feat: flow 第 1 部分（骨架、研究开始、第零轮）与第零轮检验

按任务书 12 实现 src/flow：从账本现算下一步的纯函数、主循环、恢复入口、派模型任务和跑正式运行两个共用动作、冻结配置、基线、第零轮三个研究者阶段和入口分配，走到第 1 轮时停下。materials 导出 finalEntries、加 researcherId 和 StudyRecord。

审阅采纳两条：研究编号本机已用过时冻结前报错；docker run 没启动时写完结果就停下，不在本进程里无限起新编号。

eval/ 新增第零轮检验：起研究命令行、回放假模型、检验用 Jev 客户端、六问质量评估、16-real-1 回放、杀进程与两份同时跑。tsc 与 depcruise 也检查 eval/，新增 eval 只经 index.ts 用正式代码的规则。

Co-Authored-By: Claude Opus 5.5 <noreply@anthropic.com>

src/flow/loop.ts

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+import { mkdirSync } from "node:fs";
+import { resolve } from "node:path";
+import type { ResearchConfig } from "../config/index.ts";
+import { Ledger } from "../ledger/index.ts";
+import { Runner } from "../runner/index.ts";
+import { fullConfig, readFrozen } from "./frozen.ts";
+import { EVENTS, nextStep, type Next } from "./next-step.ts";
+import { ledgerFile } from "./paths.ts";
+import { recover } from "./recover.ts";
+import { baselineRun, saveBaseline } from "./steps/baseline.ts";
+import { assignEntries, dispatchStage } from "./steps/round-zero.ts";
+import { freezeConfig, halt, openStudy, USER_STOPPED, type Study, type StudyEnding } from "./study.ts";
+
+// 主循环：读账本 → 问下一步 → 做这一步 → 回到开头（任务书 12 第 2.4 节）。每做完一步都重新读账本。
+// 每次启动走同一条路：新研究先冻结配置；之后把研究接上（核对镜像和提示词）、核对未完成的动作，再进入主循环。
+
+export type StudyInput = {
+  /** 研究目录：账本、代码仓库、每次运行和每次模型调用的目录都在这里（任务书 12 第 2.1 节）。 */
+  studyDir: string;
+  /** 新研究交 checkConfig 检查过的配置；接着跑一份已有的研究写 null，以账本里冻结的那份为准。 */
+  config: ResearchConfig | null;
+  /** 用户停下研究：正在跑的模型会话立即停，正在跑的容器不管它，下次启动时由恢复入口接着等。 */
+  stop: AbortSignal;
+};
+
+export async function runStudy(input: StudyInput): Promise<StudyEnding> {
+  const dir = resolve(input.studyDir);
+  const config = input.config === null ? null : fullConfig(input.config);
+  mkdirSync(dir, { recursive: true });
+  const ledger = Ledger.open(ledgerFile(dir));
+  try {
+    const frozen = readFrozen(ledger.records()) !== null;
+    if (!frozen && config === null) throw new Error(`研究目录 ${dir} 里还没有研究，配置不能写 null`);
+    if (frozen && config !== null) throw new Error(`研究目录 ${dir} 里已经有冻结的配置：接着跑时配置写 null，以账本里冻结的那份为准`);
+    // Docker 守护进程的地址交给 docker 命令按自己的环境变量和 context 决定。
+    const runner = new Runner(null);
+    // 恢复入口：把研究接上，核对未完成的动作，之后才问下一步（任务书 12 第 2.5 节）。新研究冻结配置之后走同一条路。
+    const begin = async (): Promise<Study | StudyEnding> => {
+      const opened = await openStudy(dir, ledger, runner, input.stop);
+      if ("halt" in opened) return halt(ledger, opened.halt, []);
+      const recovered = await recover(opened);
+      if (recovered === "stopped") return USER_STOPPED;
+      if (recovered !== null) return { status: "halted", reason: recovered.halt };
+      return opened;
+    };
+    let study: Study | null = null;
+    if (frozen) {
+      const begun = await begin();
+      if ("status" in begun) return begun;
+      study = begun;
+    }
+    for (;;) {
+      if (input.stop.aborted) return USER_STOPPED;
+      const next = nextStep(ledger.records());
+      if (next.do === "freezeConfig") {
+        await freezeConfig(dir, ledger, runner, config!);
+        const begun = await begin();
+        if ("status" in begun) return begun;
+        study = begun;
+        continue;
+      }
+      const ended = await doStep(study!, next);
+      if (ended !== null) return ended;
+    }
+  } finally {
+    ledger.close();
+  }
+}
+
+/** 做一步。交回 null 表示接着走下一步。 */
+async function doStep(s: Study, next: Exclude<Next, { do: "freezeConfig" }>): Promise<StudyEnding | null> {
+  switch (next.do) {
+    case "saveBaseline":
+      saveBaseline(s);
+      return null;
+    case "baselineRun": {
+      const ran = await baselineRun(s, next.run);
+      if (ran === "stopped") return USER_STOPPED;
+      if (ran === "done") return null;
+      return halt(s.ledger, `运行 ${next.run} 没有启动，名额已退还；本进程不重跑，下次启动时起新编号重跑。Docker 的报错：${ran.notStarted}`, [next.run]);
+    }
+    case "skip":
+      s.ledger.append("event", { event: EVENTS.skipped, reason: next.reason, objects: [next.step] });
+      return null;
+    case "openStage":
+      s.ledger.append("stageOpen", { stageId: next.stageId, stage: next.stage, round: 0, roster: next.roster });
+      return null;
+    case "closeStage":
+      s.ledger.append("stageClose", { stageId: next.stageId });
+      return null;
+    case "dispatch":
+      return dispatchStage(s, next);
+    case "assignEntries":
+      assignEntries(s);
+      return null;
+    case "halt":
+      return halt(s.ledger, next.reason, next.objects);
+  }
+}