feat: 任务书 06，workspace 模块与 task.json 的"不存"清单

workspace 用一个裸仓库存代码版本，版本号是目录树编号，不造提交，每个版本挂 refs/versions/ 引用防清理。
存版本自己遍历目录、hash-object --no-filters 存，不用 git add；符号链接等特殊文件交回"存不了"。
取出用 ls-tree 加 cat-file 原样写出：实测 git archive 会按树里的 .gitattributes 丢文件、改换行符。
git 子进程不读系统和用户的配置，另关掉系统和用户的 attributes 文件：实测只关配置时 ~/.config/git/attributes 仍会被读。
比较交回文件级改动、新旧两边行号范围的块，以及带上下文的 diff 原文。
tasks：task.json 加必填的 unversionedNames，protectedFiles 删掉 solution.json。
全新上下文审阅一轮，采纳一条：注明块可以为空（空文件增删、只改可执行位）。

Co-Authored-By: Claude Opus 5.5 <noreply@anthropic.com>

WORK_LOG.md

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 - 任务书 03（ledger）：src/ledger 5 个文件、584 行，`npm test` 226 条通过（ledger 34 条）。一张只追加的表，两条禁改禁删触发器，8 处唯一约束（阶段开、阶段关、运行登记、确认启动或确认没启动、运行结果、模型调用开始、结束、消融结算），写入时只查四种拒收，提案的作者自评拆成封存另存。按第一版写过可见性和通用唯一键，按新版全部清掉了。全新上下文的审阅做了三轮。结构.md 第八部分补了 ledger 对外内容。
 - 任务书 04（config）：src/config 4 个文件、453 行，`npm test` 246 条通过（config 19 条）。流程用联合类型（完整流程 / 朴素循环），规则名取自 rules 登记表，config 改为依赖 rules。ledger 顺手两处：结算按轮次唯一、笔记去掉版本号，表结构版本号升到 2，全新上下文审阅一轮无问题。结构.md 第八部分补了 config 对外内容。
 - 任务书 05（tasks 与 runner）：src/runner 2 个文件、271 行，src/tasks 6 个文件、691 行，`npm test` 274 条通过（runner 12 条、tasks 16 条，真实 Docker，整套约 12 秒）。任务目录搬到 `tasks/circle_packing/`，新增 task.json；`VERDICTS` 删掉"判不了"。基线从头到尾判为算数，分数 0.9597642169962064，两次逐位相同。全新上下文审阅两轮：第一轮发现候选能伪造计量结果（把超时记成正常退出）、运行目录里旧 metrics.json 会被当成本次产物，都已修（计量 shell 以容器内 root 跑、命令用 setpriv 降权、结果用 docker cp 取；harness 开跑前删旧输出）；第二轮只审这次修复，另采纳一条：容器加 no-new-privileges，禁止候选靠 setuid 程序重新拿到 root。结构.md 第八部分补了 runner、tasks。
+- 任务书 06（workspace）：src/workspace 2 个文件、205 行，`npm test` 284 条通过（workspace 10 条，真实 git）。版本号是目录树编号，存版本自己列文件加 hash-object，取出用 ls-tree 加 cat-file（实测 `git archive` 会按树里的 `.gitattributes` 丢文件、改换行符），git 子进程另关掉系统和用户的 attributes 文件（实测只关配置时 `~/.config/git/attributes` 仍会被读）。tasks 的 task.json 加必填的 `unversionedNames`，`protectedFiles` 删掉 solution.json。全新上下文审阅一轮：两处偏离都实测成立；采纳一条（写明空文件增删、只改可执行位没有块），其余不改。结构.md 第八部分补了 workspace。
 
 ## 关键决定（用户原话见各提交说明）
 
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 - 写 plugin 时实测：源码导入路径带 `.ts` 扩展名，Pi 加载插件能否接受。
 - 给 submissions：研究者登记的假设专用指标编号不能和常规辅助指标重名（`metricDefinitions` 里的 7 个），否则候选自报的值会顶替宿主测的值（任务书 05 审阅意见）。
 - 给 flow：容器名要在本机所有研究之间唯一（例如带研究编号）；`docker run` 因重名失败时 runner 按"启动了"处理。日志目录每次运行一个新的。
+- 给以后算"没有归属的改动"的模块：workspace 比较结果里块可以为空（空文件增删、只改可执行位），要按整个文件算。
+- 给 flow：取出时目标目录必须是空的，workspace 不查。
+- 空目录不进版本（git 只记文件）；候选依赖空目录时正式运行会失败。未见真实证据，只列为未处理的可能情况。
+- `tasks/circle_packing/TASK.md` 没告诉实验员 `unversionedNames` 里的东西不会存进版本（任务书 06 范围外，未改）。
 - 给以后换任务镜像：镜像里必须有 `setpriv`（runner 用它把命令降到当前用户）；容器里不要用 `python -I`，它会忽略 `PYTHON_CPU_COUNT`。
 
 ## 工作方式（用户 2026-10-01 定）
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 ## 下一步
 
-任务书 06（workspace，`任务书/06-workspace.md`）已写好，等用户另开新 Agent 执行；完成后监督者核对。
+任务书 06（workspace）已完成，等监督者核对。