feat: --retry-uncertain re-diagnoses uncertain rows; fix docstring

core/evolution/protocols.py

@@ -127,12 +127,20 @@ class DiagnosisSignalStore(Protocol):
         """
         ...
 
-    def done_question_ids(self, baseline_run_id: str, diag_fingerprint: str) -> set[str]:
+    def done_question_ids(
+        self,
+        baseline_run_id: str,
+        diag_fingerprint: str,
+        *,
+        retry_uncertain: bool = False,
+    ) -> set[str]:
         """查询指定 run 与诊断指纹下已完成的 question_id 集合。
 
         参数:
             baseline_run_id: baseline run 标识。
             diag_fingerprint: 诊断口径指纹。
+            retry_uncertain: True 时把 tier='uncertain'（信号不可信降级）题视为
+                未完成，令其被重新诊断；默认 False（uncertain 也算完成，不重诊）。
 
         返回:
             已落盘信号的 question_id 集合，用于断点续跑跳过。