iomgaa/CADx-4
1
0
Fork 0
Code Issues Pull Requests Actions Packages Projects Releases Wiki Activity
30 Commits 1 Branch 0 Tags
main
Commit Graph

9 Commits

Author SHA1 Message Date
iomgaa 9d82210f31 feat(review): 跳过病例表只进快照；规模表 review 行注明已接受 
负责人 2026-10-17：跳过病例.csv 不放进医生目录，只留在 snapshot/，病例总表和问题清单已用大白话说了同样的内容；review 行数超预期一倍，原因对照表本来就该这么长，接受。

Co-Authored-By: Claude Opus 5.5 <noreply@anthropic.com>
 2026-10-17 10:33:10 -04:00
iomgaa 7e7f32a13d feat(review): 核对包改成医生读得懂；资料库超声一路只留给 agent 的参数 
- ceus：灌注指标改为对病灶去暗区（roi_perf）和紫圈（roi_pan）两组算，roi_all 指标删除；
  D1–D4 仍要 roi_all、roi_perf 两条都过才定位（负责人 2026-10-17：医生要正常区与病灶对比看）
- build/library：tic.json 只出两组 11 个指标与 7 个槽位的视频时间；医生截图挪进
  ultrasound/keyframes/key.png，UltrasoundRoute 去掉 key_image、keyframes 多一个 key
- review：TIC参数.csv 取代 TIC结果.csv；问题清单按原因对照表写成大白话，对照表外的原因报错；
  程序原文进 snapshot/问题清单_原文.csv；说明.pdf 整份重写为合作者口吻
- 文档：结构.md、医生核对包、装配两个库、CEUS定量

任务书 04。

Co-Authored-By: Claude Opus 5.5 <noreply@anthropic.com>
 2026-10-17 10:22:15 -04:00
iomgaa c7373efde2 feat(review): 医生核对包入口；CEUS 运行目录的读取收进 runs 
- 新模块 review（组织层，只依赖 library、answers、runs）：把一次构建和它装入的
  CEUS 运行整理成医生可读的文件夹（CSV 带 BOM、说明与报告转 PDF、图片视频逐字节拷贝），
  入口 scripts/review_pack.py + config/review_pack.yaml。任务书 03。
- 读 CEUS 运行目录（failed.csv、结果目录、关键帧文件）从 build 挪进 runs，build 与
  review 都经它读；failed.csv 读取在边界上收严（步号须为整数、视频号不重复、列数固定）。
- library、answers 补只读函数；import-linter 增 review 契约。
- 文档：guides/医生核对包.md（过一轮硕士生阅读），结构.md 第三至八部分同步。

Co-Authored-By: Claude Opus 5.5 <noreply@anthropic.com>
 2026-10-17 06:04:19 -04:00
iomgaa 2753ea7721 feat(build): 资料库装入全量 CEUS 结果；补 CEUS 定量使用说明 
- config/build.yaml 的 ceus_run 指向全量运行 runs/ceus/20261016-090325-1de88a5-dirty；
  test_committed_config_is_valid 随之改为断言指向 runs/ceus/ 下跑完的运行目录。
- config/ceus.yaml 配准门槛注释注明全量运行复算的分布相同。
- 新增 research-wiki/guides/CEUS定量.md（已过一轮硕士生阅读）；装配两个库.md 补上 CEUS 运行与
  交付包的三条核对、finished.json；结构.md 行数表按当前代码更新。
- WORK_LOG 记任务书 02 完成情况。

来源：任务书 02 第四阶段。

Co-Authored-By: Claude Opus 5.5 <noreply@anthropic.com>
 2026-10-16 09:49:53 -04:00
iomgaa c582fe426f feat(build): 任务书 02 第四阶段代码——build 装入 CEUS 结果 
- build.yaml 加必填字段 ceus_run（CEUS 运行目录或 null）。
- 不为 null 时按视频号找结果；在 failed.csv 里或缺结果目录的整例跳过，记 C15；关键帧图沿用 C14 检查。
- 资料库超声一路加 keyframes/<槽位>.png（去附加数据重编码）和 tic.json（白名单逐字段构造：
  四条曲线的拟合成败与 R²、灌注指标、紫圈曲线是否可用、7 个槽位的定位与视频时间或原因）。
- manifest 的 CEUS 来源写运行号；泄露扫描已覆盖 tic.json，补命中测试。
- 真实构建等配准改完、全量 CEUS 运行之后再做。

Co-Authored-By: Claude Opus 5.5 <noreply@anthropic.com>
 2026-10-16 05:55:57 -04:00
iomgaa 150eb5f6ae feat(ceus,segment): 任务书 02 第二阶段——分割和后半段算法 
- ceus 迁入 polygons、dark_region、reference_region、tic_fitting、tic、anchor_frames、
  perfusion_metrics、trajectory、tic_curves、tic_plot、overlay，旧测试照搬（改 import 与配置读取）。
- 对外两段接口：prepare_segmentation（第 1–2 步）与 quantify_case（第 4–9 步）。
- 第 3 条：删掉 D1 取医生标注时刻的模式，D1 只从拟合曲线算。
- 第 4 条：F1/F2 取视频第 20−X、60−X 秒（X 为视频第 0 秒时已推注的秒数），落在视频外记未定位。
- 绿框融合权重、紫圈颜色阈值照搬；关键帧容差窗口的出处写进 ceus.yaml 注释。
- segment：同一进程调用 MedSAM2，设置写进 ceus.yaml 的 segment 段，全部必填；gpu 测试真跑通过。
- 依赖加 scipy、matplotlib、medsam2（可编辑安装，不编译 CUDA 扩展）；uv 只解析 linux x86_64。
- 导入契约：只有 segment 引用 torch、sam2；segment 不引用其他 cadx 模块。

Co-Authored-By: Claude Opus 5.5 <noreply@anthropic.com>
 2026-10-16 05:07:02 -04:00
iomgaa 9a916c65a5 feat(ceus): 任务书 02 第一阶段——底层和分割之前的算法；修复 C14 
任务书 01 遗留修复（C14）：
- library 新增 check_key_image(path)：关键图能逐像素保真重编码时返回 None，否则返回原因；
  _write_clean_png 的判断移过去，自身保留断言性质报错（走到这里说明 build 漏了检查）。
- build 写库前对每例调用，返回原因的整例跳过，记 C14「关键图能原样重编码」，涉及值写原因。
- 原来三条「关键图格式不对整次构建停下」的测试改为整例跳过，另加非 PNG、library 漏检报错两条。
- 结构.md 第八部分、guides/装配两个库.md 相应几行改掉。

第一阶段（src/cadx/ceus/）：
- 照搬旧 geometry、video_decoder、research_config、split_screen、green_prompt、prompt_frames、
  mapping，去掉产品层，注释改中文。
- 配置类去掉全部默认值，strict、extra=forbid、frozen；新建 config/ceus.yaml（paths、ceus 两段），
  数值照抄旧 yaml，逐项注明出处。删去 source_view/target_view、effective_region、mapping 锚点；
  旧代码写死的分屏抽帧数 25 和搜索区间 (0.35, 0.65) 改成配置，值不变。
- 视频解码改为按路径用 cv2 逐帧读。
- 坐标换算改为两个视图矩形左上角之差，不再用按某种宽度写死的锚点。
- 造影画面在哪一半：两半各自选提示帧，恰好一半有才定，否则抛 ContrastSideError（CeusCaseError
  子类，带步号和原因，供第三阶段记 failed.csv）。
- 旧测试照搬（改 import 与配置读取方式），因上述改动不再成立的删去；新增两处修改的手算测试。
- import-linter 加「ceus 不引用其他 cadx 模块」。依赖加 numpy、opencv-python-headless。

Co-Authored-By: Claude Opus 5.5 <noreply@anthropic.com>
 2026-10-16 03:46:56 -04:00
iomgaa bceb01e8fa feat: 装配两个库（不含 CEUS 结果） 
按任务书 01 实现 delivery、library、answers、runs（快照部分）、build 五个模块，
scripts/build.py、scripts/scan_library.py 与 config/build.yaml（decode_codes: false）。
交付包整表检查 T1–T4、映射表检查 T5、逐例检查 C01–C13，一例遇到第一项不过即整例跳过。

与任务书原文的出入：
- C04 报告表名随视频名配对（负责人 2026-10-16 定）。
- 按两轮独立审阅加严 C11（更多换行符、比例号冒号）、C12（同义词与词根）、
  C13（空格、周岁、中文数字、繁体）；泄露扫描做 NFKC；关键图只接受能保真重编码的 PNG；
  YAML 配置拒绝重复键和空路径。
- import-linter 第 1 条拆成互不依赖与不引用其他 cadx 模块两条。

文档：结构.md 第五、六、八部分按实际更新；新增 guides/装配两个库.md；WORK_LOG 更新。

Co-Authored-By: Claude Opus 5.5 <noreply@anthropic.com>
 2026-10-16 03:00:20 -04:00
iomgaa 1f7a6a3d9c docs: 协作规则、工作记录与 research-wiki 文档体系 
从产品重构为研究原型的第一步（负责人 2026-10-15：「其其实不需要（至少目前不需要）
是一个工程产品」）。协作环境照 ClinDB-ReviewBench（负责人点名参考）。

- AGENTS.md 为唯一规则，CLAUDE.md 只引用它；硬性约束保留旧项目的答案隔离、各路隔离，
  加上数字可追溯、花钱先报预估等
- WORK_LOG.md 记当前状态与负责人的关键决定
- research-wiki：README、explanation/结构.md（8 个模块、依赖边界、推进顺序）、
  design/0001（为什么重构、继承与放弃什么、单一 uv 环境）、guides/开发环境.md
- 三份新文档过了一轮「硕士生阅读」并按意见修订

Co-Authored-By: Claude Opus 5.5 <noreply@anthropic.com>
 2026-10-15 23:42:37 -04:00