iomgaa/CADx-4
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CADx-4/WORK_LOG.md
T
iomgaa 9a916c65a5 feat(ceus): 任务书 02 第一阶段——底层和分割之前的算法；修复 C14 
任务书 01 遗留修复（C14）：
- library 新增 check_key_image(path)：关键图能逐像素保真重编码时返回 None，否则返回原因；
  _write_clean_png 的判断移过去，自身保留断言性质报错（走到这里说明 build 漏了检查）。
- build 写库前对每例调用，返回原因的整例跳过，记 C14「关键图能原样重编码」，涉及值写原因。
- 原来三条「关键图格式不对整次构建停下」的测试改为整例跳过，另加非 PNG、library 漏检报错两条。
- 结构.md 第八部分、guides/装配两个库.md 相应几行改掉。

第一阶段（src/cadx/ceus/）：
- 照搬旧 geometry、video_decoder、research_config、split_screen、green_prompt、prompt_frames、
  mapping，去掉产品层，注释改中文。
- 配置类去掉全部默认值，strict、extra=forbid、frozen；新建 config/ceus.yaml（paths、ceus 两段），
  数值照抄旧 yaml，逐项注明出处。删去 source_view/target_view、effective_region、mapping 锚点；
  旧代码写死的分屏抽帧数 25 和搜索区间 (0.35, 0.65) 改成配置，值不变。
- 视频解码改为按路径用 cv2 逐帧读。
- 坐标换算改为两个视图矩形左上角之差，不再用按某种宽度写死的锚点。
- 造影画面在哪一半：两半各自选提示帧，恰好一半有才定，否则抛 ContrastSideError（CeusCaseError
  子类，带步号和原因，供第三阶段记 failed.csv）。
- 旧测试照搬（改 import 与配置读取方式），因上述改动不再成立的删去；新增两处修改的手算测试。
- import-linter 加「ceus 不引用其他 cadx 模块」。依赖加 numpy、opencv-python-headless。

Co-Authored-By: Claude Opus 5.5 <noreply@anthropic.com>
2026-10-16 03:46:56 -04:00

5.5 KiB
Raw Blame History

工作记录

只记当前状态。一个阶段完成后压缩成几行，细节看提交说明和 research-wiki/。

当前目标

第 3 步 CEUS 定量，按任务书 02 分四个阶段做；第一阶段（底层和分割之前的算法）与 C14 修复已提交，下一个是第二阶段（MedSAM2 与后半段算法）。

已完成

  • 2026-10-15 盘点旧项目（远程 CADx-4-CAD）与两个参考项目（ClinDB-ReviewBench、dissect3），结论写进 research-wiki/design/0001-从产品重构为研究原型.md。

  • 2026-10-15 旧项目复制到 reference/CADx-4-CAD/：工作区（含没进 git 的 debugs/t1_local_debug.py、debugs/medsam2_local_track.py 和 tic_lognormal_replay.py 的未提交改动）加 git fetch 恢复的 366 个提交、5 个远程分支。

  • 2026-10-15 data/ 同步完成：交付包_20260908_40例（124 个文件）、1.2-TEST（1460 个文件），文件数与文件总字节数（4,034,244,118）和远程一致。

  • 2026-10-15 骨架（三份新文档过了一轮「硕士生阅读」并按意见修订）：AGENTS.md、CLAUDE.md、research-wiki/ 目录与 README.md、explanation/结构.md、design/0001、guides/开发环境.md；uv 工具链、make sync/fmt/test/check、pre-commit。make check 通过（1 项测试、1 条导入契约）。提交 5eb38df（工具链）、1f7a6a3（文档）。

  • 2026-10-15/16 深读旧项目三条线（CEUS 算法、资料与答案隔离、会诊与评价），两位中立评审独立评了存储与迁移方案；结论落成 design 0002 与重写的 结构.md。待定的研究问题记在 research-wiki/待定问题/。

  • 2026-10-16 任务书 01 装配两个库：delivery、library、answers、runs（快照）、build 五个模块，scripts/build.py、scripts/scan_library.py、config/build.yaml，91 条测试，make check 通过（6 条导入契约）。两轮独立审阅的会悄悄漏答案的意见已修（C11–C13 加严、泄露扫描 NFKC、关键图只收能保真重编码的 PNG、YAML 拒绝重复键）。真实 40 例：40 例中 34 例进库，跳过 6 例全为 C10（跨表不一致，与 待定问题/04 一致），复核清单 2 条，泄露扫描命中 0；构建号与提交号见提交说明和本次汇报。使用说明 guides/装配两个库.md。

  • 2026-10-16 任务书 02 第一阶段：src/cadx/ceus/ 迁入配置（去掉全部默认值）、视频解码（按路径逐帧读）、分屏、绿框、提示帧、两半坐标换算；新写判断造影画面在哪一半（两半各选提示帧，恰好一半有才行，否则 ContrastSideError）；坐标换算改为两个视图左上角之差，不再用锚点。config/ceus.yaml 只有 paths、ceus 两段。同一提交修了任务书 01 的关键图问题：不能保真重编码的关键图整例跳过，记 C14。make check 通过（348 条测试、7 条导入契约）。

未完成

  • 2026-10-16 任务书 01 由执行者完成（提交 bceb01e），监督者验收通过：真实 40 例进库 34、跳过 6（C10 跨表不一致），独立脚本核对资料库内容与跳过名单一致，泄露扫描 0 命中。

  • 结构.md 按负责人要求对照 ClinDB 的 结构.md 重写后，重写版还没再过一轮「硕士生阅读」（design 0002 与上一版结构文档过过）。

关键决定

  • 负责人 2026-10-15「其其实不需要（至少目前不需要）是一个工程产品」：按研究原型重写，产品层不迁移（design 0001）。

  • 负责人 2026-10-15 选定：检查强度「ClinDB 级」（不要提交审查闸）；注释和 docstring 用中文；本机为主（「目前以本地为主，以后会根据具体情况调整」）。

  • 负责人 2026-10-15 同意：MedSAM2 与 torch 装在同一个 uv 环境，靠导入边界隔离，不单独开环境（design 0001 第 7 条）。

  • 负责人 2026-10-16：调模型用 PolyGateway；两个库和中间文件都用文件夹（SQLite 只用于调模型账本）；CEUS「直接一个个迁移」，不在本机重跑旧代码作基线；数据格式和口径以 40 例交付包为准，「推注开始时间s」是视频第 0 秒时已推注的秒数（design 0002）。

  • 负责人 2026-10-16：先做第 2 步装配两个库；配置每段一份（config/<段>.yaml），编码解码是可选开关、映射表单独一份配置；交付资料检查一例有一项不过就整例跳过并记录，「都是遇到整个病例跳过，让医生核对去吧」；化名对照存进答案库。已写进 结构.md（框架图、第五部分「配置」）和 AGENTS.md「错误怎么处理」。

  • 负责人 2026-10-16 定 C04：报告表名随视频名配对（U<号>_roi2.mp4 配 U<号>_roi2_report.xlsx，U<号>.mp4 配 U<号>_report.xlsx），绿框版那一例因此进库。任务书 01 原文只认前一种，未改任务书。

下一步

  • 任务书 02 第二阶段：MedSAM2 拷代码和权重、segment 模块、其余 11 个 ceus 模块迁移。
  • 待负责人定：化名种子在 git 里，拿到种子可反推进库病例的病例号先后（专家拿不到种子）；含「造影提示：」的那份超声描述所在病例被 C10 跳过，故不在复核清单里。
  • 向临床方要编码映射表（性别、诊断、症状、既往史、化验档位）。
  • 把 待定问题/04（6 例跨表不一致）、待定问题/06（1 份超声描述中段的「造影提示：」）转给医生；06 定之前的构建不做正式会诊。
  • 等临床方交付 40 例的医生标注工作簿（含造影剂到达时间和注射时间）。
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