fix(harness): change _runs INSERT OR IGNORE to ON CONFLICT DO UPDATE for incremental infer

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 (1M context) <noreply@anthropic.com>

app/harness/log.py

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 """HarnessLog：SQLite 薄包装 + RunLogImpl 只读查询端口。
 
 HarnessLog 提供统一的结构化日志接口，从 TRM4 直搬，保留全部线程安全与幂等语义。
+同 run_id 重复创建时通过 ON CONFLICT DO UPDATE 更新 started_at/config/status。
 RunLogImpl 实现 core/evolution/protocols.py::RunLog Protocol，用独立连接做只读 SELECT，
-不经 HarnessLog 生命周期（不触发 _runs INSERT OR IGNORE），避免污染运行状态。
+不经 HarnessLog 生命周期（不触发 _runs upsert），避免污染运行状态。
 """
 
 from __future__ import annotations
@@ -41,7 +42,7 @@ class HarnessLog:
 
     关键设计：
     - WAL 模式 + threading.Lock 保证共享连接下并发安全。
-    - INSERT OR IGNORE INTO _runs 保证幂等（同 run_id 多次创建不报错）。
+    - ON CONFLICT DO UPDATE 保证幂等（同 run_id 多次创建不报错）并更新 started_at/config/status。
     - query 也持锁：共享连接（check_same_thread=False）下并发 SELECT + INSERT
       在同一连接上 execute 会损坏游标状态，故读也须串行化。
     - context manager 语义：正常退出 completed，异常退出 failed。
@@ -70,9 +71,13 @@ class HarnessLog:
         resolved_sha = git_sha or _get_git_sha()
         config_json = json.dumps(config_snapshot, ensure_ascii=False) if config_snapshot else None
         self._conn.execute(
-            "INSERT OR IGNORE INTO _runs"
+            "INSERT INTO _runs"
             " (run_id, git_sha, started_at, config, status)"
-            " VALUES (?, ?, ?, ?, ?)",
+            " VALUES (?, ?, ?, ?, ?)"
+            " ON CONFLICT(run_id) DO UPDATE SET"
+            " started_at=excluded.started_at,"
+            " config=excluded.config,"
+            " status=excluded.status",
             (run_id, resolved_sha, _now_iso(), config_json, "running"),
         )
         self._conn.commit()