docs: 架构定稿——四段流水线、两个库与待定问题

负责人 2026-10-16 定：数据流为「医院原始资料->中间文件->给专家的资料库 & 标准答案库」；
两个库和中间文件都用文件夹，SQLite 只用于调模型账本；调模型用 PolyGateway；CEUS 直接逐个
迁移；数据格式和口径以 40 例交付包为准。存储与迁移方案先由两个中立子 Agent 独立评审。

- design 0002：八条决定及负责人原话（化名与打乱顺序一条为 Agent 提出）
- explanation/结构.md 对照 ClinDB 的结构文档重写：切分原则、完整范围、12 个模块与依赖、
  边界、两个库与 CEUS 中间文件的内容、目录与检查、规模、推进顺序
- research-wiki/待定问题/：绿框、参数冻结、排除标准、跨表不一致四个问题；定了就删
- AGENTS.md：事实来源加「交付资料的格式和口径以最新交付包为准」
- .gitignore 与 pre-commit 拦截 library/、answers/、work/

Co-Authored-By: Claude Opus 5.5 <noreply@anthropic.com>

WORK_LOG.md

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 ## 当前目标
 
-重构第一步：搭好协作环境和项目骨架（`research-wiki/explanation/结构.md` 第六节第 1 步）。下一步是 CEUS 定量的迁移。
+骨架已完成；整体架构已和负责人讨论定稿（`research-wiki/design/0002`、`explanation/结构.md`）。下一步是写第 2 步「资料整理（不含 CEUS）」或第 3 步「CEUS 定量」的任务书。
 
 ## 已完成
 
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 - 2026-10-15 `data/` 同步完成：`交付包_20260908_40例`（124 个文件）、`1.2-TEST`（1460 个文件），文件数与文件总字节数（4,034,244,118）和远程一致。
 - 2026-10-15 骨架（三份新文档过了一轮「硕士生阅读」并按意见修订）：`AGENTS.md`、`CLAUDE.md`、`research-wiki/` 目录与 `README.md`、`explanation/结构.md`、`design/0001`、`guides/开发环境.md`；uv 工具链、`make sync/fmt/test/check`、pre-commit。`make check` 通过（1 项测试、1 条导入契约）。提交 5eb38df（工具链）、1f7a6a3（文档）。
 
+- 2026-10-15/16 深读旧项目三条线（CEUS 算法、资料与答案隔离、会诊与评价），两位中立评审独立评了存储与迁移方案；结论落成 design 0002 与重写的 `结构.md`。待定的研究问题记在 `research-wiki/待定问题/`。
+
 ## 未完成
 
-- 无。
+- `结构.md` 按负责人要求对照 ClinDB 的 `结构.md` 重写后，重写版还没再过一轮「硕士生阅读」（design 0002 与上一版结构文档过过）。
 
 ## 关键决定
 
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 - 负责人 2026-10-15 选定：检查强度「ClinDB 级」（不要提交审查闸）；注释和 docstring 用中文；本机为主（「目前以本地为主，以后会根据具体情况调整」）。
 - 负责人 2026-10-15 同意：MedSAM2 与 torch 装在同一个 uv 环境，靠导入边界隔离，不单独开环境（design 0001 第 7 条）。
 
+- 负责人 2026-10-16：调模型用 PolyGateway；两个库和中间文件都用文件夹（SQLite 只用于调模型账本）；CEUS「直接一个个迁移」，不在本机重跑旧代码作基线；数据格式和口径以 40 例交付包为准，「推注开始时间s」是视频第 0 秒时已推注的秒数（design 0002）。
+
 ## 下一步
 
-- 写任务书 02：CEUS 定量迁移（`cadx.ceus`、`cadx.segment`、`cadx.runs` 和脚本），验收为本机复现旧项目 40 例 T1 结果与 `1.2-TEST` 的 Lognormal 回放。动手前先和负责人讲旧代码的结构与打算。
+- 和负责人定先做第 2 步还是第 3 步，再写对应任务书；动手前先讲旧代码的结构与打算。
+- 把 `待定问题/04`（6 例跨表不一致）转给医生。
 - 等临床方交付 40 例的医生标注工作簿（含造影剂到达时间和注射时间）。