# CEUS 定量的配置，给 scripts/ceus_quant.py 用。 # # 分三段：paths（位置）、segment（分割设置，任务书 02 第二阶段加）、ceus（算法参数）。 # ceus 段的字段定义和校验在 src/cadx/ceus/_config.py，segment 段在 src/cadx/segment/_config.py； # paths 段和最外层由 scripts/ceus_quant.py 定义。路径都相对仓库根目录。 # 每个字段必填，可以没有的值写 null。 # # ceus 段的数值逐个照抄旧项目 config/ceus_roi_default.yaml，没有改动（待定问题/02：参数何时冻结）。 # 注释里的出处： # - 「出自旧项目」：旧 yaml 注释原样引用的来源。其中 findings 指旧项目 # research-wiki/findings/2026-06-16-roi-tic-config-parameter-reference.md（伙伴参考组件 # references/ROI/ 那套参数的原始口径），§2A 指「删键即静默退化、yaml 值与代码默认不同」的那批； # design/00NN 指旧项目 research-wiki/design/；《临床口径契约》在 Linear，抄本可能过期。 # - 「旧项目工程侧定的，无出处」：旧 yaml 没给来源的值。 paths: delivery_dir: data/交付包_20260908_40例 # 交付包位置，相对仓库根目录 runs_root: runs/ceus # 每次运行一个子目录，只追加不删 work_root: work # 可删掉重算的中间文件（分割缓存） segment: # 分割设置，字段定义在 src/cadx/segment/_config.py。出自旧项目 debugs/medsam2_local_track.py medsam2_dir: reference/MedSAM2 # MedSAM2 代码，提交号从它的 .git 读。旧脚本是远程 /home/wangwenhan/MedSAM2 checkpoint: models/MedSAM2_latest.pt # 权重。旧脚本是 MedSAM2/checkpoints/MedSAM2_latest.pt sam2_config: configs/sam2.1_hiera_t512.yaml # 模型配置的 Hydra 名（相对 sam2 包）。照旧脚本 DEFAULT_MEDSAM2_CFG device: cuda # 照旧脚本 DEFAULT_DEVICE offload_video_to_cpu: false # 照旧脚本：t1_local_debug.py 调它时没开这个开关 offload_state_to_cpu: false # 同上 ceus: config_version: "4" # 参数口径版本号，由人改。出自旧项目：Lognormal-v2 参数口径（design/0044） views: # 出自旧项目：findings §3.1 视图切分 layout: horizontal_split # 屏幕左右各一半。出自旧项目 findings §3.1 split_sample_frames: 25 # 找分屏线只用均匀抽的 25 帧。旧 debug 脚本写死的数，旧项目工程侧定的，无出处 split_search_band: [0.35, 0.65] # 只在宽度的这一段里找分屏线。旧 detect_split_x 的参数默认值，旧项目工程侧定的，无出处 prompt_source: # 出自旧项目：findings §3.2 绿框检测 type: color_polygon # 出自旧项目 findings §3.2 hsv_lower: [35, 60, 60] # 出自旧项目 findings §3.2 hsv_upper: [90, 255, 255] # 出自旧项目 findings §3.2 ignore_regions: [[0.0, 0.0, 1.0, 0.0834]] # 抹掉顶部约 8.34% 的文字带。出自旧项目 findings §3.2 min_area: 10000 # 外接框面积 w×h（findings §2D）。出自旧项目 findings §3.2 pan_source: # 紫圈检测（待定问题/08）。出自旧项目 design/0030 决策四；旧 yaml 注明全部是占位、待真实素材标定 type: color_polygon # 旧项目工程侧定的，无出处 hsv_lower: [125, 60, 60] # 占位，待标定。出自旧项目 design/0030 决策四 hsv_upper: [165, 255, 255] # 占位，待标定。出自旧项目 design/0030 决策四 ignore_regions: [[0.0, 0.0, 1.0, 0.0834]] # 占位，同绿框那条顶部文字带。出自旧项目 design/0030 决策四 min_area: 2000 # 占位，待标定。出自旧项目 design/0030 决策四 min_detected_frame_fraction: 0.9 # 占位，待标定。出自旧项目 design/0030 决策四 keyframes: # 提示帧选择（不是第 8 步的关键帧）。出自旧项目：findings §3.3 change_metric: mask_iou # 出自旧项目 findings §3.3 iou_threshold: 0.92 # 出自旧项目 findings §3.3 min_gap_frames: 1 # 出自旧项目 findings §3.3 smoothing: # 出自旧项目：findings §3.6 轮廓分辨率与时间平滑 contour_points: 64 # 出自旧项目 findings §3.6 temporal_window: 15 # 须奇数。出自旧项目 findings §3.6 roi_shape: # 最终轮廓与绿框的融合（待定问题/01）。出自旧项目：findings §3.7 source: prompt_prior # findings §2A：非代码默认 medsam2。出自旧项目 findings §3.7 keyframe_shape_strength: 1.0 # 出自旧项目 findings §3.7 propagation_shape_strength: 0.75 # 出自旧项目 findings §3.7 min_area_ratio_to_prompt: 0.70 # 须 < max。出自旧项目 findings §3.7 max_area_ratio_to_prompt: 1.25 # 出自旧项目 findings §3.7 interior_dark_region: # 暗区识别。出自旧项目：findings §3.8 enabled: true # findings §2A：非代码默认 false。出自旧项目 findings §3.8 analysis_view: source # findings §2A：非代码默认 target。出自旧项目 findings §3.8 exclude_prompt_color: true # findings §2A：非代码默认 false。出自旧项目 findings §3.8 threshold_method: auto_ensemble # findings §2A：非代码默认 otsu。出自旧项目 findings §3.8 candidate_methods: [otsu, adaptive, percentile, kmeans, clahe_otsu] # 出自旧项目 findings §3.8 threshold_offset: 0 # 出自旧项目 findings §3.8 min_area: 300 # findings §2A：非代码默认 64。出自旧项目 findings §3.8 min_area_ratio: 0.015 # findings §2A：非代码默认 0.0。出自旧项目 findings §3.8 # 下面四项旧 schema 里没有，旧 dark_region.py 用 getattr(..., 默认值) 读，这里照旧值写出来。 # 旧项目工程侧定的，无出处 max_regions: null # 每帧最多保留几块暗区，null 不限 max_contours_per_region: null # 每块暗区最多取几条外轮廓，null 不限 preferred_area_ratio_range: null # 暗区占 ROI 面积的偏好区间 [lo, hi]，null 时面积分偏好占一半 prompt_exclude_dilate: 3 # 剔绿框色前对绿色像素的膨胀核边长（与 tic_analysis 那个是两个独立的数） preserve_holes: true # 出自旧项目 findings §3.8 fill_holes: false # 出自旧项目 findings §3.8 morphology_kernel: 5 # 出自旧项目 findings §3.8 fragment_penalty_weight: 0.08 # 出自旧项目 findings §3.8 temporal_consistency_weight: 0.35 # 出自旧项目 findings §3.8 contour_points: 64 # 出自旧项目 findings §3.8 # 以下是各方法的子参数：参考 yaml 没列，取参考代码的默认值。出自旧项目 findings §2C、§3.8 percentile: 45.0 # 出自旧项目 findings §2C threshold: 96 # absolute 法的固定灰度阈值。出自旧项目 findings §2C adaptive_block_size: 31 # 须奇数 ≥3。出自旧项目 findings §2C adaptive_c: 5.0 # 出自旧项目 findings §2C kmeans_max_iter: 30 # 出自旧项目 findings §2C kmeans_attempts: 3 # 出自旧项目 findings §2C clahe_clip_limit: 2.0 # 出自旧项目 findings §2C clahe_tile_grid_size: 8 # 出自旧项目 findings §2C constraints: # 出自旧项目：findings §3.9 提示帧位置约束 keyframe_position: enabled: true # findings §2A：非代码默认 false。出自旧项目 findings §3.9 mode: center_interpolation # 出自旧项目 findings §3.9 strength: 1.0 # 截到 [0, 1]。出自旧项目 findings §3.9 tic_analysis: # 出自旧项目：findings §3.11 TIC 曲线（参考 yaml 整块不存在，取参考代码默认值） brightness_metric: grayscale_mean # 出自旧项目 findings §3.11 exclude_prompt_color: true # 出自旧项目 findings §3.11 prompt_exclude_dilate: 3 # 出自旧项目 findings §3.11 baseline: # 增强前基线。出自旧项目 design/0030 决策二 preferred_duration_s: 2.0 # 出自旧项目：Linear《临床口径契约》 minimum_duration_s: 1.0 # 出自旧项目：Linear《临床口径契约》 stability_sd_multiplier: 3.0 # 临床口径里没有这个判据，旧项目工程侧占位，无出处 reference_region: # 病灶外背景圆。出自旧项目 findings §3.11 enabled: true # 出自旧项目 findings §3.11 mode: auto_near_roi # 出自旧项目 findings §3.11 radius_px: 24 # 出自旧项目 findings §3.11 min_distance_px: 12 # 出自旧项目 findings §3.11 nonblack_threshold: 12 # 出自旧项目 findings §3.11 min_valid_fraction: 0.65 # 出自旧项目 findings §3.11 center_xy: null # manual 模式必填。出自旧项目 findings §3.11 fitting: # Lognormal 拟合。出自旧项目 design/0044：工程验收占位，代表性开发集标定后一次性锁定 algorithm_version: lognormal-v2 # 出自旧项目 design/0044 detect_duplicate_frames: true # 出自旧项目 design/0044 candidate_window_s: 1.5 # 二阶 Savitzky-Golay 只做候选检测，窗口按秒。出自旧项目 design/0044 candidate_long_window_s: 5.0 # 宏观团注候选，抑制逐帧掩膜与压缩波动。出自旧项目 design/0044 candidate_polyorder: 2 # 出自旧项目 design/0044 max_candidate_gap_s: 0.5 # 出自旧项目 design/0044 duplicate_mean_absdiff_threshold: 0.25 # 8 位灰度的平均绝对差。出自旧项目 design/0044 minimum_valid_samples: 20 # 出自旧项目 design/0044 minimum_peak_distance_s: 1.0 # 出自旧项目 design/0044 minimum_relative_peak_height: 0.10 # 出自旧项目 design/0044 multi_peak_minimum_separation_s: 5.0 # 出自旧项目 design/0044 multi_peak_minimum_relative_height: 0.50 # 出自旧项目 design/0044 multi_peak_maximum_valley_fraction: 0.25 # 出自旧项目 design/0044 sigma_min: 0.08 # 出自旧项目 design/0044 sigma_max: 2.5 # 出自旧项目 design/0044 robust_loss: soft_l1 # 出自旧项目 design/0044 max_nfev: 4000 # 出自旧项目 design/0044 minimum_r2: 0.35 # 出自旧项目 design/0044 maximum_nrmse: 0.45 # 出自旧项目 design/0044 maximum_residual_noise_ratio: 2.0 # 残差不高于基线噪声同量级时允许低 R²。出自旧项目 design/0044 boundary_margin_s: 0.25 # 出自旧项目 design/0044 estimated_baseline_percentile: 15.0 # 无稳定开头时的有界基线先验。出自旧项目 design/0044 estimated_baseline_lookback_s: 10.0 # 允许 t0 位于视频起点前，但截图不外推。出自旧项目 design/0044 maximum_perf_area_step_fraction: 0.15 # 相邻帧去暗区面积比例最大变化。出自旧项目 design/0044 parameter_boundary_fraction: 0.001 # 形状参数贴边判据占允许区间的比例。出自旧项目 design/0044 anchor_frames: # 7 张关键帧定位（第 8 步）。出自旧项目 design/0040 决策二 # 下面这批数旧项目注明镜像自 Linear《临床口径契约》（2026-08-25 版，同步日期 2026-09-01）， # 动任何一个之前先去那边核对。容差窗口的出处任务书 02 第二阶段逐个核对过（旧 yaml 注释、 # 旧 research-wiki/explanation/tic-quantification-encoding.md 第 8、9 节、 # 旧 research-wiki/reference/glossary.md「锚点帧」两张表、旧 design/0030 的「已定的事」表）。 arrival: # 到达判据，门槛取两个候选的高者。出自旧项目：《临床口径契约》5.2 baseline_sd_multiplier: 3.0 # 候选一：基线抖动 ×3.0。出自旧项目：《临床口径契约》5.2 relative_peak_threshold: 0.10 # 候选二：峰高 ×0.10。出自旧项目：《临床口径契约》5.2 persistence_s: 0.5 # 越线后连续保持 0.5 秒。出自旧项目：《临床口径契约》（08-23 确认） # 主峰突出度门槛：基线抖动 ×3。与到达判据那个 3.0 是两个独立的数，改一个不连带改另一个。 # 出自旧项目：《临床口径契约》第六节 peak_prominence_baseline_sd_multiplier: 3.0 baseline_frame_backoff_s: 0.3 # B0 锚点 = 到达时刻再往前 0.3 秒。出自旧项目：《临床口径契约》5.11（临床方原规范 §13.2） # D1 窗 [锚点, 锚点+0.5 秒]（不许取到达之前）。出自旧项目：《临床口径契约》第 12 题四个容差之一， # 对应临床方原规范 §13.3 d1_window_after_s: 0.5 d2_window_s: 0.3 # D2 窗 ±0.3 秒。出自旧项目：《临床口径契约》第 12 题，临床方原规范 §13.4 d3_window_s: 0.5 # D3 窗 ±0.5 秒。出自旧项目：《临床口径契约》第 12 题，临床方原规范 §13.5 # D4 窗 ±0.5 秒：临床方原规范 §13.6 只给约束（晚于主峰、不许用最后一帧）不给窗口，契约第 12 题 # 委托工程侧。旧项目工程侧定，理由是 D4 与 D2/D3 同属曲线形状锚点，洗出段比洗入段平缓、导数 # 极值定位误差更大，取 D2/D3 中较宽的一档。无外部出处 d4_window_s: 0.5 # B0 窗 ±0.5 秒：临床口径只说「视频开始到到达前 0.3 秒之间挑帧」，没给窗口。旧项目工程侧取与 D4 # 同档，无外部出处 b0_window_s: 0.5 late_phase: # F2 锚点：推注后 60 秒。出自旧项目：《临床口径契约》，临床方 2026-08-16 定（旧 glossary 记 HAI-75） preferred_time_s: 60.0 # F2 容差 ±2 秒（只属于 F2）。出自旧项目：《临床口径契约》第 12 题四个容差之四，临床方原规范 # §10.1、§13.7 tolerance_s: 2.0 # F1 锚点：推注后 20 秒。出自旧项目：《临床口径契约》（08-16 口头定）。 # F1 没有容差键：旧项目工程侧暂定「无上限，在视频有效帧范围内取最近的一帧」（旧 # tic-quantification-encoding.md 第 8 节），临床方没给容差，无外部出处 f1_anchor_s: 20.0