feat(evolution): __init__.py public API + ARCHITECTURE.md Protocol update

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@@ -213,11 +213,13 @@ project_root/
 
 **Evolution 专属端口（`core/evolution/protocols.py`）：**
 
+core/ 侧 Protocol 只读——core/ 返回结果 dataclass，写入由 app/harness/ 编排层执行。写方法保留在 app/ 侧的实现类中。
+
 | Protocol | 关键方法 | 职责 |
 |----------|---------|------|
-| `SkillStore` | `read_skill()`, `write_skill()`, `list_versions()` | 版本化技能存储 |
-| `PromptStore` | `read_prompt()`, `write_prompt()` | 版本化提示词存储 |
-| `RunLog` | `insert()`, `query()` | 实验日志 |
+| `SkillStore` | `read_skill()`, `list_skill_files()` | 版本化技能读取（只读） |
+| `PromptStore` | `read_prompt()`, `list_prompt_files()` | 版本化提示词读取（只读） |
+| `RunLog` | `get_predictions()`, `get_traces()` | 实验日志查询（只读） |
 
 ### 3.2 应用层端口（`app/ports.py`）