iomgaa/CADx-4
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iomgaa c7373efde2 feat(review): 医生核对包入口；CEUS 运行目录的读取收进 runs 
- 新模块 review（组织层，只依赖 library、answers、runs）：把一次构建和它装入的
  CEUS 运行整理成医生可读的文件夹（CSV 带 BOM、说明与报告转 PDF、图片视频逐字节拷贝），
  入口 scripts/review_pack.py + config/review_pack.yaml。任务书 03。
- 读 CEUS 运行目录（failed.csv、结果目录、关键帧文件）从 build 挪进 runs，build 与
  review 都经它读；failed.csv 读取在边界上收严（步号须为整数、视频号不重复、列数固定）。
- library、answers 补只读函数；import-linter 增 review 契约。
- 文档：guides/医生核对包.md（过一轮硕士生阅读），结构.md 第三至八部分同步。

Co-Authored-By: Claude Opus 5.5 <noreply@anthropic.com>
 2026-10-17 06:04:19 -04:00
iomgaa 1de88a5d0a fix(ceus): 降低长视频内存峰值，快照开跑即写，build 核对 CEUS 运行与交付包 
- 内存：prepare_segmentation 改为流式解码，只留分屏和配准的抽样帧，绿框逐帧在两半上找；
  分割那一半由 SegmentationInput.target_frames() 到用时再解码，segment_video 边读边写 jpg；
  MedSAM2 init_state 的读帧换成直接在存放设备上建张量（不改 MedSAM2 源码，结果逐位相同）；
  传播结果写进预分配数组。帧数最多的一段视频常驻内存峰值 11.2 GiB → 2.3 GiB，分辨率最大的
  一段原代码被 OOM 杀掉、现为 4.2 GiB；两段的掩码和全部产物与改前逐字节相同，33 段视频的
  第 1–2 步结果与改前一致，29 例配准与 review.csv 一致。
- 快照：ceus_quant 开跑时写 snapshot/（git、ceus.yaml、review.csv、uv.lock、segment.json），
  配置和核对表从快照副本读；收尾由新函数 runs.finish_snapshot 只新建 finished.json。
  build 与 ceus_align_review 同样改用 finish_snapshot 记结束时间。
- build：summary.json 加 video_sha256；装 CEUS 结果时核对快照里的 delivery_dir、逐例核对
  视频 SHA-256 和推注时间，不同就整次停下；新字段做类型检查，不进 tic.json。

来源：主会话任务（问题 1–3 及补充的 delivery_dir 比对）。

Co-Authored-By: Claude Opus 5.5 <noreply@anthropic.com>
 2026-10-16 09:01:44 -04:00
iomgaa 00ebbffb28 feat(ceus): 两半坐标换算改为每段视频配准，加目视核对脚本 
- 第 1 步分屏后在两半扇形区内用边缘图归一化互相关估 (dx, dy)，再用逐帧多块模板匹配的中位数独立核对；
  两者各分量之差超过门槛（15 像素）这一例第 1 步失败。删掉「两个视图左上角相减」的实现与测试。
- 门槛依据：34 例中走完第 1 步的 29 例，差值中位 2、95 分位 6.2、最大 13；参数与门槛在同一批视频上调出。
- scripts/ceus_align_review.py：只做第 1 步，出扇形区棋盘图与边缘叠加图，混入错开 15–30 像素的
  阴性对照、随机编号；计分时任一对照未被判「没对齐」即作废。
- ceus_quant 读 review.csv：不通过的病例第 1 步失败；表里没有这段视频或平移对不上即停。
- 配准与紫圈颜色参数进分割缓存键。

Co-Authored-By: Claude Opus 5.5 <noreply@anthropic.com>
 2026-10-16 06:47:27 -04:00
iomgaa c582fe426f feat(build): 任务书 02 第四阶段代码——build 装入 CEUS 结果 
- build.yaml 加必填字段 ceus_run（CEUS 运行目录或 null）。
- 不为 null 时按视频号找结果；在 failed.csv 里或缺结果目录的整例跳过，记 C15；关键帧图沿用 C14 检查。
- 资料库超声一路加 keyframes/<槽位>.png（去附加数据重编码）和 tic.json（白名单逐字段构造：
  四条曲线的拟合成败与 R²、灌注指标、紫圈曲线是否可用、7 个槽位的定位与视频时间或原因）。
- manifest 的 CEUS 来源写运行号；泄露扫描已覆盖 tic.json，补命中测试。
- 真实构建等配准改完、全量 CEUS 运行之后再做。

Co-Authored-By: Claude Opus 5.5 <noreply@anthropic.com>
 2026-10-16 05:55:57 -04:00
iomgaa 3524b31e3e feat(ceus): 任务书 02 第三阶段——scripts/ceus_quant.py 
- delivery 的 CaseRecord 加视频路径和推注时间（C04、C08 已检查过）。
- scripts/ceus_quant.py：读 ceus.yaml，跑检查全部通过的病例；runs/ceus/<运行号>/ 先写 .partial
  再改名；第 1–6 步的单例失败记 failed.csv 后接着跑；终端只打印计数。
- 分割缓存 work/segment_cache/<键>/：键含视频 SHA-256、第 1–3 步参数、权重 SHA-256、MedSAM2 提交号。
- 视频解码错误改为第 1 步的单例失败（VideoDecodeError），不再停掉整次运行（审阅意见）。
- 暗区 kmeans 用 cv2 进程级随机数，结果受病例顺序影响；ceus 配置加必填 random_seed，每例第 4 步前设种子。
- segment 导出 cuda_peak_memory_bytes，供运行快照记录显存峰值。

Co-Authored-By: Claude Opus 5.5 <noreply@anthropic.com>
 2026-10-16 05:30:29 -04:00
iomgaa 150eb5f6ae feat(ceus,segment): 任务书 02 第二阶段——分割和后半段算法 
- ceus 迁入 polygons、dark_region、reference_region、tic_fitting、tic、anchor_frames、
  perfusion_metrics、trajectory、tic_curves、tic_plot、overlay，旧测试照搬（改 import 与配置读取）。
- 对外两段接口：prepare_segmentation（第 1–2 步）与 quantify_case（第 4–9 步）。
- 第 3 条：删掉 D1 取医生标注时刻的模式，D1 只从拟合曲线算。
- 第 4 条：F1/F2 取视频第 20−X、60−X 秒（X 为视频第 0 秒时已推注的秒数），落在视频外记未定位。
- 绿框融合权重、紫圈颜色阈值照搬；关键帧容差窗口的出处写进 ceus.yaml 注释。
- segment：同一进程调用 MedSAM2，设置写进 ceus.yaml 的 segment 段，全部必填；gpu 测试真跑通过。
- 依赖加 scipy、matplotlib、medsam2（可编辑安装，不编译 CUDA 扩展）；uv 只解析 linux x86_64。
- 导入契约：只有 segment 引用 torch、sam2；segment 不引用其他 cadx 模块。

Co-Authored-By: Claude Opus 5.5 <noreply@anthropic.com>
 2026-10-16 05:07:02 -04:00
iomgaa 9a916c65a5 feat(ceus): 任务书 02 第一阶段——底层和分割之前的算法；修复 C14 
任务书 01 遗留修复（C14）：
- library 新增 check_key_image(path)：关键图能逐像素保真重编码时返回 None，否则返回原因；
  _write_clean_png 的判断移过去，自身保留断言性质报错（走到这里说明 build 漏了检查）。
- build 写库前对每例调用，返回原因的整例跳过，记 C14「关键图能原样重编码」，涉及值写原因。
- 原来三条「关键图格式不对整次构建停下」的测试改为整例跳过，另加非 PNG、library 漏检报错两条。
- 结构.md 第八部分、guides/装配两个库.md 相应几行改掉。

第一阶段（src/cadx/ceus/）：
- 照搬旧 geometry、video_decoder、research_config、split_screen、green_prompt、prompt_frames、
  mapping，去掉产品层，注释改中文。
- 配置类去掉全部默认值，strict、extra=forbid、frozen；新建 config/ceus.yaml（paths、ceus 两段），
  数值照抄旧 yaml，逐项注明出处。删去 source_view/target_view、effective_region、mapping 锚点；
  旧代码写死的分屏抽帧数 25 和搜索区间 (0.35, 0.65) 改成配置，值不变。
- 视频解码改为按路径用 cv2 逐帧读。
- 坐标换算改为两个视图矩形左上角之差，不再用按某种宽度写死的锚点。
- 造影画面在哪一半：两半各自选提示帧，恰好一半有才定，否则抛 ContrastSideError（CeusCaseError
  子类，带步号和原因，供第三阶段记 failed.csv）。
- 旧测试照搬（改 import 与配置读取方式），因上述改动不再成立的删去；新增两处修改的手算测试。
- import-linter 加「ceus 不引用其他 cadx 模块」。依赖加 numpy、opencv-python-headless。

Co-Authored-By: Claude Opus 5.5 <noreply@anthropic.com>
 2026-10-16 03:46:56 -04:00
iomgaa bceb01e8fa feat: 装配两个库（不含 CEUS 结果） 
按任务书 01 实现 delivery、library、answers、runs（快照部分）、build 五个模块，
scripts/build.py、scripts/scan_library.py 与 config/build.yaml（decode_codes: false）。
交付包整表检查 T1–T4、映射表检查 T5、逐例检查 C01–C13，一例遇到第一项不过即整例跳过。

与任务书原文的出入：
- C04 报告表名随视频名配对（负责人 2026-10-16 定）。
- 按两轮独立审阅加严 C11（更多换行符、比例号冒号）、C12（同义词与词根）、
  C13（空格、周岁、中文数字、繁体）；泄露扫描做 NFKC；关键图只接受能保真重编码的 PNG；
  YAML 配置拒绝重复键和空路径。
- import-linter 第 1 条拆成互不依赖与不引用其他 cadx 模块两条。

文档：结构.md 第五、六、八部分按实际更新；新增 guides/装配两个库.md；WORK_LOG 更新。

Co-Authored-By: Claude Opus 5.5 <noreply@anthropic.com>
 2026-10-16 03:00:20 -04:00
iomgaa 5eb38df22d build: uv 工具链、检查命令与提交前检查 
- pyproject：Python 3.12、ruff、pyright strict、pytest（live/gpu 标记）、import-linter；
  首条导入契约：cadx 不导入 torch、sam2（design 0001 第 7 条）
- Makefile：sync/fmt/test/check
- pre-commit：gitleaks、拦截 data/runs/reference/reference-pdf/models 与 .env、ruff format
- 空包 cadx 与一项导入测试，让 make check 能跑通

Co-Authored-By: Claude Opus 5.5 <noreply@anthropic.com>
 2026-10-15 23:42:36 -04:00