feat(build): 任务书 02 第四阶段代码——build 装入 CEUS 结果
- build.yaml 加必填字段 ceus_run（CEUS 运行目录或 null）。 - 不为 null 时按视频号找结果；在 failed.csv 里或缺结果目录的整例跳过，记 C15；关键帧图沿用 C14 检查。 - 资料库超声一路加 keyframes/<槽位>.png（去附加数据重编码）和 tic.json（白名单逐字段构造： 四条曲线的拟合成败与 R²、灌注指标、紫圈曲线是否可用、7 个槽位的定位与视频时间或原因）。 - manifest 的 CEUS 来源写运行号；泄露扫描已覆盖 tic.json，补命中测试。 - 真实构建等配准改完、全量 CEUS 运行之后再做。 Co-Authored-By: Claude Opus 5.5 <noreply@anthropic.com>
This commit is contained in:
@@ -153,14 +153,20 @@ runs/ceus/<运行号>/ ────► ② 装配两个库 config/bu
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library/<构建号>/
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manifest.json 构建清单：每个文件的 SHA-256、构建时的 git 提交、配置哈希、所用 CEUS 结果的来源
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manifest.json 构建清单：每个文件的 SHA-256、构建时的 git 提交、配置哈希、所用 CEUS 运行号（没装为 null）
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cases/<化名>/
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clinical/clinical.json 临床那一路
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ultrasound/ 超声那一路：report.txt、key.png、keyframes/*.png、tic.json
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（后两项等 CEUS 定量落地后由 build 加入，目前只有前两项）
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ultrasound/ 超声那一路：report.txt、key.png；装了 CEUS 结果时另有
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keyframes/<槽位>.png 和 tic.json
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mr/report.txt MR 那一路
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`build.yaml` 的 `ceus_run` 指向某次 CEUS 定量的运行目录时，build 才往超声一路装 CEUS 结果，为 null 时不装。装的时候：
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- `keyframes/<槽位>.png`：下文关键帧表里定位到的那几张（槽位即 B0、D1 等），和 `key.png` 一样去掉附加数据重新编码；每例最多 8 张图（7 张关键帧加 `key.png`）。
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- `tic.json`：从这一例的 `summary.json` 里逐字段挑出，此外什么都不写：四条曲线（`roi_all` 病灶整体、`roi_perf` 病灶去暗区、`roi_pan` 紫圈即医生圈的一块正常胰腺、`background_circle` 背景圆）各自的拟合是否成功（`success`）和拟合优度 R²（`r2`）；病灶两条曲线的灌注指标（`perfusion_metrics`，拟合没过质量门为 null）；紫圈曲线是否可用（`pan_curve_usable`）；7 个槽位各自是否定位到（`located`）、定位到的视频时间（`video_time_s`，秒）、没定位的原因（`reason`）。视频号、文件路径、配置、帧号、拟合参数都不写。挑哪些字段只在 `src/cadx/build/_ceus.py` 里列。
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- CEUS 在这一例上失败（在 `failed.csv` 里）或运行目录里没有这一例的结果，这一例整例跳过，记 C15。失败的病例要不要改成「超声不可评价、仍参与会诊」等 `../待定问题/03-病例排除标准.md` 定。
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每一路能看见什么：
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| 内容 | 临床 | 超声 | MR |
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@@ -245,7 +251,7 @@ X 是超声报告工作簿的「推注开始时间s」，含义是视频第 0
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| 文件 | 给谁用 | 内容 |
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| `build.yaml` | `scripts/build.py` | `delivery_dir`（交付包位置）、`library_root`、`answers_root`（两个库的上级目录）、`alias_seed`（生成化名的随机种子）、`decode_codes`（编码解码开关）、`code_maps`（映射表位置或 null）；字段定义和校验在 `src/cadx/build/_config.py`，逐项说明见 `../guides/装配两个库.md` |
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| `build.yaml` | `scripts/build.py` | `delivery_dir`（交付包位置）、`library_root`、`answers_root`（两个库的上级目录）、`alias_seed`（生成化名的随机种子）、`decode_codes`（编码解码开关）、`code_maps`（映射表位置或 null）、`ceus_run`（CEUS 运行目录或 null）；字段定义和校验在 `src/cadx/build/_config.py`，逐项说明见 `../guides/装配两个库.md` |
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| `code_maps.yaml` | build（经 `build.yaml` 引用） | 编码映射表：交付包里每个用数字编码的列，每个数字代表什么（如性别的 1、2）。还没向临床方拿到，尚未建 |
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| `ceus.yaml` | `scripts/ceus_quant.py` | CEUS 定量的全部参数，每个参数用注释写明出处 |
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| `consult.yaml` | `scripts/consult.py` | 会诊的实验配置与模型用途 |
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@@ -339,13 +345,14 @@ Python 环境用 uv；安装与检查命令见 `../guides/开发环境.md`。
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### library（`src/cadx/library/`）
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- `write_library(build_dir, build_id, git_commit, git_clean, config_sha256, codes_decoded, uncompared, ceus_source, cases)`：把一次构建的各例三路内容写进一个已存在的空目录，关键图去掉附加数据重新编码，最后写 `manifest.json`。关键图不能保真重编码时报错停下（说明 build 漏了 C14）。
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- `write_library(build_dir, build_id, git_commit, git_clean, config_sha256, codes_decoded, uncompared, ceus_source, cases)`：把一次构建的各例三路内容写进一个已存在的空目录，关键图和关键帧去掉附加数据重新编码，有 CEUS 结果时写 `tic.json`，最后写 `manifest.json`（`ceus_source` 是 CEUS 运行号或 None，与每例的 `ceus` 是否为 None 必须配套）。图不能保真重编码时报错停下（说明 build 漏了 C14）。
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- `check_key_image(path)`：关键图能逐像素保真重编码时返回 None，不能时（不是 PNG、位深或颜色类型不行、带 tRNS 透明色）返回原因。
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- `LibraryCase`：要写进资料库的一例：化名、临床一路的字段、超声描述、关键图源文件、MR 描述。
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- `LibraryCase`：要写进资料库的一例：化名、临床一路的字段、超声描述、关键图源文件、MR 描述、CEUS 部分（`LibraryCeus` 或 None）。
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- `LibraryCeus`：一例超声一路的 CEUS 部分：build 挑好的 tic.json 内容、槽位 → 关键帧源图。
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- `list_aliases(build_dir)`：一次构建的全部化名（按化名排序）。
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- `read_clinical(build_dir, alias)`、`read_ultrasound(build_dir, alias)`、`read_mr(build_dir, alias)`：按路读出一例，读时核对 SHA-256，拒绝 `.partial` 目录。
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- `ClinicalRoute`：临床一路：是否已解码、22 列字段。
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- `UltrasoundRoute`：超声一路：报告「所见」原文、关键图路径。
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- `UltrasoundRoute`：超声一路：报告「所见」原文、关键图路径、tic.json 的内容（没装 CEUS 时为 None）、槽位 → 关键帧路径（没装时为空）。
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- `MrRoute`：MR 一路：报告「所见」原文。
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- `scan_for_leaks(build_dir, forbidden_strings, forbidden_keys)`：在构建目录的全部 `.txt`、`.json` 里找禁止的字符串（NFKC 归一、不分大小写、按子串）和禁止的 JSON 键名，返回命中列表。
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- `LeakHit`：一处命中：文件（相对构建目录）、类别（「字符串」或「键名」）、命中的词。
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@@ -390,7 +397,7 @@ Python 环境用 uv；安装与检查命令见 `../guides/开发环境.md`。
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### build（`src/cadx/build/`）
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- `run_build(config_path, repo_root, now)`：完整做一次构建：读配置和映射表、读交付包、对每例做 C14（`check_key_image` 返回原因的整例跳过，记进跳过清单）、取化名、先写进 `.partial` 目录再改名，交出 `BuildSummary`。
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- `run_build(config_path, repo_root, now)`：完整做一次构建：读配置和映射表、读交付包、对每例做 C14（`check_key_image` 返回原因的整例跳过，记进跳过清单）；`ceus_run` 不为 null 时核对运行目录（不合规整次停下），对每例做 C15（CEUS 失败或没有结果的整例跳过）、关键帧也过 C14，按白名单构造 tic.json；取化名、先写进 `.partial` 目录再改名，交出 `BuildSummary`。
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- `BuildSummary`：供终端打印的计数：构建号、两个库的路径、病例总数、进库数、跳过数、认不出编号的行数、按检查编号分的跳过数、复核清单条数、跳过清单说明句。
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- `BuildConfig`：`build.yaml` 的字段定义（pydantic，字段必填、不许多写、读入后不可改）。
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- `load_build_config(path, repo_root)`：读并校验 `build.yaml`，相对路径按仓库根目录解析。
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@@ -6,7 +6,8 @@
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- **四类胰腺囊性肿瘤**：IPMN（导管内乳头状黏液性肿瘤）、SPN（实性假乳头状肿瘤）、MCN（黏液性囊性肿瘤）、SCN（浆液性囊性肿瘤）。项目要专家判断病灶属于哪一类，所以资料库里出现这些名字就等于泄露答案。
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- **金标准**：术后或穿刺的病理结论，交付表里叫「病理类型」或 `Diagnosis`，用 1–4 的数字记。
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- **CEUS、MR**：CEUS 是超声造影视频（往静脉打造影剂后录的超声）；MR 是磁共振检查，本项目只有它的文字报告。这一步不处理 CEUS 视频，只检查它在不在。
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- **CEUS、MR**：CEUS 是超声造影视频（往静脉打造影剂后录的超声）；MR 是磁共振检查，本项目只有它的文字报告。这一步不处理 CEUS 视频，只检查它在不在；CEUS 定量（`scripts/ceus_quant.py`，见 `../任务书/02-CEUS定量.md`）另外先跑，这一步按 `ceus_run` 读它的结果。
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- **TIC、关键帧、槽位**：TIC（时间-强度曲线）是病灶区域平均亮度随时间的变化；关键帧是按 TIC 挑出的 7 个时刻的画面，每个时刻叫一个槽位（B0、D1–D4、F1、F2，含义见 `../explanation/结构.md` 第四部分的关键帧表）。
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- **交付包**：临床方交来的一批原始资料，目前是 `data/交付包_20260908_40例/`：三张汇总表（临床工作簿、超声报告、MR 报告）和每例一个病例目录（关键图、CEUS 视频、单例报告表）。
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- **单例报告表**：每个病例目录里的一份 Excel，只有一行，列与超声汇总表相同（7 列）。它和汇总表重复，用来核对两份是否一致。
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- **所见、结论段**：一份影像报告通常分「所见」（描述看到了什么）和「印象 / 结论」（医生的诊断倾向）。交付包的报告文字只有所见，这一步检查里面没有混进结论段（C11）。
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@@ -32,6 +33,7 @@
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| `alias_seed` | 整数 | 生成化名的随机种子。同一个种子、同一批通过的病例，得到同样的化名 |
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| `decode_codes` | true / false | 编码列是否按映射表解码 |
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| `code_maps` | 路径或 null | 映射表位置 |
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| `ceus_run` | 路径或 null | 某次 CEUS 定量的运行目录（`runs/ceus/<运行号>/`）；null 表示不装 CEUS 结果，超声一路只有报告和关键图 |
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相对路径**相对仓库根目录**解析，不相对配置文件所在目录，也不相对你敲命令时所在的目录。路径不能写空串（空串会变成当前目录）。
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@@ -43,6 +45,10 @@
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为什么做成开关：映射表还没从临床方拿到，不能编造含义；先用 false 跑通，映射表到位后改成 true 重新构建一次（负责人 2026-10-16：解码做成可选开关，映射表是独立的配置文件）。诊断编码和其他编码列一样归这个开关管；诊断不进资料库，所以开关对诊断只影响答案库。
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### ceus_run
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指向一次**跑完的** CEUS 运行目录。目录不存在、名字以 `.partial` 结尾（那次运行没跑完）、缺 `failed.csv` 或 `snapshot/snapshot.json`，整次构建在建目录之前停下。目录合规时，按视频号找每例的结果，找不到或 CEUS 在这一例上失败的按 C15 跳过（第四节）。
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### 映射表的格式
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映射表目前**还没有**（`config/code_maps.yaml` 尚未建）。拿到后按下面的格式写：每个编码列一项，列名映射到「数字 → 含义」。
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@@ -73,7 +79,7 @@ uv run python scripts/build.py --config config/build.yaml
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uv run python scripts/scan_library.py --library library/<构建号> --answers answers/<构建号>
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```
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它从答案库读出这次构建的真实病例号和视频号，加上脚本里独立写的亚型名、诊断列名、交付文件名词表，扫资料库的全部 `.txt`、`.json`（不扫 PNG：PNG 的附加数据在写入时已经去掉，像素上烧录的信息栏按 `AGENTS.md` 硬性约束 3 不遮蔽，文字扫描也查不了像素），并检查 JSON 里有没有 `diagnosis`、`label`、`gold`、`pathology`、`name`、`row` 这类键名。只输出命中的条数和类别，不输出命中的内容；全部为 0 才说明资料库里没有这些东西。两个目录的构建号不同时直接报错。词表在脚本里另写一份、不取自 delivery 的常量，是为了让扫描不依赖被检查的代码本身：delivery 漏了一个词，扫描还能查出来。这个脚本同时读两个库，所以只能放在 `scripts/`，不能进 `src/cadx`（会诊代码不许碰答案库）。
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它从答案库读出这次构建的真实病例号和视频号，加上脚本里独立写的亚型名、诊断列名、交付文件名词表，扫资料库的全部 `.txt`、`.json`（含 `tic.json`；不扫 PNG：PNG 的附加数据在写入时已经去掉，像素上烧录的信息栏按 `AGENTS.md` 硬性约束 3 不遮蔽，文字扫描也查不了像素），并检查 JSON 里有没有 `diagnosis`、`label`、`gold`、`pathology`、`name`、`row` 这类键名。只输出命中的条数和类别，不输出命中的内容；全部为 0 才说明资料库里没有这些东西。两个目录的构建号不同时直接报错。词表在脚本里另写一份、不取自 delivery 的常量，是为了让扫描不依赖被检查的代码本身：delivery 漏了一个词，扫描还能查出来。这个脚本同时读两个库，所以只能放在 `scripts/`，不能进 `src/cadx`（会诊代码不许碰答案库）。
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## 三、产物在哪
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@@ -89,18 +95,22 @@ cases/<化名>/
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clinical/clinical.json
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ultrasound/report.txt
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ultrasound/key.png
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ultrasound/keyframes/<槽位>.png （ceus_run 不为 null 时；只有定位到的槽位）
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ultrasound/tic.json （ceus_run 不为 null 时）
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mr/report.txt
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```
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| 文件 | 内容 |
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| `manifest.json` | 构建号、git 提交号、工作区是否干净、配置文件（解码时含映射表）的 SHA-256、`codes_decoded`、`uncompared`（没比对的项）、`ceus_source`（所用 CEUS 结果的来源，这一步是 null）、化名列表（按化名排序）、每个文件的相对路径和 SHA-256。不含真实病例号、交付文件名和诊断 |
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| `manifest.json` | 构建号、git 提交号、工作区是否干净、配置文件（解码时含映射表）的 SHA-256、`codes_decoded`、`uncompared`（没比对的项）、`ceus_source`（所用 CEUS 运行号，`ceus_run` 为 null 时是 null）、化名列表（按化名排序）、每个文件的相对路径和 SHA-256。不含真实病例号、交付文件名和诊断 |
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| `clinical.json` | `{"codes_decoded": ..., "fields": {列名: 值}}`。字段是临床表去掉编号和诊断后的 22 列：性别、年龄、5 个症状、5 项既往史、5 项化验的原值和档位。没测的化验写 null |
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| `ultrasound/report.txt` | 超声报告的「所见」原文，UTF-8，不加标题 |
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| `ultrasound/key.png` | 医生截的超声关键图，只保留像素和颜色模式重新编码，不带文本块、EXIF、ICC 等附加数据（附加数据里可能有文件名、时间等线索）。超声帧上烧录的信息栏不遮蔽（`AGENTS.md` 硬性约束 3） |
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| `ultrasound/keyframes/<槽位>.png` | CEUS 运行里定位到的关键帧整幅画面，和 `key.png` 一样去掉附加数据重新编码 |
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| `ultrasound/tic.json` | 四条 TIC 曲线的拟合是否成功和 R²、病灶两条曲线的灌注指标、紫圈曲线是否可用、7 个槽位是否定位到及视频时间或未定位原因。字段逐个从 CEUS 的 `summary.json` 挑出，不含视频号、路径、配置、帧号（`结构.md` 第四部分） |
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| `mr/report.txt` | MR 报告的「所见」原文 |
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性别、年龄只在临床一路：两份报告表里医院也复制了这两列，但影像两路先看到会被人口学先验带偏（`结构.md` 第四部分）。以后 CEUS 定量落地，超声一路再加关键帧和灌注指标。
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性别、年龄只在临床一路：两份报告表里医院也复制了这两列，但影像两路先看到会被人口学先验带偏（`结构.md` 第四部分）。
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读资料库要经 `cadx.library` 的 `read_clinical`、`read_ultrasound`、`read_mr`：读时逐个核对文件的 SHA-256 与清单一致，被改过就报错。
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@@ -147,18 +157,18 @@ CSV 用带 BOM 的 UTF-8（文件开头有一个不可见的标记），医生
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交付资料里的问题分两种（`AGENTS.md`「错误怎么处理」）：
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- **整张表的问题**（T1–T5）：一例也读不出来，整次构建停下，报错信息以检查编号开头，写明哪个文件哪一项不符。
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- **只落在某一个病例上的问题**（C01–C14）：跳过这一整例，接着处理下一例，在 `skipped.csv` 里记一行。这一例不进资料库，也不进答案库的 `aliases.csv`、`diagnoses.csv`。
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- **只落在某一个病例上的问题**（C01–C15）：跳过这一整例，接着处理下一例，在 `skipped.csv` 里记一行。这一例不进资料库，也不进答案库的 `aliases.csv`、`diagnoses.csv`。
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先对三张表的每一行和每个病例目录做 C01（编号认不认得出）；认得出的，再逐例按 C02 到 C13 的顺序检查，**遇到第一项没过就停下**，清单上每例只记这一项（C01 记的是认不出的那一行，不算某一例，见下文）。后面的检查没做过，不代表没问题：医生改好这一项后，重新构建时它可能卡在后面某一项。这句说明写在答案库 `manifest.json` 的 `skipped_note` 里，终端也会打印；CSV 文件开头不能加注释行，所以没写在 `skipped.csv` 里。为什么整例跳过而不是停下整次构建：负责人 2026-10-16「都是遇到整个病例跳过，让医生核对去吧」。评价时要报告跳过了几例、各因为什么。
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先对三张表的每一行和每个病例目录做 C01（编号认不认得出）；认得出的，再逐例按 C02 到 C13、C14（关键图）、C15（CEUS 结果）、C14（关键帧图）的顺序检查，**遇到第一项没过就停下**，清单上每例只记这一项（C01 记的是认不出的那一行，不算某一例，见下文）。后面的检查没做过，不代表没问题：医生改好这一项后，重新构建时它可能卡在后面某一项。这句说明写在答案库 `manifest.json` 的 `skipped_note` 里，终端也会打印；CSV 文件开头不能加注释行，所以没写在 `skipped.csv` 里。为什么整例跳过而不是停下整次构建：负责人 2026-10-16「都是遇到整个病例跳过，让医生核对去吧」。评价时要报告跳过了几例、各因为什么。
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### skipped.csv 的列
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| 列 | 含义 |
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| 病例 | 三位病例号。C01（编号认不出）的行不知道是哪个病人，写成「表的路径 第 N 行」（N 是 Excel 行号，第 1 行是表头）；病例目录名不在 1–999 之间时写成「病例目录 目录名」 |
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| 检查编号 | C01–C14 |
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| 检查编号 | C01–C15 |
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| 检查说明 | 这项检查的一句话说明 |
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| 文件 | 涉及的文件，相对交付包根目录，多个用「; 」隔开 |
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| 文件 | 涉及的文件，相对交付包根目录，多个用「; 」隔开；C15 和关键帧图的 C14 相对 CEUS 运行的上级目录（以运行号开头） |
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| 列 | 涉及的列，多个用「; 」隔开；不涉及具体列（如目录里的文件不对）时为空 |
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| 涉及值 | JSON 字符串：不合规的原值、对不上的各表的值、命中的词和所在句子等，供医生核对 |
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@@ -166,7 +176,7 @@ C01 的行不计入病例数，也不计入终端的「跳过病例」，单独
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### 检查编号速查
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规则细节以代码为准：T1–T4 在 `src/cadx/delivery/_tables.py`，T5 在 `src/cadx/build/_config.py`，C01–C10 在 `src/cadx/delivery/_cases.py`，C11–C13 的词表和正则在 `src/cadx/delivery/_text.py`，C14 由 build 调 library 的 `check_key_image`（`src/cadx/library/_write.py`）在写库前做，表名、工作表名、表头在 `src/cadx/delivery/_shape.py`。每条规则为什么这样定见任务书 `../任务书/01-装配两个库.md` 第二部分。
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规则细节以代码为准：T1–T4 在 `src/cadx/delivery/_tables.py`，T5 在 `src/cadx/build/_config.py`，C01–C10 在 `src/cadx/delivery/_cases.py`，C11–C13 的词表和正则在 `src/cadx/delivery/_text.py`，C14 由 build 调 library 的 `check_key_image`（`src/cadx/library/_write.py`）在写库前做，C15 在 `src/cadx/build/_ceus.py`，表名、工作表名、表头在 `src/cadx/delivery/_shape.py`。每条规则为什么这样定见任务书 `../任务书/01-装配两个库.md` 第二部分。
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| 编号 | 查什么 | 不过时 |
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@@ -188,7 +198,8 @@ C01 的行不计入病例数，也不计入终端的「跳过病例」，单独
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| C11 | 报告文字里没有结论段标题：段首（全文开头或换行之后）出现「印象」「结论」「提示」等关键词加冒号 | 跳过这一例 |
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| C12 | 报告文字里没有亚型名（缩写、中文名及其常见变体） | 跳过这一例 |
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| C13 | 报告文字里没有人口学信息：没有「数字岁」，没有「男」「女」两个字 | 跳过这一例 |
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| C14 | 关键图能原样重编码：是 PNG，位深和颜色类型能逐像素保真（8 位灰度、RGB、灰度加透明通道、RGBA，或 1 位灰度），不带 tRNS 透明色；否则重编码会悄悄降位或丢透明。涉及值写不过的原因 | 跳过这一例 |
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| C14 | 关键图能原样重编码：是 PNG，位深和颜色类型能逐像素保真（8 位灰度、RGB、灰度加透明通道、RGBA，或 1 位灰度），不带 tRNS 透明色；否则重编码会悄悄降位或丢透明。装 CEUS 结果时，每张关键帧图也查这一条（规则相同，「文件」一栏是哪张关键帧）。涉及值写不过的原因 | 跳过这一例 |
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| C15 | CEUS 定量结果齐全（只在 `ceus_run` 不为 null 时查）：这一例的视频号不在那次运行的 `failed.csv` 里，且运行目录里有这一例的结果目录。涉及值写失败在第几步和原因，或「没有这一例的结果目录」。失败的病例以后要不要改成「超声不可评价、仍参与会诊」等 `../待定问题/03-病例排除标准.md` 定 | 跳过这一例 |
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几点说明：
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