docs: 任务书 04 核对包改成医生读得懂；紫圈与病灶去暗区两组灌注指标
Co-Authored-By: Claude Opus 5.5 <noreply@anthropic.com>
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# 任务书 04：核对包改成医生读得懂、加上「给 agent 的参数」
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## 目标
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任务书 03 做出来的核对包（`runs/review_pack/20261017-060427-c7373ef-dirty/`）是照任务书做的，但任务书本身写错了读者：它把我们自己才用得上的东西（检查编号、字段名、原因码、tic.json 全部字段）都要求给了医生。本任务把核对包改成合作医生拿到就能看懂的样子，并加上医生明确要的「给 agent 的参数」。
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医生不是搞计算机的。包里的每个文件、每一列、每一句话，都要回答得了「医生看这个能判断什么」；回答不了的不放。
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来源：负责人 2026-10-17「说明.pdf 写的很奇怪，既不符合对于合作方的语气，我们是合作者啊……类似公文……合作方是医生，感觉他们也不一定看得懂」「TIC结果.csv 为什么有那么多值是空的」「中间结果……不需要给医生，他们又不是搞计算机的」「医生明确说需要有『给 agent 的参数』」「从 Lognormal 拟合曲线算出来，算不出来就是空；应该是要算两组的，一个是实质的曲线算，一个是去暗区的那条……得类似正常区域与疾病区域对比看。但是病灶整体肯定是不要的……每一组都是那些参数」「就用那几个指标」（指旧项目已经写程序算过的那组灌注指标）。
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## 定下来的「给 agent 的参数」
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- **两组**：胰腺实质（医生画的紫圈，`roi_pan`）一组，病灶去暗区（`roi_perf`）一组。病灶整体（`roi_all`）不要。
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- **每组同样的参数**：旧项目 `perfusion_metrics.py` 那 11 个灌注指标，本仓库已迁移为 `src/cadx/ceus/_perfusion_metrics.py`：PE、TTP、WiR、RT、WiAUC、WiPI、WoR、FT、WoAUC、WiWoAUC、mTTl。辅助时刻 TI、TO、mTT 不给（它们只是算上面几项的中间量）。
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- **怎么算**：照现在的做法，从过了质量门的 Lognormal 拟合曲线算；这一组拟合没过，整组为空；观测不够算不出的单项为空，不外推。
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- **不给**：拟合成功与否、R²、背景圆、紫圈检出率、信号域等内部标记。
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资料库的存储格式这次**不改**（负责人：「可以先不改 library……存储格式晚点再改也行」）。核对包里的参数表直接从 CEUS 运行读。
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## 一、CEUS：紫圈也算灌注指标
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现在第 9 步只对 `LESION_CURVES = ("roi_all", "roi_perf")` 算指标（`src/cadx/ceus/_pipeline.py:59`、`:313`），紫圈没算。改为对 `roi_perf` 和 `roi_pan` 也算（`roi_all` 照旧算，资料库现在还在用它，存储格式改的时候再一起去掉）。
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注意 `LESION_CURVES` 同时决定「两条病灶曲线都过才定位 D1–D4」（`_pipeline.py:300`），那条规则不动；给「算指标的曲线」单独一个名字，不要把 `roi_pan` 塞进 `LESION_CURVES`。
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`summary.json` 的 `perfusion_metrics` 下相应多一个 `roi_pan`。确认 build 读 `summary.json` 时多出这个键不出错、资料库的 tic.json 内容不变（build 原有测试照过）。
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### 重跑
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紫圈指标要重跑 CEUS 才有，顺便把 `-dirty` 的问题一起解决：
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1. **开跑前工作区必须干净**（`git status` 无改动，包括负责人自己的 AGENTS.md、README.md、`research-wiki/paper/`）。不干净就停下来告诉负责人，不要替他提交。
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2. 全量重跑 `ceus_quant`（40 例），再用新运行重新 `build`，再出核对包。三个运行目录都不带 `-dirty`。
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3. 上次全量跑过一次 OOM（`runs/ceus/20261016-070216-e165b32-dirty.partial`），这次用当时修好后的设置。超过一分钟的命令放 tmux，日志写文件。
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4. 报告里对比新旧两次 CEUS 运行：成功例数、各曲线拟合成功例数应完全相同（只多了紫圈指标）；不同就停下来查原因，不要往下走。
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## 二、核对包的内容
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医生核对包_<构建号>/
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说明.pdf
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问题清单.csv
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病例总表.csv
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标准答案/ 4 张表照旧
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病例/<病例号>/
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临床信息.csv
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超声报告.pdf
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MR报告.pdf
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关键图.png
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关键帧/<槽位>_第<秒>秒.png
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TIC曲线.png
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TIC参数.csv 新增，取代 TIC结果.csv
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回放视频.mp4
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`TIC结果.csv` 删掉。其余文件的拷贝规则、CSV 格式（BOM、中文列名、缺失为空）照任务书 03。
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### TIC参数.csv
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一例一张，行是 11 个指标，列：
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| 列 | 内容 |
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| 指标 | 中文名加缩写，如「达峰时间 TTP」 |
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| 单位 | 秒、灰度、灰度·秒、灰度/秒 |
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| 胰腺实质（紫圈） | 数值 |
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| 病灶（去暗区） | 数值 |
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- 时间类保留 1 位小数，其余保留 2 位。
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- 某一组整组没算出时，该列全空，并在表的最后加一行：「指标」列写「没算出的原因」，对应列写一句医生能懂的话（见下文「原因的写法」）。两组都算出时没有这一行。
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- 单项因观测不够算不出、而同组其他项有值时，该格留空，不另写原因（说明.pdf 里统一交代一次）。
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- CEUS 失败的病例本来就不进资料库，没有这个文件。
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### 问题清单.csv
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列不变（病例号、视频号、环节、问题），内容改成每条一句大白话：
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- 「问题」里不出现：检查编号（C10、C15 …）、英文原因码、JSON、文件路径、运行号、`roi_*` 之类的字段名、程序内部用词（band、谷值、互相关、模板匹配 …）。
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- 「环节」改成医生认得的说法，例如「资料核对」「造影视频处理」「TIC 曲线」「关键帧」「紫圈」。
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- 由同一个原因引起的多条合并成一条。例如病灶曲线拟合没成功导致 B0、D1–D4 都没取到，只写一条：「病灶曲线没能拟合，B0、D1–D4 这 5 个关键帧没有取」；不要再各写 5 行。
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- 跨表不一致写出对不上的具体值，例如「三张表的年龄对不上：临床表 28 岁，超声表和 MR 表 63 岁」（这是病例数据，只进包，不进仓库、日志和报告）。
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- 一个 CEUS 失败的病例只写一条（现在是「CEUS 第 N 步」和「装配资料库 C15」各一条，说的是同一件事）。
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### 原因的写法
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在 review 里维护一张「程序原因 → 医生能懂的一句话」的对照表，覆盖：跳过清单的每个检查编号、`failed.csv` 里各步的失败原因、拟合的每个原因码、关键帧每类未取到的原因、紫圈不可用。
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- 对照表按「原因的种类」写，具体数值从原记录里取出来填进句子；数值对医生没意义的（谷值、像素偏移）不填。
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- 遇到对照表里没有的原因**直接报错停下**，不能把程序原文漏给医生。
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- 程序原文照旧留在 `snapshot/` 里（新增一份 `问题清单_原文.csv`，列同旧版），给我们自己追溯用，不进医生的目录。
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写法参考（执行者可改得更顺，意思不变）：
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| 程序原因 | 给医生的话 |
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| 第 1 步找不到分屏暗缝 | 视频里找不到左右两屏的分界线 |
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| 第 1 步两半配准相差超过门槛 | 视频左右两屏的位置对不齐 |
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| 第 2 步两半都没有绿框 | 视频里找不到画好的绿框 |
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| 拟合 `parameter_on_boundary` | 曲线形状超出了程序预设的范围，没能拟合 |
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| 拟合其他原因码 | 各写一句，说的是曲线本身的样子（太平、没有明显的峰、开头就已经很亮 …），不说算法 |
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| 紫圈不可用 | 视频里大部分时间认不出紫圈 |
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### 说明.pdf
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整份重写，模板仍在 `src/cadx/review/` 下。
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- **口吻**：合作者之间说话。用「我们」「你们」，不用「贵方」「请您核对」这类公文腔。开头一两句说清这是什么、想请他们帮忙看什么就行。
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- **读者**：胰腺外科或超声科医生，懂 CEUS、懂 TIC 的临床意义，不懂编程、不懂我们的程序。
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- **篇幅**：尽量 3 页内，最多 4 页。
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- **只讲这些**：
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1. 包里有什么、每个文件夹打开能看到什么（分条，不用长表）；
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2. 看病例的建议顺序：报告 → 关键图 → 回放视频（黄色、绿色线是程序画的病灶轮廓，蓝色是程序认为一直不进造影剂的部分）→ TIC 曲线图 → 关键帧 → TIC 参数；
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3. 7 个关键帧各是什么时刻，用临床的话说；
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4. TIC 曲线图上每条线是什么（图上的英文标注逐个对照成中文）；
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5. 11 个指标各是什么意思，一句一个；两组的意思是让病灶和正常胰腺对着看；数值是在视频显示的灰度上算的，不是机器内部的回声强度，所以单看一个数意义不大，看两组的对比；时间从视频第一帧算起；空着表示没算出，最后一行写了原因；
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6. 问题清单、病例总表、标准答案 4 张表各是什么，一句一个；
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7. 包里有患者资料，只在我们双方之间传。
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- **不写**：检查编号、原因码列表、字段名、算法和模型名（MedSAM2、Lognormal 等，Lognormal 可以说成「用一条平滑曲线去贴合」）、质量门的具体条件、构建配置开关、化名的设计理由。构建号、CEUS 运行号、生成日期放在第一页末尾一行小字即可。
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- **排版**：现在的 PDF 有 4 张表（第 3、5 页的问题清单列说明、「环节」、「槽位」、「原因码」）在转换后只剩第一列。改完必须确认没有这种问题；能用分条就不用表。
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## 三、验收要求（执行者自己做完再交）
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1. **把 PDF 渲染成图片逐页看一遍**（`pdftoppm`），说明.pdf 全部页和一份超声报告 PDF。报告里写看过了、有没有发现问题。
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2. **医生视角阅读**：派一个全新上下文的子 Agent，扮演「三甲医院胰腺外科医生，懂 CEUS，不会编程，第一次拿到这个包」，只给它：说明.pdf 转出的文字、`问题清单.csv`、一例病例目录里的 `TIC参数.csv` 和 `临床信息.csv`（用假交付包测试产出的那份，不给真实病例数据）。让它先复述「这个包让我看什么、怎么看」，再列出读不懂的句子、看不懂的词、觉得多余的内容、语气别扭的地方。这一轮替代 AGENTS.md 的「硕士生阅读」（读者不同）。格式建议不采纳，读不懂和多余的必须改。
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3. 问题清单全文 `/usr/bin/grep` 一遍，确认不含：`C[0-9]`、`roi_`、`_`、`{`、`[`、`band`、运行号格式。写成测试。
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## 测试
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预期值照本任务书写，不从实现里推：
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- 紫圈指标：假 CEUS 运行里造一例紫圈拟合成功的，`summary.json` 有 `perfusion_metrics.roi_pan` 且 11 项值等于直接调 `compute_lognormal_perfusion_metrics` 的结果；`lesion_fit_ready` 的判定不受影响（造一例紫圈过、病灶有一条没过，D1–D4 仍不定位）。
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- `TIC参数.csv`：列名、11 行的顺序和中文名；两组都有值、只有一组有值、两组都没有三种情况；「没算出的原因」行只在有组为空时出现；数值的小数位。
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- 问题清单：每种原因至少一例，断言「环节」「问题」原文；拟合失败连带的关键帧只出一行；CEUS 失败只出一行；对照表里没有的原因报错；上面第 3 条的禁用字符检查。
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- `snapshot/问题清单_原文.csv` 存在且内容与旧写法一致。
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- 包里不再有 `TIC结果.csv`。
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- build、ceus、review 原有测试照过（按本任务改了预期的除外，在报告里列出改了哪几条、为什么）。
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## 文档
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- `research-wiki/explanation/` 里讲 CEUS 第 9 步的地方：指标改为对病灶去暗区和紫圈两组算，写明来源是负责人 2026-10-17 的决定（医生要正常区与病灶对比看）。
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- `research-wiki/guides/医生核对包.md`：文件清单改成新的；重跑顺序写成「干净工作区 → ceus_quant → build → review_pack」。
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- `结构.md`：规模表若有变化同步。
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- `WORK_LOG.md`。
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## 审阅
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「其余部分」那一档。写完派一个全新上下文的子 Agent，只给本任务书、diff 和渲染后的说明.pdf 页面图片。重点：问题清单里有没有漏出程序原文；对照表是否覆盖了真跑时出现的全部原因；紫圈指标改动有没有影响 D1–D4 的定位规则；review 有没有写 `library/` 或 `answers/`。Codex 连不上就跳过。
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## 报告
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1. 提交号；各部分行数变化。
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2. `make check` 完整输出。
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3. 新旧 CEUS 运行的对比（见「重跑」第 4 条）；新的 CEUS、build、review_pack 三个运行号。
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4. 紫圈、病灶去暗区两组各有几例算出了指标，两组都有的几例（只报计数）。
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5. 问题清单按新「环节」分的行数，与旧版行数对比。
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6. 渲染检查和医生视角阅读的结果，以及据此改了什么。
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7. 说明.pdf 和一例病例目录的路径，供负责人目视检查。
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8. 和本任务书、`AGENTS.md` 不一致的地方，以及为什么。
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Reference in New Issue
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