果。
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## 二、怎么跑
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@@ -87,8 +90,27 @@ runs/review_pack/<出包号>/ （output_root 下）
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- `snapshot.json`：git 状态、Python 版本、`uv.lock` 哈希、开始时间、配置哈希；
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- `review_pack.yaml`：配置原文副本；
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- `review.json`：构建号、CEUS 运行号、pandoc 与 soffice 的版本行；
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- `问题清单_原文.csv`：问题清单的程序原文（检查编号、原因码、程序记的原因），列同包里的问题清单，给我们自己追溯；
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- `finished.json`：结束时间、病例数、问题清单行数。
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- `医生核对包_<构建号>/`：目录布局、每张 CSV 的列和每个文件的来源，见任务书 03「核对包的内容」。也可以直接打开包里的 `说明.pdf`：它是写给医生的完整说明，包括目录结构、每一列的意思、处理流程、关键帧和 TIC 曲线怎么看、编码含义。这里不重抄，免得两处说法不一致。`说明.pdf` 的源文件是 `src/cadx/review/readme_template.md`。
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- `医生核对包_<构建号>/`：
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说明.pdf 给医生的说明，源文件是 src/cadx/review/readme_template.md
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问题清单.csv 病例号、视频号、环节、问题（一句话）
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病例总表.csv 全部病例一例一行
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标准答案/ 化名对照.csv、诊断.csv、跳过病例.csv、报告复核句.csv（答案库原样拷贝）
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病例/<病例号>/ 只有进了资料库的病例才有
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临床信息.csv 临床一路的字段
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超声报告.pdf、MR报告.pdf 两路报告的描述段原文
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关键帧/
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医生截图.png 资料库 ultrasound/keyframes/key.png
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<槽位>_第<秒>秒.png 程序定位到的关键帧，秒数取 tic.json 的 keyframe_times_s
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TIC曲线.png CEUS 运行的 tic.png
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TIC参数.csv 11 个灌注指标 × 紫圈、病灶去暗区两组，数值取自资料库 tic.json
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回放视频.mp4 CEUS 运行的 overlay.mp4
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CSV 都是带 BOM 的 UTF-8、中文列名、缺失为空。`TIC参数.csv` 的时间类指标保留 1 位小数、其余 2 位；某一组整组为空时最后加一行「没算出的原因」，原因从 CEUS 运行的 `summary.json` 读，经对照表写成医生的话（资料库里已经没有原因，AI 专家拿到的只是 null）。图片和视频逐字节拷贝。每列的意思和怎么看写在 `说明.pdf` 里，这里不重抄，免得两处说法不一致。
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运行目录先写成 `<出包号>.partial/`，全部写完再改名成 `<出包号>/`。看到 `.partial`，说明那次出包中途出错。它不会被自动删除，留着查原因，查完由人决定删不删。已有的运行目录不删、不覆盖（`AGENTS.md`「两档标准」）。
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@@ -120,4 +142,7 @@ runs/review_pack/<出包号>/ （output_root 下）
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| `… 的 ceus_run 是 …，与资料库记的 CEUS 运行号 … 不符` | 答案库快照里 `build.yaml` 的 `ceus_run`（路径）与资料库 `manifest.json` 的 `ceus_source`（CEUS 运行号）对不上 | 两个库不是同一次构建写出的，检查配置是否指错 |
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| `CEUS 运行目录不存在` / `是没跑完的 .partial` / `缺快照` | 构建所用的 CEUS 运行目录被移走或删了 | CEUS 运行目录只追加不删；找回原目录 |
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| `CEUS 运行 failed.csv 里的视频号 … 对不上这次构建的任何病例` | 那次 CEUS 运行里失败的病例不在这次构建里，既没进库，也不在跳过清单上 | 检查 `build.yaml` 的 `ceus_run` 与 `delivery_dir`（交付包目录）是否配套，即那次 CEUS 运行是否在这份交付包上跑的 |
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| `tic.json 里有 TIC结果.csv 没有中文名的字段` | build 往 `tic.json`（资料库里每例的 CEUS 结果摘要）里加了新字段，核对包还没给它起中文名 | 在 `src/cadx/review/_pack.py` 的 `TIC_ITEMS` 里补上中文名，同时补说明模板 |
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| `tic.json 的字段是 …，核对包只认得 …` / `灌注指标分组是 …` / `灌注指标是 …` | build 改了 `tic.json`（资料库里每例给 AI 专家的 CEUS 参数）的字段，核对包还没跟上 | 改 `src/cadx/review/_pack.py` 的 `TIC_GROUPS`、`TIC_METRICS`，同时补说明模板 |
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| `… 不在对照表里：…` | 程序记录了一种新的原因（新的检查编号、新的失败原因、新的原因码、新的列），对照表里还没有给医生的写法 | 在 `src/cadx/review/_problems.py` 的对照表里补一句医生能懂的话，并在 `tests/test_review_reasons.py` 补一条手写预期 |
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| `给医生的话里出现了程序用语「…」` | 某句给医生的话里带出了检查编号、字段名、下划线、括号或运行号（多半是交付资料里的取值本身带下划线等字符） | 看是哪一句：对照表写法的问题就改写法；是交付取值带出来的，问负责人怎么写 |
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| `病灶曲线拟合失败 … 与因此未取到的关键帧 … 对不上` | CEUS 运行的 `summary.json` 里拟合结果和关键帧状态互相矛盾 | CEUS 运行本身有问题，查那次运行，不要改核对包绕过 |
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@@ -94,7 +94,7 @@ manifest.json
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cases/<化名>/
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clinical/clinical.json
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ultrasound/report.txt
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ultrasound/key.png
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ultrasound/keyframes/key.png
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ultrasound/keyframes/<槽位>.png （ceus_run 不为 null 时；只有定位到的槽位）
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ultrasound/tic.json （ceus_run 不为 null 时）
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mr/report.txt
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@@ -105,9 +105,9 @@ cases/<化名>/
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| `manifest.json` | 构建号、git 提交号、工作区是否干净、配置文件（解码时含映射表）的 SHA-256、`codes_decoded`、`uncompared`（没比对的项）、`ceus_source`（所用 CEUS 运行号，`ceus_run` 为 null 时是 null）、化名列表（按化名排序）、每个文件的相对路径和 SHA-256。不含真实病例号、交付文件名和诊断 |
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| `clinical.json` | `{"codes_decoded": ..., "fields": {列名: 值}}`。字段是临床表去掉编号和诊断后的 22 列：性别、年龄、5 个症状、5 项既往史、5 项化验的原值和档位。没测的化验写 null |
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| `ultrasound/report.txt` | 超声报告的「所见」原文，UTF-8，不加标题 |
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| `ultrasound/key.png` | 医生截的超声关键图，只保留像素和颜色模式重新编码，不带文本块、EXIF、ICC 等附加数据（附加数据里可能有文件名、时间等线索）。超声帧上烧录的信息栏不遮蔽（`AGENTS.md` 硬性约束 3） |
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| `ultrasound/keyframes/key.png` | 医生截的超声关键图（来自交付包，每例都有，和关键帧放在同一个文件夹），只保留像素和颜色模式重新编码，不带文本块、EXIF、ICC 等附加数据（附加数据里可能有文件名、时间等线索）。超声帧上烧录的信息栏不遮蔽（`AGENTS.md` 硬性约束 3） |
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| `ultrasound/keyframes/<槽位>.png` | CEUS 运行里定位到的关键帧整幅画面，和 `key.png` 一样去掉附加数据重新编码 |
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| `ultrasound/tic.json` | 四条 TIC 曲线的拟合是否成功和 R²、病灶两条曲线的灌注指标、紫圈曲线是否可用、7 个槽位是否定位到及视频时间或未定位原因。字段逐个从 CEUS 的 `summary.json` 挑出，不含视频号、路径、配置、帧号（`结构.md` 第四部分） |
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| `ultrasound/tic.json` | 只有两项：紫圈（`roi_pan`）和病灶去暗区（`roi_perf`）两组各 11 个灌注指标（拟合没过整组为 null，单项算不出为 null），7 个槽位定位到的视频时间（秒，没定位到为 null）。字段逐个从 CEUS 的 `summary.json` 挑出，拟合成败、R²、没定位的原因、视频号、路径、配置、帧号都不进（`结构.md` 第四部分） |
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| `mr/report.txt` | MR 报告的「所见」原文 |
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性别、年龄只在临床一路：两份报告表里医院也复制了这两列，但影像两路先看到会被人口学先验带偏（`结构.md` 第四部分）。
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