# 装配两个库

读者：要跑一次「装配两个库」、或者要把跳过清单交给医生的人。这一步读入医院的交付包，逐例检查，把检查全部通过的病例写成两个库：给 AI 专家看的**资料库**（`library/`）和只给评价用的**标准答案库**（`answers/`）。它在整条流水线里的位置见 `../explanation/结构.md` 第二部分；为什么这样设计见 `../任务书/01-装配两个库.md` 和 `../design/0002-四段流水线与两个库.md`。

## 先认识几个词

- **四类胰腺囊性肿瘤**：IPMN（导管内乳头状黏液性肿瘤）、SPN（实性假乳头状肿瘤）、MCN（黏液性囊性肿瘤）、SCN（浆液性囊性肿瘤）。项目要专家判断病灶属于哪一类，所以资料库里出现这些名字就等于泄露答案。
- **金标准**：术后或穿刺的病理结论，交付表里叫「病理类型」或 `Diagnosis`，用 1–4 的数字记。
- **CEUS、MR**：CEUS 是超声造影视频（往静脉打造影剂后录的超声）；MR 是磁共振检查，本项目只有它的文字报告。这一步不处理 CEUS 视频，只检查它在不在；CEUS 定量（`scripts/ceus_quant.py`，见 `../任务书/02-CEUS定量.md`）另外先跑，这一步按 `ceus_run` 读它的结果。
- **TIC、关键帧、槽位**：TIC（时间-强度曲线）是病灶区域平均亮度随时间的变化；关键帧是按 TIC 挑出的 7 个时刻的画面，每个时刻叫一个槽位（B0、D1–D4、F1、F2，含义见 `../explanation/结构.md` 第四部分的关键帧表）。
- **交付包**：临床方交来的一批原始资料，目前是 `data/交付包_20260908_40例/`：三张汇总表（临床工作簿、超声报告、MR 报告）和每例一个病例目录（关键图、CEUS 视频、单例报告表）。
- **单例报告表**：每个病例目录里的一份 Excel，只有一行，列与超声汇总表相同（7 列）。它和汇总表重复，用来核对两份是否一致。
- **所见、结论段**：一份影像报告通常分「所见」（描述看到了什么）和「印象 / 结论」（医生的诊断倾向）。交付包的报告文字只有所见，这一步检查里面没有混进结论段（C11）。
- **`roi2`**：交付视频文件名里的版本标记，表示视频上带医生画的病灶框（ROI，感兴趣区）。
- **推注开始时间**：超声表的一列，单位秒，表示视频第 0 秒时造影剂已经推注（注射）了多少秒。以后 CEUS 定量（从视频里算亮度曲线、挑关键帧、算灌注指标的那一步）要用，这一步只检查它是非负整数，不放进资料库。
- **档位**：临床表每项化验除原值外还有一个 `*_Level` 列，取 0/1，看起来是正常/异常，未经临床方确认。
- **三路**：临床、超声、MR。每个 AI 专家只看自己那一路（`AGENTS.md` 硬性约束 2）。
- **构建**：跑一次 `scripts/build.py`，产出一对同号的 `library/<构建号>/` 和 `answers/<构建号>/`。构建完不再改，要改就重新构建。
- **化名**：资料库里代替病例号的 4 位随机名字（小写字母加数字；36 的 4 次方约 168 万种，几十例足够，抽到重复的或含亚型缩写的就重抽）。真实病例号会暴露交付顺序，而交付表是按诊断分组录入的，顺序本身带着答案（`AGENTS.md` 硬性约束 1）。
- **编码列**：交付包里用数字表示类别的列，如性别 1/2、症状 0/1。数字代表什么交付包没写，要向临床方要**映射表**。
- **结论段**：报告里医生写诊断倾向的那一段（「印象：」「提示：」之类），接近答案，不能给专家。
- **NFKC**：Unicode 的一种归一化，把全角字母、数字、标点转成半角。文字检查都先做它，全角写法就绕不过去。

## 一、改配置

配置是 `config/build.yaml`，进 git。字段定义和校验在 `src/cadx/build/_config.py` 的 `BuildConfig`：每个字段必填，没有默认值；多写一个字段、拼错字段名、同一层出现重复的键都直接报错；除路径以外不做类型转换（例如 `alias_seed` 写成 `"7"` 会报错）。这样配置写错时构建停在第一步，而不是用一个没人知道的值跑完（`AGENTS.md`「不设默认值」）。

| 字段 | 类型 | 含义 |
| --- | --- | --- |
| `delivery_dir` | 路径 | 交付包目录 |
| `library_root` | 路径 | 资料库的上级目录，每次构建在它下面新建 `<构建号>/` |
| `answers_root` | 路径 | 答案库的上级目录，同上 |
| `alias_seed` | 整数 | 生成化名的随机种子。同一个种子、同一批通过的病例，得到同样的化名 |
| `decode_codes` | true / false | 编码列是否按映射表解码 |
| `code_maps` | 路径或 null | 映射表位置 |
| `ceus_run` | 路径或 null | 某次 CEUS 定量的运行目录（`runs/ceus/<运行号>/`）；null 表示不装 CEUS 结果，超声一路只有报告和关键图 |

相对路径**相对仓库根目录**解析，不相对配置文件所在目录，也不相对你敲命令时所在的目录。路径不能写空串（空串会变成当前目录）。

### decode_codes 与 code_maps 要配套

- `decode_codes: false` 时 `code_maps` 必须是 `null`。编码列按原始数字写进资料库，`clinical.json` 里 `codes_decoded` 为 false；答案库 `diagnoses.csv` 的「诊断名」一栏留空；临床表的性别（1/2）没法和报告表的「男」「女」比对，资料库清单的 `uncompared` 里写明「临床性别未比对」。
- `decode_codes: true` 时 `code_maps` 必须是映射表的路径。
- 配错（true 配 null，或 false 配路径）读配置时就报错。

为什么做成开关：映射表还没从临床方拿到，不能编造含义；先用 false 跑通，映射表到位后改成 true 重新构建一次（负责人 2026-10-16：解码做成可选开关，映射表是独立的配置文件）。诊断编码和其他编码列一样归这个开关管；诊断不进资料库，所以开关对诊断只影响答案库。

### ceus_run

指向一次**跑完的** CEUS 运行目录。目录不存在、名字以 `.partial` 结尾（那次运行没跑完）、缺 `failed.csv` 或 `snapshot/snapshot.json`，或快照里 `ceus.yaml` 的 `paths.delivery_dir` 与本文件的 `delivery_dir` 不是同一路径（那次运行跑的不是这份交付包），整次构建在建目录之前停下。目录合规时，按视频号找每例的结果，找不到或 CEUS 在这一例上失败的按 C15 跳过（第四节）。找到的结果，`summary.json` 里记的视频 SHA-256 和推注时间要与交付包一致；不一致说明视频或推注时间在那次运行之后改过，整次构建停下（这是整次运行与交付包对不上，不是单例问题），要重跑 CEUS 定量。

### 映射表的格式

映射表目前**还没有**（`config/code_maps.yaml` 尚未建）。拿到后按下面的格式写：每个编码列一项，列名映射到「数字 → 含义」。

```yaml
Sex: {1: ..., 2: ...}
Symptom_Pain: {0: ..., 1: ...}
```

- 键必须是整数（不加引号），含义必须是字符串。YAML 会把不加引号的 `yes`、`no`、`on`、`off` 读成布尔值，含义一律加引号最稳；读成布尔值时会报错，不会悄悄通过。
- 需要映射的 17 项列名是 `src/cadx/delivery/_shape.py` 里的 `CODED_COLUMNS`（性别、诊断、5 个症状、5 项既往史、5 项化验的档位列）。其中 `Diagnosis` 一项同时管临床表的 `Diagnosis` 列和两张报告表的「病理类型」列，三列编码相同。名单放在 delivery，是因为「哪些列是编码列」是交付包形状的一部分。
- 映射表在构建开始时检查（检查编号 T5，代码在 `src/cadx/build/_config.py` 的 `load_code_maps`）：必须恰好覆盖这 17 项，多一项少一项都整次构建停下；`Sex` 的含义必须恰好是「男」「女」，才能和报告表的性别比对；`Diagnosis` 的含义必须恰好是 `IPMN`、`SPN`、`MCN`、`SCN`，评价要拿它和专家的结论比。
- 解码时，某一例出现映射表里没有的值，这一例按 C07（临床表）或 C08、C09（报告表的诊断）跳过。

## 二、怎么跑

```bash
uv run python scripts/build.py --config config/build.yaml
```

脚本只接收 `--config` 一个参数，不能在命令行单独改某个参数，这次用了什么参数只看配置文件就知道（`结构.md` 第五部分「配置」）。

终端只打印计数：构建号、两个库的路径、病例总数、进库病例数、跳过病例数、认不出编号的行数、按检查编号分的跳过数、复核清单条数、跳过清单的说明句。不打印病例号和任何资料内容，终端输出可以贴进汇报。

跑完建议再做一次泄露扫描：

```bash
uv run python scripts/scan_library.py --library library/<构建号> --answers answers/<构建号>
```

它从答案库读出这次构建的真实病例号和视频号，加上脚本里独立写的亚型名、诊断列名、交付文件名词表，扫资料库的全部 `.txt`、`.json`（含 `tic.json`；不扫 PNG：PNG 的附加数据在写入时已经去掉，像素上烧录的信息栏按 `AGENTS.md` 硬性约束 3 不遮蔽，文字扫描也查不了像素），并检查 JSON 里有没有 `diagnosis`、`label`、`gold`、`pathology`、`name`、`row` 这类键名。只输出命中的条数和类别，不输出命中的内容；全部为 0 才说明资料库里没有这些东西。两个目录的构建号不同时直接报错。词表在脚本里另写一份、不取自 delivery 的常量，是为了让扫描不依赖被检查的代码本身：delivery 漏了一个词，扫描还能查出来。这个脚本同时读两个库，所以只能放在 `scripts/`，不能进 `src/cadx`（会诊代码不许碰答案库）。

## 三、产物在哪

### 构建号

`YYYYMMDD-HHMMSS-<git 短哈希>`，时间是本地时间（代码在 `src/cadx/runs/_snapshot.py` 的 `make_build_id`）。工作区有未提交的改动（含未跟踪的文件）时末尾加 `-dirty`。不干净的工作区照样允许构建，但如实记下：带 `-dirty` 的构建，代码不能只凭提交号复现，快照里另记了 `git diff HEAD` 输出的哈希。要写进论文的构建，应在干净的工作区上跑。

### 资料库 `library/<构建号>/`

```
manifest.json
cases/<化名>/
  clinical/clinical.json
  ultrasound/report.txt
  ultrasound/key.png
  ultrasound/keyframes/<槽位>.png   （ceus_run 不为 null 时；只有定位到的槽位）
  ultrasound/tic.json               （ceus_run 不为 null 时）
  mr/report.txt
```

| 文件 | 内容 |
| --- | --- |
| `manifest.json` | 构建号、git 提交号、工作区是否干净、配置文件（解码时含映射表）的 SHA-256、`codes_decoded`、`uncompared`（没比对的项）、`ceus_source`（所用 CEUS 运行号，`ceus_run` 为 null 时是 null）、化名列表（按化名排序）、每个文件的相对路径和 SHA-256。不含真实病例号、交付文件名和诊断 |
| `clinical.json` | `{"codes_decoded": ..., "fields": {列名: 值}}`。字段是临床表去掉编号和诊断后的 22 列：性别、年龄、5 个症状、5 项既往史、5 项化验的原值和档位。没测的化验写 null |
| `ultrasound/report.txt` | 超声报告的「所见」原文，UTF-8，不加标题 |
| `ultrasound/key.png` | 医生截的超声关键图，只保留像素和颜色模式重新编码，不带文本块、EXIF、ICC 等附加数据（附加数据里可能有文件名、时间等线索）。超声帧上烧录的信息栏不遮蔽（`AGENTS.md` 硬性约束 3） |
| `ultrasound/keyframes/<槽位>.png` | CEUS 运行里定位到的关键帧整幅画面，和 `key.png` 一样去掉附加数据重新编码 |
| `ultrasound/tic.json` | 四条 TIC 曲线的拟合是否成功和 R²、病灶两条曲线的灌注指标、紫圈曲线是否可用、7 个槽位是否定位到及视频时间或未定位原因。字段逐个从 CEUS 的 `summary.json` 挑出，不含视频号、路径、配置、帧号（`结构.md` 第四部分） |
| `mr/report.txt` | MR 报告的「所见」原文 |

性别、年龄只在临床一路：两份报告表里医院也复制了这两列，但影像两路先看到会被人口学先验带偏（`结构.md` 第四部分）。

读资料库要经 `cadx.library` 的 `read_clinical`、`read_ultrasound`、`read_mr`：读时逐个核对文件的 SHA-256 与清单一致，被改过就报错。

### 答案库 `answers/<构建号>/`

```
manifest.json
snapshot/
  snapshot.json
  build.yaml
  code_maps.yaml      （只在 decode_codes 为 true 时有）
aliases.csv
diagnoses.csv
skipped.csv
review.csv
```

| 文件 | 内容 |
| --- | --- |
| `manifest.json` | 构建号、跳过清单的说明句（`skipped_note`）、本目录其余全部文件（含 `snapshot/` 下的）的 SHA-256 |
| `snapshot/snapshot.json` | 构建号、完整 git 提交号、工作区是否干净、`git diff HEAD` 的 SHA-256、Python 版本、`uv.lock` 的 SHA-256、开始时间、各配置文件的 SHA-256（开跑时写） |
| `snapshot/finished.json` | 结束时间（跑完才写） |
| `snapshot/build.yaml` 等 | 这次所用配置的原文副本。配置文件以后改了，这次构建用的是什么仍然查得到 |
| `aliases.csv` | 化名、三位病例号、视频号（`U` 加病例号）。会诊产物只用化名，评价靠这张表接回真实病例；CEUS 定量的结果按视频号接回 |
| `diagnoses.csv` | 化名、病例号、临床表、超声表、MR 表各自的诊断编码、诊断名（不解码时留空）。三张表各存一份，用哪一份算分由评价决定（进库病例已过 C10，三份相同；分开存是为了保留各表原值，评价口径不必在装配时定） |
| `skipped.csv` | 跳过清单，见第四节 |
| `review.csv` | 复核清单，见第五节 |

CSV 用带 BOM 的 UTF-8（文件开头有一个不可见的标记），医生用 Excel 直接打开不会乱码。

### `.partial` 是什么

两个库先写进 `<根目录>/<构建号>.partial/`，全部写完、清单算完后再改名成 `<构建号>/`：先改答案库，最后改资料库。所以：

- **资料库的 `<构建号>/` 出现，才算这次构建完成。** 会诊只读资料库，读取函数也拒绝名字以 `.partial` 结尾的目录，没写完的构建不会被用上。
- 看到 `.partial` 目录，说明那次构建中途出错。它不会被自动删除，留着给人查原因；查完由人决定删不删。
- 只有答案库的 `<构建号>/`、没有同号的资料库，同样是没完成的构建。
- 配置、映射表或整张表的检查（T1–T5）不过时，构建在建目录之前就停下，不留任何目录。
- 目标目录已经存在时报错，不覆盖。构建号带到秒，正常不会重名。

## 四、跳过清单怎么看

### 规则

交付资料里的问题分两种（`AGENTS.md`「错误怎么处理」）：

- **整张表的问题**（T1–T5）：一例也读不出来，整次构建停下，报错信息以检查编号开头，写明哪个文件哪一项不符。
- **只落在某一个病例上的问题**（C01–C15）：跳过这一整例，接着处理下一例，在 `skipped.csv` 里记一行。这一例不进资料库，也不进答案库的 `aliases.csv`、`diagnoses.csv`。

先对三张表的每一行和每个病例目录做 C01（编号认不认得出）；认得出的，再逐例按 C02 到 C13、C14（关键图）、C15（CEUS 结果）、C14（关键帧图）的顺序检查，**遇到第一项没过就停下**，清单上每例只记这一项（C01 记的是认不出的那一行，不算某一例，见下文）。后面的检查没做过，不代表没问题：医生改好这一项后，重新构建时它可能卡在后面某一项。这句说明写在答案库 `manifest.json` 的 `skipped_note` 里，终端也会打印；CSV 文件开头不能加注释行，所以没写在 `skipped.csv` 里。为什么整例跳过而不是停下整次构建：负责人 2026-10-16「都是遇到整个病例跳过，让医生核对去吧」。评价时要报告跳过了几例、各因为什么。

### skipped.csv 的列

| 列 | 含义 |
| --- | --- |
| 病例 | 三位病例号。C01（编号认不出）的行不知道是哪个病人，写成「表的路径 第 N 行」（N 是 Excel 行号，第 1 行是表头）；病例目录名不在 1–999 之间时写成「病例目录 目录名」 |
| 检查编号 | C01–C15 |
| 检查说明 | 这项检查的一句话说明 |
| 文件 | 涉及的文件，相对交付包根目录，多个用「; 」隔开；C15 和关键帧图的 C14 相对 CEUS 运行的上级目录（以运行号开头） |
| 列 | 涉及的列，多个用「; 」隔开；不涉及具体列（如目录里的文件不对）时为空 |
| 涉及值 | JSON 字符串：不合规的原值、对不上的各表的值、命中的词和所在句子等，供医生核对 |

C01 的行不计入病例数，也不计入终端的「跳过病例」，单独算在「认不出编号的行」里；「按检查编号分的跳过数」里的 C01 就是这些行。同一个病人如果在某张表里编号写坏了，他在 C01 记一条（那一行），又会因为「缺在那张表」在 C03 再记一条，这是预期的。

### 检查编号速查

规则细节以代码为准：T1–T4 在 `src/cadx/delivery/_tables.py`，T5 在 `src/cadx/build/_config.py`，C01–C10 在 `src/cadx/delivery/_cases.py`，C11–C13 的词表和正则在 `src/cadx/delivery/_text.py`，C14 由 build 调 library 的 `check_key_image`（`src/cadx/library/_write.py`）在写库前做，C15 在 `src/cadx/build/_ceus.py`，表名、工作表名、表头在 `src/cadx/delivery/_shape.py`。每条规则为什么这样定见任务书 `../任务书/01-装配两个库.md` 第二部分。

| 编号 | 查什么 | 不过时 |
| --- | --- | --- |
| T1 | 三张汇总表都存在 | 整次构建停下 |
| T2 | 每张汇总表恰好有约定的那一个工作表 | 整次构建停下 |
| T3 | 表头与约定一字不差（含诊断列名里写的编码含义） | 整次构建停下 |
| T4 | 三个子目录里没有多余的文件：临床、MR 目录只有自己那张汇总表；超声目录只有超声汇总表和三位数字命名的病例目录 | 整次构建停下 |
| T5 | 解码时映射表恰好覆盖 17 项，性别、诊断的含义合规（见第一节） | 整次构建停下 |
| C01 | 编号认得出：临床表是 `P` 加三位数字，两张报告表是补零或不补零的纯数字，病例目录是三位数字；规范化后在 1–999 之间 | 记一行，不计入病例数 |
| C02 | 同一张表里这个编号只出现一次 | 跳过这一例 |
| C03 | 三张表和病例目录里都有这一例 | 跳过这一例 |
| C04 | 病例目录恰好三个文件：`U<号>_key.png`，加一对配套的视频和单例报告表：`U<号>_roi2.mp4` 配 `U<号>_roi2_report.xlsx`，或 `U<号>.mp4` 配 `U<号>_report.xlsx`；混搭不过（负责人 2026-10-16 定）：单例报告表的名字随视频名配对，不配套时说不清这份报告属于哪个版本的视频，交医生确认 | 跳过这一例 |
| C05 | 超声表的「CEUS视频ID」是 `U<号>`，与病例号一致 | 跳过这一例 |
| C06 | 单例报告表的工作表、表头正确，恰好 1 行数据，7 格与超声汇总表对应行逐格相等（类型也要相同） | 跳过这一例 |
| C07 | 临床表取值：性别、年龄、诊断、症状、既往史的取值范围；化验原值和档位要么都空（没测），要么都有值；解码时编码列的值在映射表里 | 跳过这一例 |
| C08 | 超声表取值：性别「男」或「女」、年龄形如「数字岁」、诊断 1–4（解码时还要在映射表里）、推注开始时间是非负整数、超声描述非空 | 跳过这一例 |
| C09 | MR 表取值：性别、年龄、诊断同 C08，MR 描述非空 | 跳过这一例 |
| C10 | 跨表一致：诊断三张表两两相等；年龄三张表相等（报告表去掉「岁」后和临床表的数字比）；性别超声表与 MR 表相等，解码时临床表的性别也要相等 | 跳过这一例 |
| C11 | 报告文字里没有结论段标题：段首（全文开头或换行之后）出现「印象」「结论」「提示」等关键词加冒号 | 跳过这一例 |
| C12 | 报告文字里没有亚型名（缩写、中文名及其常见变体） | 跳过这一例 |
| C13 | 报告文字里没有人口学信息：没有「数字岁」，没有「男」「女」两个字 | 跳过这一例 |
| C14 | 关键图能原样重编码：是 PNG，位深和颜色类型能逐像素保真（8 位灰度、RGB、灰度加透明通道、RGBA，或 1 位灰度），不带 tRNS 透明色；否则重编码会悄悄降位或丢透明。装 CEUS 结果时，每张关键帧图也查这一条（规则相同，「文件」一栏是哪张关键帧）。涉及值写不过的原因 | 跳过这一例 |
| C15 | CEUS 定量结果齐全（只在 `ceus_run` 不为 null 时查）：这一例的视频号不在那次运行的 `failed.csv` 里，且运行目录里有这一例的结果目录。涉及值写失败在第几步和原因，或「没有这一例的结果目录」。失败的病例以后要不要改成「超声不可评价、仍参与会诊」等 `../待定问题/03-病例排除标准.md` 定 | 跳过这一例 |

几点说明：

- 类型按 Excel 读出的原样判断，不做转换：要求整数的格读出 `45.0` 也不过，字符串不去首尾空格。录入时的这类小毛病可能对应真的录错，不替医生猜。
- C10 是负责人点名要的：同一个人在不同表里本应一样的值对不上，大概率是录入错误，要拿去找医生改。`待定问题/04` 记了 40 例里已知的跨表不一致。
- C11 只认段首的标题。正文中段出现「提示：」这类写法不算不过，这一例照常进库，但它会出现在复核清单里；这种中段的提示该不该给专家，等 `../待定问题/06-超声描述中段的造影提示.md` 定。在那之前，不能用构建做正式会诊。
- C12 不查单独出现的「浆液性」「黏液性」：它们在描述囊液性状时是正常用语。
- C13 禁单字「男」「女」：描述病灶用不到这两个字，出现了多半是写了患者性别，影像两路不该看到。

## 五、review.csv 是什么

复核清单：进库病例的超声描述、MR 描述里，含「考虑」「可能」「倾向」「提示」任一词的句子，每句一行（化名、路、命中的词、所在句子）。句子按「。」和「;」切（先做 NFKC，全角分号变成半角）。只扫进库的病例，跳过的病例不在这里。

这些词不带冒号时不算检查不过，因为它们也常用来描述影像所见；但它们可能引出医生的诊断倾向，所以列出来由负责人过目，决定要不要改规则或问医生。这里用化名而不是病例号，过目时如需对回病例，查同目录的 `aliases.csv`。

## 六、交给医生之前

- **`answers/` 里有真实病例号和报告原句**（`skipped.csv` 的涉及值、`review.csv` 的句子、`aliases.csv`、`diagnoses.csv`），只在本机，不进 git（`.gitignore` 和 pre-commit 两道拦截）。不能贴进文档、提交说明、Linear 评论或发给外部模型服务（`AGENTS.md` 硬性约束 3）。交给医生核对要走负责人认可的渠道，由负责人转交。
- 交给医生的通常只有 `skipped.csv`，说明里带上 `skipped_note` 那句话：每例只记第一项没过的检查。
- 不要把 `diagnoses.csv` 和资料库放在同一个地方给任何会诊代码或模型读（`AGENTS.md` 硬性约束 1）。
- 汇报、终端输出、日志里只写计数和检查编号，不写病例号和资料内容。
- 医生改好交付资料后，重新构建一次，得到新的构建号；旧的构建目录不删、不改（`AGENTS.md`「两档标准」：运行产物只追加）。