chore: track claude skills, tools, templates, reference code and research-wiki

- Add all claude skills (brainstorming, commit, debugging, TDD, etc.)
- Add claude hooks (pre-commit-guard, post-edit-quality)
- Add research templates (experiment plan, research brief, etc.)
- Add claude tools (arxiv/semantic_scholar/openalex fetch, wiki, exa)
- Add TRM4 reference implementation as algorithm fidelity baseline
- Add research-wiki content (plans, index, graph, query_pack)
- Update .gitignore to exclude .graphify_version runtime state

.claude/templates/RESEARCH_CONTRACT_CN.md

@@ -0,0 +1,66 @@
+# 研究契约模板
+
+> 用于把研究目标、方法、证据标准和状态同步到一个稳定文档中。
+
+## 选定 Idea
+
+### 描述
+[填写：选中的 idea 是什么，它解决什么问题。]
+
+### 来源
+[填写：来自哪次讨论、哪篇论文、哪个 review、哪个实验分支。]
+
+### 选择理由
+[填写：为什么最终选它，而不是其他候选。]
+
+## 核心 Claims
+
+| Claim 编号 | 核心主张 | 预期证据 | 当前状态 |
+|---|---|---|---|
+| C1 | [填写] | [填写] | [填写] |
+| C2 | [填写] | [填写] | [填写] |
+| C3 | [填写] | [填写] | [填写] |
+
+## 方法摘要
+
+[填写：用简洁语言描述方法框架、关键模块、训练/推理流程和与基线的差异。]
+
+## 实验设计
+
+| 项目 | 说明 |
+|---|---|
+| 数据集 | [填写] |
+| 基线 | [填写] |
+| 指标 | [填写] |
+| 关键超参 | [填写] |
+| 算力 | [填写] |
+
+## 基线表格
+
+| method | dataset | metric | score | source |
+|---|---|---:|---:|---|
+| [填写] | [填写] | [填写] | [填写] | [填写] |
+| [填写] | [填写] | [填写] | [填写] | [填写] |
+
+## 当前结果表格
+
+| method | dataset | metric | score | 备注 |
+|---|---|---:|---:|---|
+| [填写] | [填写] | [填写] | [填写] | [填写] |
+| [填写] | [填写] | [填写] | [填写] | [填写] |
+
+## 关键决策
+
+| 日期 | 决策 | 依据 | 影响 |
+|---|---|---|---|
+| [填写] | [填写] | [填写] | [填写] |
+| [填写] | [填写] | [填写] | [填写] |
+
+## 状态清单
+
+- [ ] 关键假设已明确
+- [ ] 基线已复现
+- [ ] 主实验已定义
+- [ ] 失败案例已记录
+- [ ] 结论已能支持核心 claims
+