feat: add baseline diagnosis signal store

core/evolution/protocols.py

@@ -7,7 +7,10 @@ SkillStore / PromptStore 为同步（文件读取量小且快），RunLog 为异
 
 from __future__ import annotations
 
-from typing import Any, Protocol, runtime_checkable
+from typing import TYPE_CHECKING, Any, Protocol, runtime_checkable
+
+if TYPE_CHECKING:
+    from core.evolution.types import DiagnosisSignalRow
 
 
 @runtime_checkable
@@ -104,3 +107,44 @@ class RunLog(Protocol):
             轨迹记录字典列表。
         """
         ...
+
+
+@runtime_checkable
+class DiagnosisSignalStore(Protocol):
+    """逐题诊断信号存储端口。
+
+    隔离 SQLite 实现细节，app/core 不写裸 SQL。逐题 upsert 落盘、
+    支持断点续跑（done_question_ids 查已完成集合）。
+    """
+
+    def upsert(self, row: DiagnosisSignalRow) -> None:
+        """写入或覆盖单题诊断信号（按主键幂等）。
+
+        参数:
+            row: 待持久化的诊断信号行。
+        """
+        ...
+
+    def done_question_ids(self, baseline_run_id: str, diag_fingerprint: str) -> set[str]:
+        """查询指定 run 与诊断指纹下已完成的 question_id 集合。
+
+        参数:
+            baseline_run_id: baseline run 标识。
+            diag_fingerprint: 诊断口径指纹。
+
+        返回:
+            已落盘信号的 question_id 集合，用于断点续跑跳过。
+        """
+        ...
+
+    def load(self, baseline_run_id: str, diag_fingerprint: str) -> list[DiagnosisSignalRow]:
+        """加载指定 run 与诊断指纹下的全部诊断信号行。
+
+        参数:
+            baseline_run_id: baseline run 标识。
+            diag_fingerprint: 诊断口径指纹。
+
+        返回:
+            还原后的 DiagnosisSignalRow 列表。
+        """
+        ...