iomgaa/CADx-4
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iomgaa 150eb5f6ae feat(ceus,segment): 任务书 02 第二阶段——分割和后半段算法 
- ceus 迁入 polygons、dark_region、reference_region、tic_fitting、tic、anchor_frames、
  perfusion_metrics、trajectory、tic_curves、tic_plot、overlay，旧测试照搬（改 import 与配置读取）。
- 对外两段接口：prepare_segmentation（第 1–2 步）与 quantify_case（第 4–9 步）。
- 第 3 条：删掉 D1 取医生标注时刻的模式，D1 只从拟合曲线算。
- 第 4 条：F1/F2 取视频第 20−X、60−X 秒（X 为视频第 0 秒时已推注的秒数），落在视频外记未定位。
- 绿框融合权重、紫圈颜色阈值照搬；关键帧容差窗口的出处写进 ceus.yaml 注释。
- segment：同一进程调用 MedSAM2，设置写进 ceus.yaml 的 segment 段，全部必填；gpu 测试真跑通过。
- 依赖加 scipy、matplotlib、medsam2（可编辑安装，不编译 CUDA 扩展）；uv 只解析 linux x86_64。
- 导入契约：只有 segment 引用 torch、sam2；segment 不引用其他 cadx 模块。

Co-Authored-By: Claude Opus 5.5 <noreply@anthropic.com>
 2026-10-16 05:07:02 -04:00
iomgaa 9a916c65a5 feat(ceus): 任务书 02 第一阶段——底层和分割之前的算法；修复 C14 
任务书 01 遗留修复（C14）：
- library 新增 check_key_image(path)：关键图能逐像素保真重编码时返回 None，否则返回原因；
  _write_clean_png 的判断移过去，自身保留断言性质报错（走到这里说明 build 漏了检查）。
- build 写库前对每例调用，返回原因的整例跳过，记 C14「关键图能原样重编码」，涉及值写原因。
- 原来三条「关键图格式不对整次构建停下」的测试改为整例跳过，另加非 PNG、library 漏检报错两条。
- 结构.md 第八部分、guides/装配两个库.md 相应几行改掉。

第一阶段（src/cadx/ceus/）：
- 照搬旧 geometry、video_decoder、research_config、split_screen、green_prompt、prompt_frames、
  mapping，去掉产品层，注释改中文。
- 配置类去掉全部默认值，strict、extra=forbid、frozen；新建 config/ceus.yaml（paths、ceus 两段），
  数值照抄旧 yaml，逐项注明出处。删去 source_view/target_view、effective_region、mapping 锚点；
  旧代码写死的分屏抽帧数 25 和搜索区间 (0.35, 0.65) 改成配置，值不变。
- 视频解码改为按路径用 cv2 逐帧读。
- 坐标换算改为两个视图矩形左上角之差，不再用按某种宽度写死的锚点。
- 造影画面在哪一半：两半各自选提示帧，恰好一半有才定，否则抛 ContrastSideError（CeusCaseError
  子类，带步号和原因，供第三阶段记 failed.csv）。
- 旧测试照搬（改 import 与配置读取方式），因上述改动不再成立的删去；新增两处修改的手算测试。
- import-linter 加「ceus 不引用其他 cadx 模块」。依赖加 numpy、opencv-python-headless。

Co-Authored-By: Claude Opus 5.5 <noreply@anthropic.com>
 2026-10-16 03:46:56 -04:00
iomgaa de1d6b2d51 docs: 任务书 02 CEUS 定量；待定问题 07、08；CEUS 运行产物改放 runs/ceus/ 
- 任务书 02：先修 C14（关键图问题改为跳过单例）；四阶段迁移 ceus、segment、
  ceus_quant、build 装入 8 张图中的 7 张关键帧与 tic.json；过一轮「硕士生阅读」
- 负责人 2026-10-16：MedSAM2 从远程拷贝最快；任务书一份；紫圈阈值先照搬并记待定问题；
  CEUS 整例失败跳过、拟合不过只缺 D1–D4，两点认可
- 待定问题 07（超声图上烧录的性别年龄）、08（紫圈颜色阈值是占位值）
- 结构.md：CEUS 运行产物进 runs/ceus/（会进资料库与论文，需可追溯），work/ 只放分割缓存

Co-Authored-By: Claude Opus 5.5 <noreply@anthropic.com>
 2026-10-16 03:24:01 -04:00
iomgaa bceb01e8fa feat: 装配两个库（不含 CEUS 结果） 
按任务书 01 实现 delivery、library、answers、runs（快照部分）、build 五个模块，
scripts/build.py、scripts/scan_library.py 与 config/build.yaml（decode_codes: false）。
交付包整表检查 T1–T4、映射表检查 T5、逐例检查 C01–C13，一例遇到第一项不过即整例跳过。

与任务书原文的出入：
- C04 报告表名随视频名配对（负责人 2026-10-16 定）。
- 按两轮独立审阅加严 C11（更多换行符、比例号冒号）、C12（同义词与词根）、
  C13（空格、周岁、中文数字、繁体）；泄露扫描做 NFKC；关键图只接受能保真重编码的 PNG；
  YAML 配置拒绝重复键和空路径。
- import-linter 第 1 条拆成互不依赖与不引用其他 cadx 模块两条。

文档：结构.md 第五、六、八部分按实际更新；新增 guides/装配两个库.md；WORK_LOG 更新。

Co-Authored-By: Claude Opus 5.5 <noreply@anthropic.com>
 2026-10-16 03:00:20 -04:00
iomgaa bcd5932a66 docs: 诊断编码改归解码开关管 
负责人 2026-10-16「诊断编码归开关管，实现统一」：映射表加 Diagnosis 一项（17 项），
管三张表的诊断列；不再从报告表列名取编码含义；decode_codes 为 false 时答案库诊断名留空。

Co-Authored-By: Claude Opus 5.5 <noreply@anthropic.com>
 2026-10-16 01:18:23 -04:00
iomgaa fa962a2672 docs: 任务书 01 装配两个库；待定问题 06 超声描述中段的造影提示 
- 任务书 01：配置、delivery 的 T1–T5 与 C01–C13 检查、library/answers 布局、
  快照、build、测试、规模与审阅；已过一轮「硕士生阅读」并按意见修订
- C11 只认段首的结论标题；中段「造影提示：」按负责人 2026-10-16「先不进行任何处理」
  原样保留，记入待定问题 06 待问医生
- 结构.md 第五部分补「只有 library 引用 PIL」；WORK_LOG 更新下一步

Co-Authored-By: Claude Opus 5.5 <noreply@anthropic.com>
 2026-10-16 01:14:04 -04:00
iomgaa 9c636c0a4f docs: 补整体框架图与参数系统，交付资料检查改为整例跳过 
- 结构.md 第二部分加四段整体框架图；第五部分新增「配置」：每段一份 YAML、
  pydantic 定义、只接收配置路径、编码解码开关与独立映射表
- 结构.md 第三、四部分：检查不过整例跳过，答案库存三表诊断、化名对照、跳过清单
- AGENTS.md「错误怎么处理」加交付资料单例问题的例外。来源：负责人 2026-10-16
  「都是遇到整个病例跳过，让医生核对去吧」
- 待定问题/03 补被跳过病例；WORK_LOG 记决定与下一步

Co-Authored-By: Claude Opus 5.5 <noreply@anthropic.com>
 2026-10-16 01:02:16 -04:00
iomgaa 9b2f842559 docs: 架构定稿——四段流水线、两个库与待定问题 
负责人 2026-10-16 定：数据流为「医院原始资料->中间文件->给专家的资料库 & 标准答案库」；
两个库和中间文件都用文件夹，SQLite 只用于调模型账本；调模型用 PolyGateway；CEUS 直接逐个
迁移；数据格式和口径以 40 例交付包为准。存储与迁移方案先由两个中立子 Agent 独立评审。

- design 0002：八条决定及负责人原话（化名与打乱顺序一条为 Agent 提出）
- explanation/结构.md 对照 ClinDB 的结构文档重写：切分原则、完整范围、12 个模块与依赖、
  边界、两个库与 CEUS 中间文件的内容、目录与检查、规模、推进顺序
- research-wiki/待定问题/：绿框、参数冻结、排除标准、跨表不一致四个问题；定了就删
- AGENTS.md：事实来源加「交付资料的格式和口径以最新交付包为准」
- .gitignore 与 pre-commit 拦截 library/、answers/、work/

Co-Authored-By: Claude Opus 5.5 <noreply@anthropic.com>
 2026-10-16 00:44:42 -04:00
iomgaa 1f7a6a3d9c docs: 协作规则、工作记录与 research-wiki 文档体系 
从产品重构为研究原型的第一步（负责人 2026-10-15：「其其实不需要（至少目前不需要）
是一个工程产品」）。协作环境照 ClinDB-ReviewBench（负责人点名参考）。

- AGENTS.md 为唯一规则，CLAUDE.md 只引用它；硬性约束保留旧项目的答案隔离、各路隔离，
  加上数字可追溯、花钱先报预估等
- WORK_LOG.md 记当前状态与负责人的关键决定
- research-wiki：README、explanation/结构.md（8 个模块、依赖边界、推进顺序）、
  design/0001（为什么重构、继承与放弃什么、单一 uv 环境）、guides/开发环境.md
- 三份新文档过了一轮「硕士生阅读」并按意见修订

Co-Authored-By: Claude Opus 5.5 <noreply@anthropic.com>
 2026-10-15 23:42:37 -04:00