chore: track claude skills, tools, templates, reference code and research-wiki

- Add all claude skills (brainstorming, commit, debugging, TDD, etc.)
- Add claude hooks (pre-commit-guard, post-edit-quality)
- Add research templates (experiment plan, research brief, etc.)
- Add claude tools (arxiv/semantic_scholar/openalex fetch, wiki, exa)
- Add TRM4 reference implementation as algorithm fidelity baseline
- Add research-wiki content (plans, index, graph, query_pack)
- Update .gitignore to exclude .graphify_version runtime state
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2026-07-06 20:59:03 -04:00
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# 实验记录模板
> 每次实验都建议独立记录,便于复现、回溯和汇总。
## 实验记录
### 名称
[填写:实验名称]
### 日期
[填写:YYYY-MM-DD]
### Idea
[填写:对应的 idea 名称或编号]
### 目标
[填写:这次实验要回答什么问题,验证哪个 claim。]
## Setup
| 项目 | 说明 |
|---|---|
| 方法 | [填写] |
| 数据集 | [填写] |
| 基线 | [填写] |
| 硬件 | [填写] |
| 配置 | [填写] |
## 结果表格
| method | dataset | metric-1 | metric-2 | notes |
|---|---|---:|---:|---|
| [填写] | [填写] | [填写] | [填写] | [填写] |
| [填写] | [填写] | [填写] | [填写] | [填写] |
## 结论
### 是否支持 claim?
[填写:支持 / 部分支持 / 不支持,并说明原因。]
### 关键收获
[填写:最重要的观察、异常现象、后续启发。]
## 复现命令
```bash
[填写:完整复现命令]
```
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# 实验计划模板
> 用于把 claim、实验块、运行顺序和资源预算拆成可执行计划。
## 问题 / 方法论点
[填写:本轮实验要验证的关键问题,以及方法主张是什么。]
## Claim 映射表
| claim | 重要性 | 最低证据 | 关联实验块 |
|---|---|---|---|
| [填写] | [填写] | [填写] | [填写] |
| [填写] | [填写] | [填写] | [填写] |
| [填写] | [填写] | [填写] | [填写] |
## 实验块
| 实验块 | 验证 claim | 数据集 | 对比系统 | 指标 | 成功标准 | 失败解读 | 优先级 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| [填写] | [填写] | [填写] | [填写] | [填写] | [填写] | [填写] | [填写] |
| [填写] | [填写] | [填写] | [填写] | [填写] | [填写] | [填写] | [填写] |
| [填写] | [填写] | [填写] | [填写] | [填写] | [填写] | [填写] | [填写] |
## 运行顺序表
| 里程碑 | 目标 | 运行内容 | 决策关卡 | 预估耗时 |
|---|---|---|---|---|
| [填写] | [填写] | [填写] | [填写] | [填写] |
| [填写] | [填写] | [填写] | [填写] | [填写] |
| [填写] | [填写] | [填写] | [填写] | [填写] |
## 算力预算
| 项目 | 预算 | 备注 |
|---|---|---|
| 训练 | [填写] | [填写] |
| 评估 | [填写] | [填写] |
| 消融 | [填写] | [填写] |
| 总计 | [填写] | [填写] |
## 风险
| 风险 | 影响 | 缓解措施 |
|---|---|---|
| [填写] | [填写] | [填写] |
| [填写] | [填写] | [填写] |
| [填写] | [填写] | [填写] |
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# Idea 候选池模板
> 用于跟踪当前候选方案、淘汰原因和切换历史。
## 当前 Idea
[填写:当前正在推进的 idea 名称、核心假设和一句话概述。]
## 候选列表
| Idea 名称 | 一句话描述 | 新颖性评分 (X/10) | 评审意见 | 试点结果 | 预估工作量 | 未优先选择原因 |
|---|---|---:|---|---|---|---|
| [填写] | [填写] | [填写] | [填写] | [填写] | [填写] | [填写] |
| [填写] | [填写] | [填写] | [填写] | [填写] | [填写] | [填写] |
| [填写] | [填写] | [填写] | [填写] | [填写] | [填写] | [填写] |
## 已淘汰 Idea
| Idea 名称 | 淘汰原因 | 日期 | 来源 |
|---|---|---|---|
| [填写] | [填写] | [填写] | [填写] |
| [填写] | [填写] | [填写] | [填写] |
## Idea 切换日志
| 日期 | 从 | 到 | 原因 |
|---|---|---|---|
| [填写] | [填写] | [填写] | [填写] |
| [填写] | [填写] | [填写] | [填写] |
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# 研究简报模板
> 用于在研究开始前快速对齐问题、背景、约束和预期方向。
## 问题陈述
### 1. 问题定义
[填写:用 2-3 段描述你要解决的核心问题、为什么重要、当前卡点是什么。]
### 2. 研究动机
[填写:说明这个问题为什么值得做,现有方法在哪些方面不能满足目标。]
### 3. 预期影响
[填写:如果研究成功,可能带来的理论价值、工程价值或论文价值。]
## 背景
### 领域
[填写:所属大领域,例如 NLP / CV / RL / 系统 / 理论。]
### 子方向
[填写:更具体的子方向,例如 长文本推理 / 多模态检索 / 安全对齐。]
### 已读关键论文
[填写:列出已经读过的关键论文、年份、核心结论和与你的问题的关系。]
### 已尝试的方法
[填写:列出你已经试过的方法、实现方式、实验设置和结果。]
### 失败经验
[填写:明确记录失败尝试、失败现象、可能原因和你排除过的解释。]
## 约束条件
| 约束项 | 说明 |
|---|---|
| 算力 | [填写:GPU 型号、数量、可用时长、预算限制] |
| 时间线 | [填写:里程碑日期、截止时间、可用工期] |
| 目标会议 | [填写:目标会议 / 期刊 / 内部评审节点] |
## 期望方向
- [ ] 从零探索
- [ ] 改进现有方法
- [ ] 诊断型研究
- [ ] 其他:[填写]
## 领域知识
[填写:记录你已经确认的领域事实、经验法则、常见坑、重要术语和默认设定。]
## 非目标
[填写:明确哪些问题这次不做,避免范围漂移。]
## 已有结果
[填写:总结目前最重要的结果、指标、可视化、失败/成功信号。]
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# 研究契约模板
> 用于把研究目标、方法、证据标准和状态同步到一个稳定文档中。
## 选定 Idea
### 描述
[填写:选中的 idea 是什么,它解决什么问题。]
### 来源
[填写:来自哪次讨论、哪篇论文、哪个 review、哪个实验分支。]
### 选择理由
[填写:为什么最终选它,而不是其他候选。]
## 核心 Claims
| Claim 编号 | 核心主张 | 预期证据 | 当前状态 |
|---|---|---|---|
| C1 | [填写] | [填写] | [填写] |
| C2 | [填写] | [填写] | [填写] |
| C3 | [填写] | [填写] | [填写] |
## 方法摘要
[填写:用简洁语言描述方法框架、关键模块、训练/推理流程和与基线的差异。]
## 实验设计
| 项目 | 说明 |
|---|---|
| 数据集 | [填写] |
| 基线 | [填写] |
| 指标 | [填写] |
| 关键超参 | [填写] |
| 算力 | [填写] |
## 基线表格
| method | dataset | metric | score | source |
|---|---|---:|---:|---|
| [填写] | [填写] | [填写] | [填写] | [填写] |
| [填写] | [填写] | [填写] | [填写] | [填写] |
## 当前结果表格
| method | dataset | metric | score | 备注 |
|---|---|---:|---:|---|
| [填写] | [填写] | [填写] | [填写] | [填写] |
| [填写] | [填写] | [填写] | [填写] | [填写] |
## 关键决策
| 日期 | 决策 | 依据 | 影响 |
|---|---|---|---|
| [填写] | [填写] | [填写] | [填写] |
| [填写] | [填写] | [填写] | [填写] |
## 状态清单
- [ ] 关键假设已明确
- [ ] 基线已复现
- [ ] 主实验已定义
- [ ] 失败案例已记录
- [ ] 结论已能支持核心 claims