feat(core/evolution): protocols.py + types.py 基础层 — 18 个 dataclass + 3 个 Protocol

TRM4 诊断/进化/门控数据类型迁移至 TRM5 Clean Architecture 内核。
逐字段比对 TRM4 的 eprocess.py、diagnose.py、evolve.py 保真迁移。

types.py (18 个 dataclass):
- Gate: GateParams, GateVerdict (frozen, 原样迁移)
- 诊断: SpanMetrics, SkillStepAdherence, QuestionMetrics,
  ErrorAttribution, CaseSample, SkillCasePack, SystemCasePack,
  ToolCasePack, DiagnosisResult (全部 frozen=True)
- 进化: EvolutionRecord (mutable), RejectedEdit (frozen),
  EvolutionResult (frozen, 移除 skills_version/prompts_version)
- 新增: PairResult, QuadrantClassification (块验证纯决策输出)
- 新增: DiagnosePrompts, EvolvePrompts (模板束, frozen)

protocols.py (3 个只读 Protocol):
- SkillStore, PromptStore (同步文件读取)
- RunLog (异步日志查询, 隔离 SQL)

变更理由:
- QuestionMetrics 由 TRM4 mutable 改为 frozen (一次性构造)
- ErrorAttribution 由 TRM4 mutable 改为 frozen (构造时填入全部字段)
- EvolutionResult 移除版本管理字段 (app/ 职责)

涉及算法: #5(CE-Gate), #8(诊断瀑布), #9(进化引擎)

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 (1M context) <noreply@anthropic.com>

core/evolution/protocols.py

@@ -0,0 +1,106 @@
+"""core/evolution/ 子包的只读 Protocol 定义。
+
+三个 Protocol 均为只读——core/ 返回结果 dataclass，写入由 app/ 持久化。
+SkillStore / PromptStore 为同步（文件读取量小且快），RunLog 为异步
+（隔离 SQLite 查询，core/ 不写 SQL）。
+"""
+
+from __future__ import annotations
+
+from typing import Any, Protocol, runtime_checkable
+
+
+@runtime_checkable
+class SkillStore(Protocol):
+    """版本化技能读取端口。
+
+    实现方解析 manifest 指针，core/ 不感知版本号。
+    """
+
+    def read_skill(self, filename: str) -> str:
+        """读取指定 skill 文件的全文内容。
+
+        参数:
+            filename: skill 文件名，如 'temporal-reasoning.md'。
+
+        返回:
+            文件全文内容。
+        """
+        ...
+
+    def list_skill_files(self) -> list[str]:
+        """列出当前版本所有 skill 文件名。
+
+        返回:
+            文件名列表。
+        """
+        ...
+
+
+@runtime_checkable
+class PromptStore(Protocol):
+    """版本化提示词读取端口。
+
+    覆盖 system.md 和 tool extract/verify 文件。
+    """
+
+    def read_prompt(self, filename: str) -> str:
+        """读取指定 prompt 文件的全文内容。
+
+        参数:
+            filename: prompt 文件名，如 'system.md'。
+
+        返回:
+            文件全文内容。
+        """
+        ...
+
+    def list_prompt_files(self) -> list[str]:
+        """列出当前版本所有 prompt 文件名。
+
+        返回:
+            文件名列表。
+        """
+        ...
+
+
+@runtime_checkable
+class RunLog(Protocol):
+    """实验日志查询端口。
+
+    隔离 SQLite 实现细节，core/ 不写 SQL。
+    """
+
+    async def get_predictions(
+        self,
+        run_id: str,
+        *,
+        question_ids: list[str] | None = None,
+    ) -> list[dict[str, Any]]:
+        """查询指定 run 的预测记录。
+
+        参数:
+            run_id: 运行标识。
+            question_ids: 可选的题目 ID 过滤列表。
+
+        返回:
+            预测记录字典列表。
+        """
+        ...
+
+    async def get_traces(
+        self,
+        run_id: str,
+        *,
+        question_ids: list[str] | None = None,
+    ) -> list[dict[str, Any]]:
+        """查询指定 run 的推理轨迹。
+
+        参数:
+            run_id: 运行标识。
+            question_ids: 可选的题目 ID 过滤列表。
+
+        返回:
+            轨迹记录字典列表。
+        """
+        ...