…` 单行压缩 → Markdown 管道表格 |
-| 60 | `strip_stray_html` | 散落标签 | ` ` |
-| 70 | `rstrip_lines` | 行尾空白 | MinerU 每行行尾的双空格硬换行 |
-| 80 | `collapse_blank_lines` | 空行折叠 | 连续空行 → 1 行;裁掉文首文末 |
+- 原有 Python 实现、YAML 规则、测试和打包配置已经移除;
+- `AGENTS.md` 与 `CLAUDE.md` 提供同步的协作规则;
+- `research-wiki/` 按文档生命周期区分设计、说明、参考、指南和草稿;
+- `research-wiki/design/0001-repository-foundation.md` 记录本次基础架构选择。
+- `research-wiki/reference/GOVDOC_SAAS_CLEANING_SCOPE.md` 保存 45 份外部测试 Markdown 的只读问题审计;
+- `research-wiki/scratch/markdown-cleaning-ecosystem-research-2026-08-20.md` 完成首轮生态与架构调研。
+- 2026-08-21 完成师姐项目(ClinDB-ReviewBench)5 份论文 Markdown 的问题审计
+ (`research-wiki/scratch/data-5papers-cleaning-audit-2026-08-21.md`),并确定其第一版清洗范围
+ (`research-wiki/reference/CLINDB_REVIEWBENCH_CLEANING_SCOPE.md`,9 类确定性规则)。
+- 2026-08-21 明确本项目定位为实验室共用库;GovDoc 和论文清洗都是使用场景,不是核心边界。
-### 防误伤设计(来自真实数据踩坑)
+当前没有清洗算法、可执行命令、运行依赖、测试套件或已批准的输入输出契约。调研报告中的技术组合、
+内部 IR、profiles 和实施路线均是候选方案,尚未批准。
+目录存在只代表文档落点已经建立,不代表相应能力已经完成。
-- **protect 正则**:`投标人:(公章)`、`法定代表人签名:`、`日期: 年 月 日`、
- `致:xxx`、声明函结尾句——标书里逐章重复,**是正文模板不是页眉**,默认保护。
-- **内容形态豁免**:编号条款 `(1)…`、`1、…`、`一、…`、列表/表格行、
- `乙方:xxx` 字段行——平行结构天然重复,引擎侧直接不参与页眉判定。
-- **burst 检测**:同一短行连续刷屏 ≥5 次(间隔 ≤2 行)判为 OCR 重复崩坏,
- 直接删除(003-10 案例出现"审计程序"连续 1359 行)。
+## 服务对象与复用目标
-## 安装
+当前已经明确的使用场景包括:
-```bash
-pip install -e . # 或直接 python -m cleaner.cli(仅需 PyYAML)
-```
+- **论文清洗**:`data/` 中现有内容来自师姐的项目,包含论文 PDF 的 Markdown、JSON、图片等转换产物;
+- **GovDoc**:政务、招投标、采购、合同等文档的清洗、比对和 RAG 前处理;
+- **未来实验室项目**:后续可以继续接入其他需要 Markdown 质量检查、规范化或用途派生的项目数据。
-## 使用
+当前用例只用于发现真实问题和验证通用能力,不能反过来限定库的设计。核心代码不得依赖论文 DOI、
+GovDoc 目录、具体客户名称或某一转换器的固定输出路径。
-```bash
-# 单文件:清洗 + 打印统计
-md-clean single input.md -o output.md --diff
+## 面向复用的设计原则
-# 批量:递归清洗目录下所有 .md,输出到平行目录 + JSON 报告
-md-clean batch /path/to/uploads -o /path/to/uploads_cleaned \
- --pattern "*.md" --report report.json
+- **通用核心**:编码检查、Markdown/HTML 结构解析、异常检测、可审计变换、资产校验和来源追踪;
+- **输入适配器**:不同 PDF/OCR/DOCX/HTML 转换器通过 adapter 接入,不把某个上游工具写死;
+- **项目 profile**:论文、GovDoc、对比、RAG、公开脱敏等规则独立组合,不互相污染默认行为;
+- **保真优先**:不确定内容默认保留或进入人工确认,不能为了格式整齐改写业务或学术内容;
+- **可复现**:规则、配置、输入哈希、输出和每次变更都可以追踪;
+- **可扩展**:新增项目应主要增加 adapter、detector、transformer 或 profile,而不是复制一套清洗器。
-# 用自定义规则集(复制 default.yaml 改参数即可)
-md-clean batch uploads/ --rules rules/strict.yaml
-```
+## `data/` 的职责
-`--diff` 输出 unified diff,`report.json` 记录每个文件每条规则的命中数,
-清洗过程完全可审计、可回滚(重跑即得原结果的对照)。
+`data/` 是实验室项目的本地数据工作区。当前存放师姐论文清洗项目的输入和转换产物,未来可能继续加入
+其他项目的数据。新增数据时应逐步按项目命名空间组织,例如 `data//...`,避免不同项目的
+输入、产物和评测结果混在一起。
-## 项目结构
+数据目录与通用库保持以下边界:
-```
+- `data/` 已被 Git 忽略,不作为库源码、公开 fixture 或发布包的一部分;
+- 默认把项目数据视为只读输入,清洗结果写到独立输出位置,不覆盖原文件;
+- 数据可以推动通用规则设计,但项目专属规则必须进入对应 profile;
+- 测试需要的公开样例应单独制作脱敏、最小化 fixture,不能直接复制真实项目文档;
+- `/home/lihaoze/gov_test_data` 等仓库外真实材料同样保持只读,不复制、不修改、不提交。
+
+任何清洗语义、规则格式、评估指标、代码目录或运行依赖,都应先形成设计记录并获得确认。研究结果进入
+具体项目或生产系统前,还需要在使用方范围内独立验证。
+
+## 目录结构
+
+```text
govdoc-md-cleaner/
-├── cleaner/
-│ ├── cleaner.py # 引擎:按序应用规则,输出 CleanResult(text, stats)
-│ ├── rules.py # 规则实现 + REGISTRY + YAML 加载
-│ └── cli.py # single / batch 两个子命令
-├── rules/
-│ └── default.yaml # 默认规则集(顺序、开关、参数、protect 列表)
-├── tests/
-│ └── test_rules.py # 每条规则的最小样例 + 防误伤回归
-└── docs/
- └── RULES.md # 规则编写指南(新增规则的方法)
+├── AGENTS.md
+├── CLAUDE.md
+├── README.md
+├── data/ # 本地项目数据;Git 忽略,未来按项目分区
+└── research-wiki/
+ ├── README.md
+ ├── design/ # 方案选择与冻结决策
+ ├── explanation/ # 当前有效机制及原因
+ ├── reference/ # 需要准确查询的稳定事实
+ ├── guides/ # 已实际验证的操作步骤
+ └── scratch/ # 调研笔记和未收敛草稿
```
-## 新增一条规则
+## 开始工作
-1. `cleaner/rules.py`:实现 `_your_rule(text, params, stats) -> text`,注册进 `REGISTRY`;
-2. `rules/default.yaml`:追加 `- name: your_rule / order: / params:`;
-3. `tests/test_rules.py`:加一个真实数据浓缩出的最小样例。
+进入仓库后依次阅读:
-原则:**规则只删噪音不删正文**;拿不准的形态默认保留,靠 protect/exempt 收紧。
+1. 本文件,确认当前阶段;
+2. `AGENTS.md` 或 `CLAUDE.md`,确认协作与安全边界;
+3. `research-wiki/README.md`,确认文档应放在哪里;
+4. 与任务直接相关的 `research-wiki/design/` 记录。
-## 测试
+下一项实质工作开始前,应以现有论文数据、GovDoc 审计和生态调研为输入新增下一编号的 design,明确
+通用核心与项目 profile 的边界、第一阶段范围、技术选型、输入输出、验证方法和非目标,并等待批准。
+
+## 当前可用检查
```bash
-python -m unittest discover tests -v
+# 两份 Agent 入口除标题外必须一致;无输出且退出码为 0 表示通过
+diff -u <(tail -n +2 AGENTS.md) <(tail -n +2 CLAUDE.md)
+
+# 查看当前 Wiki 中实际存在的文档
+find research-wiki -maxdepth 2 -type f | sort
+
+# 检查本地变更
+git status --short
```
-## License
-
-MIT
+当前没有测试命令;在真实实现和测试体系获批并落地前,不应声明测试通过。
diff --git a/cleaner/__init__.py b/cleaner/__init__.py
deleted file mode 100644
index 2785bf4..0000000
--- a/cleaner/__init__.py
+++ /dev/null
@@ -1,11 +0,0 @@
-"""govdoc-md-cleaner: 政务文档 Markdown 清洗工具包。
-
-针对 PDF→Markdown 转换产物(MinerU / OCR 管线输出)的常见脏数据,
-提供基于 YAML 规则的、可复现、可审计的清洗能力。
-"""
-
-from cleaner.cleaner import MarkdownCleaner, CleanResult, load_rules
-from cleaner.cli import main
-
-__version__ = "0.1.0"
-__all__ = ["MarkdownCleaner", "CleanResult", "load_rules", "main"]
diff --git a/cleaner/cleaner.py b/cleaner/cleaner.py
deleted file mode 100644
index 7764ed9..0000000
--- a/cleaner/cleaner.py
+++ /dev/null
@@ -1,56 +0,0 @@
-"""清洗引擎:按规则顺序应用,输出清洗后文本 + 统计报告。"""
-
-from __future__ import annotations
-
-import difflib
-from dataclasses import dataclass, field
-from pathlib import Path
-from typing import Dict, List, Optional
-
-from cleaner.rules import REGISTRY, Rule, load_rules
-
-
-@dataclass
-class CleanResult:
- """一次清洗的结果:产物 + 可审计的统计。"""
-
- text: str
- stats: Dict[str, int] = field(default_factory=dict)
- rules_applied: List[str] = field(default_factory=list)
-
- @property
- def total_hits(self) -> int:
- return sum(v for k, v in self.stats.items() if k != "collapsed_blanks")
-
-
-class MarkdownCleaner:
- def __init__(self, rules: Optional[List[Rule]] = None, rules_path: Optional[Path] = None):
- self.rules = rules if rules is not None else load_rules(rules_path)
-
- def clean_text(self, text: str) -> CleanResult:
- stats: Dict[str, int] = {}
- applied: List[str] = []
- for rule in self.rules:
- if not rule.enabled:
- continue
- func = REGISTRY[rule.name]
- text = func(text, rule.params, stats)
- applied.append(rule.name)
- return CleanResult(text=text, stats=stats, rules_applied=applied)
-
- def clean_file(self, src: Path, dst: Optional[Path] = None) -> CleanResult:
- raw = Path(src).read_text(encoding="utf-8")
- result = self.clean_text(raw)
- if dst is not None:
- Path(dst).parent.mkdir(parents=True, exist_ok=True)
- Path(dst).write_text(result.text, encoding="utf-8")
- return result
-
- @staticmethod
- def diff(before: str, after: str, context: int = 1) -> str:
- return "\n".join(
- difflib.unified_diff(
- before.splitlines(), after.splitlines(),
- fromfile="before", tofile="after", lineterm="", n=context,
- )
- )
diff --git a/cleaner/cli.py b/cleaner/cli.py
deleted file mode 100644
index d656411..0000000
--- a/cleaner/cli.py
+++ /dev/null
@@ -1,89 +0,0 @@
-"""命令行入口。
-
-用法:
- md-clean single [-o output.md] [--diff] [--rules rules.yaml]
- md-clean batch [-o outdir] [--pattern "*.md"] [--report report.json]
-"""
-
-from __future__ import annotations
-
-import argparse
-import json
-import sys
-from pathlib import Path
-from typing import List, Optional
-
-from cleaner.cleaner import MarkdownCleaner
-from cleaner.rules import load_rules
-
-
-def _build(path: Optional[Path]) -> MarkdownCleaner:
- return MarkdownCleaner(rules=load_rules(path))
-
-
-def cmd_single(args: argparse.Namespace) -> int:
- cleaner = _build(args.rules)
- src = Path(args.input)
- raw = src.read_text(encoding="utf-8")
- result = cleaner.clean_text(raw)
- if args.output:
- Path(args.output).parent.mkdir(parents=True, exist_ok=True)
- Path(args.output).write_text(result.text, encoding="utf-8")
- print(f"已写入 {args.output}")
- if args.diff:
- print(MarkdownCleaner.diff(raw, result.text))
- print(json.dumps(result.stats, ensure_ascii=False, indent=2))
- return 0
-
-
-def cmd_batch(args: argparse.Namespace) -> int:
- cleaner = _build(args.rules)
- src_dir = Path(args.directory)
- files = sorted(p for p in src_dir.rglob(args.pattern) if p.is_file())
- if not files:
- print(f"在 {src_dir} 下未找到匹配 {args.pattern} 的文件", file=sys.stderr)
- return 1
- out_dir = Path(args.output) if args.output else src_dir.parent / (src_dir.name + "_cleaned")
- report = []
- for f in files:
- rel = f.relative_to(src_dir)
- dst = out_dir / rel
- result = cleaner.clean_file(f, dst)
- report.append({"file": str(rel), "stats": result.stats})
- hits = result.total_hits
- print(f"[ok] {rel} 命中 {hits} 处")
- if args.report:
- Path(args.report).parent.mkdir(parents=True, exist_ok=True)
- Path(args.report).write_text(
- json.dumps({"files": report}, ensure_ascii=False, indent=2), encoding="utf-8"
- )
- print(f"报告已写入 {args.report}")
- print(f"共清洗 {len(files)} 个文件 → {out_dir}")
- return 0
-
-
-def main(argv: Optional[List[str]] = None) -> int:
- parser = argparse.ArgumentParser(prog="md-clean", description="政务文档 Markdown 清洗工具")
- sub = parser.add_subparsers(dest="command", required=True)
-
- p1 = sub.add_parser("single", help="清洗单个文件")
- p1.add_argument("input", help="输入 .md 文件")
- p1.add_argument("-o", "--output", help="输出路径(缺省打印统计不写文件)")
- p1.add_argument("--diff", action="store_true", help="打印 unified diff")
- p1.add_argument("--rules", type=Path, help="规则 YAML 路径")
-
- p2 = sub.add_parser("batch", help="批量清洗目录(递归)")
- p2.add_argument("directory", help="输入目录")
- p2.add_argument("-o", "--output", help="输出目录(缺省 _cleaned)")
- p2.add_argument("--pattern", default="*.md", help="文件 glob(默认 *.md)")
- p2.add_argument("--report", help="清洗报告 JSON 输出路径")
- p2.add_argument("--rules", type=Path, help="规则 YAML 路径")
-
- args = parser.parse_args(argv)
- if args.command == "single":
- return cmd_single(args)
- return cmd_batch(args)
-
-
-if __name__ == "__main__":
- sys.exit(main())
diff --git a/cleaner/rules.py b/cleaner/rules.py
deleted file mode 100644
index 5e0a25a..0000000
--- a/cleaner/rules.py
+++ /dev/null
@@ -1,281 +0,0 @@
-"""规则模型:一条清洗规则 = 名称 + 开关 + 参数 + 应用顺序。
-
-规则用 YAML 声明(rules/*.yaml),引擎按 order 依次应用,
-这样清洗过程可复现、可 diff、可回滚。
-"""
-
-from __future__ import annotations
-
-import re
-from dataclasses import dataclass, field
-from pathlib import Path
-from typing import Any, Callable, Dict, List, Optional
-
-import yaml
-
-
-@dataclass
-class Rule:
- """一条清洗规则。
-
- name: 唯一标识(报告里引用)
- order: 应用顺序,小的先执行
- enabled: 开关,方便对某个用例单独关掉
- params: 传给处理函数的额外参数
- """
-
- name: str
- order: int = 100
- enabled: bool = True
- params: Dict[str, Any] = field(default_factory=dict)
-
- @staticmethod
- def from_dict(d: Dict[str, Any]) -> "Rule":
- return Rule(
- name=d["name"],
- order=int(d.get("order", 100)),
- enabled=bool(d.get("enabled", True)),
- params=dict(d.get("params") or {}),
- )
-
-
-# ---------------------------------------------------------------------------
-# 每条规则的具体实现。函数签名统一为 (text, params, stats) -> text。
-# stats 是 {rule_name: 删改行数},用于生成清洗报告。
-# ---------------------------------------------------------------------------
-
-RuleFunc = Callable[[str, Dict[str, Any], Dict[str, int]], str]
-
-# 页码类:第X页 共Y页 / 第X页共Y页 / Page x of y / - 3 - 等
-_RE_PAGE_CN = re.compile(
- r"^[ \t]*第\s*[0-90-9]+\s*页\s*(?:[,,/]?\s*共\s*[0-90-9]+\s*页)?[ \t]*$"
-)
-_RE_PAGE_EN = re.compile(
- r"^[ \t]*(?:[-–—]?\s*Page\s+\d+(?:\s+of\s+\d+)?\s*[-–—]?"
- r"|[-–—]\s*\d{1,4}\s*[-–—]"
- r"|\d+\s*/\s*\d+)[ \t]*$",
- re.IGNORECASE,
-)
-# 纯页码数字行(单独一行只有 1-4 位数字,且不是标题编号场景)
-_RE_PAGE_BARE = re.compile(r"^[ \t]*\d{1,4}[ \t]*$")
-
-
-def _strip_page_lines(text: str, params: Dict[str, Any], stats: Dict[str, int]) -> str:
- keep_bare_numbers = bool(params.get("keep_bare_numbers", True))
- out, n = [], 0
- for line in text.splitlines():
- if _RE_PAGE_CN.match(line) or _RE_PAGE_EN.match(line):
- n += 1
- continue
- if not keep_bare_numbers and _RE_PAGE_BARE.match(line):
- n += 1
- continue
- out.append(line)
- stats["page_lines"] = stats.get("page_lines", 0) + n
- return "\n".join(out)
-
-
-# 页眉/页脚:同一短行在全篇重复出现 >= N 次(默认 3),视为页眉页脚删除。
-# 两道保险避免误伤正文:
-# 1. protect 正则 —— 标书里逐章重复的模板行(签章/日期/声明结尾)
-# 2. 内容形态行直接豁免 —— 编号条款 "(1)…"/"1、…"/"一、…"/列表/表格行
-# 在平行结构的标书里天然重复,但它们是正文不是页眉。
-_RE_CONTENT_LIKE = re.compile(
- r"^[\d0-9((\[【\-–—*•·①-⑳一二三四五六七八九十百第章节条款、,.。::|]"
- r"|[一-鿿]{1,6}[::]\s*\S" # "乙方:xxx" / "地址:xxx" 这类字段行
- r"|^[一-鿿A-Za-z]{1,6}[::]\s*$" # "乙方:" / "注:" 字段标签行
-)
-
-
-def _strip_repeated_short_lines(
- text: str, params: Dict[str, Any], stats: Dict[str, int]
-) -> str:
- threshold = int(params.get("threshold", 3))
- max_len = int(params.get("max_len", 40))
- # 同一短行在文中连续出现 >= burst_limit 次(间隔 <= burst_gap 行)视为
- # OCR 重复崩坏(如 003-10 案例"审计程序"连续刷屏 1359 次),无论阈值直接删。
- burst_limit = int(params.get("burst_limit", 5))
- burst_gap = int(params.get("burst_gap", 2))
- protect = [re.compile(p) for p in params.get("protect", [])]
- lines = text.splitlines()
- counts: Dict[str, int] = {}
- positions: Dict[str, List[int]] = {}
- for i, line in enumerate(lines):
- s = line.strip()
- if (
- 0 < len(s) <= max_len
- and not s.startswith("#")
- and not _RE_CONTENT_LIKE.match(s)
- and "![" not in s
- ):
- counts[s] = counts.get(s, 0) + 1
- positions.setdefault(s, []).append(i)
- repeated = {
- s
- for s, c in counts.items()
- if c >= threshold and not any(rx.search(s) for rx in protect)
- }
- # OCR 崩坏连续段:即使该行被 protect/内容豁免,连续刷屏也删
- for s, pos in positions.items():
- best_run = run = 1
- for a, b in zip(pos, pos[1:]):
- run = run + 1 if b - a <= burst_gap else 1
- best_run = max(best_run, run)
- if best_run >= burst_limit:
- repeated.add(s)
- if not repeated:
- return text
- out, n = [], 0
- for line in lines:
- if line.strip() in repeated:
- n += 1
- continue
- out.append(line)
- stats["header_footer_lines"] = stats.get("header_footer_lines", 0) + n
- return "\n".join(out)
-
-
-# 目录点线:标题文字 ………… 12 / ······ 3 之类(… U+2026 也算;# 前缀可选)
-_RE_TOC_DOTS = re.compile(
- r"^(#{1,6}\s+)?.*?[ \t]*[\.。·•‧…]{6,}[ \t]*[\d0-9]*[ \t]*$"
-)
-
-
-def _strip_toc_dots(text: str, params: Dict[str, Any], stats: Dict[str, int]) -> str:
- out, n = [], 0
- for line in text.splitlines():
- m = _RE_TOC_DOTS.match(line)
- if m:
- # 去掉点线和页码,保留标题文字;纯点线+页码的目录行整行删
- title = re.sub(r"[ \t]*[\.。·•‧…]{6,}[ \t]*[\d0-9]*[ \t]*$", "", line).rstrip()
- if title.strip() and not re.fullmatch(r"[\.。·•‧…\d0-9\s]+", title):
- out.append(title)
- n += 1
- continue
- out.append(line)
- stats["toc_dot_lines"] = stats.get("toc_dot_lines", 0) + n
- return "\n".join(out)
-
-
-# 图片引用: —— 图片目录不在交付物里,引用是死链
-_RE_IMAGE = re.compile(r"[ \t]*!\[[^\]]*\]\([^)]*\)[ \t]*")
-
-
-def _drop_images(text: str, params: Dict[str, Any], stats: Dict[str, int]) -> str:
- placeholder = params.get("placeholder") # None=整行删除;否则替换为占位文本
- out, n = [], 0
- for line in text.splitlines():
- if _RE_IMAGE.fullmatch(line):
- n += 1
- if placeholder:
- out.append(str(placeholder))
- continue
- new = _RE_IMAGE.sub("", line)
- if new != line:
- n += 1
- line = new.rstrip()
- out.append(line)
- stats["image_refs"] = stats.get("image_refs", 0) + n
- return "\n".join(out)
-
-
-# HTML 表格规范化: 压缩为合法 Markdown 管道表格
-_RE_TABLE = re.compile(r"", re.DOTALL | re.IGNORECASE)
-_RE_TR = re.compile(r"]*>(.*?) ", re.DOTALL | re.IGNORECASE)
-_RE_TD = re.compile(r"]*>(.*?)", re.DOTALL | re.IGNORECASE)
-
-
-def _cell_text(raw: str) -> str:
- cell = re.sub(r" ", " ", raw, flags=re.IGNORECASE)
- cell = re.sub(r"<[^>]+>", "", cell)
- return " ".join(cell.split()).replace("|", "\\|")
-
-
-def _table_to_md(tbl_html: str) -> str:
- rows: List[List[str]] = []
- for tr in _RE_TR.findall(tbl_html):
- cells = [_cell_text(td) for td in _RE_TD.findall(tr)]
- if cells:
- rows.append(cells)
- if not rows:
- return ""
- width = max(len(r) for r in rows)
- rows = [r + [""] * (width - len(r)) for r in rows]
- lines = ["| " + " | ".join(rows[0]) + " |", "|" + "---|" * width]
- lines.extend("| " + " | ".join(r) + " |" for r in rows[1:])
- return "\n".join(lines)
-
-
-def _normalize_tables(text: str, params: Dict[str, Any], stats: Dict[str, int]) -> str:
- def _sub(m: re.Match[str]) -> str:
- md = _table_to_md(m.group(1))
- return md if md else ""
-
- new, n = _RE_TABLE.subn(_sub, text)
- # 残缺兜底:文档截断导致 未闭合时,把剩余 行也转掉
- if ""),
- tail,
- )
- tail = re.sub(r"?table[^>]*>", "", tail)
- new = head + tail
- n += 1
- stats["html_tables"] = stats.get("html_tables", 0) + n
- return new
-
-
-# 表格内 会被上面规则拍平;这里处理散落的 HTML 换行/空白标签
-def _strip_stray_html(text: str, params: Dict[str, Any], stats: Dict[str, int]) -> str:
- new = re.sub(r" ", " ", text, flags=re.IGNORECASE)
- if new != text:
- stats["stray_html"] = stats.get("stray_html", 0) + text.count(" str:
- out, n = [], 0
- for line in text.splitlines():
- stripped = line.rstrip()
- if stripped != line:
- n += 1
- out.append(stripped)
- stats["trailing_ws_lines"] = stats.get("trailing_ws_lines", 0) + n
- return "\n".join(out)
-
-
-# 连续空行压成一行;文首文末空白裁掉
-def _collapse_blank_lines(
- text: str, params: Dict[str, Any], stats: Dict[str, int]
-) -> str:
- text = re.sub(r"[ \t]*\n(?:[ \t]*\n){2,}", "\n\n", text)
- text = text.strip("\n") + "\n" if text.strip() else ""
- stats["collapsed_blanks"] = stats.get("collapsed_blanks", 1)
- return text
-
-
-REGISTRY: Dict[str, RuleFunc] = {
- "strip_page_lines": _strip_page_lines,
- "strip_repeated_short_lines": _strip_repeated_short_lines,
- "strip_toc_dots": _strip_toc_dots,
- "drop_images": _drop_images,
- "normalize_tables": _normalize_tables,
- "strip_stray_html": _strip_stray_html,
- "rstrip_lines": _rstrip_lines,
- "collapse_blank_lines": _collapse_blank_lines,
-}
-
-
-def load_rules(path: Optional[Path] = None) -> List[Rule]:
- """从 YAML 加载规则;未指定路径时用包内默认规则。"""
- if path is None:
- path = Path(__file__).resolve().parent.parent / "rules" / "default.yaml"
- data = yaml.safe_load(Path(path).read_text(encoding="utf-8")) or {}
- rules = [Rule.from_dict(d) for d in data.get("rules", [])]
- unknown = [r.name for r in rules if r.name not in REGISTRY]
- if unknown:
- raise ValueError(f"未知规则: {unknown},可用规则: {sorted(REGISTRY)}")
- return sorted(rules, key=lambda r: r.order)
diff --git a/docs/RULES.md b/docs/RULES.md
deleted file mode 100644
index 2882943..0000000
--- a/docs/RULES.md
+++ /dev/null
@@ -1,45 +0,0 @@
-# 规则编写指南
-
-一条清洗规则 = `cleaner/rules.py` 里的一个函数 + `rules/*.yaml` 里的一条声明。
-
-## 函数签名
-
-```python
-def _your_rule(text: str, params: dict, stats: dict) -> str:
- ...
- stats["your_hits"] = stats.get("your_hits", 0) + n # 计入报告
- return new_text
-```
-
-- 输入输出都是**整篇文本**;引擎按 `order` 从小到大依次调用。
-- `params` 来自 YAML,改参数不用改代码。
-- `stats` 的 key 会出现在 `report.json`,命名用蛇形复数(如 `page_lines`)。
-
-## YAML 声明
-
-```yaml
-rules:
- - name: your_rule # 必须与 REGISTRY 键一致,加载时校验
- order: 55 # 应用顺序;同段处理尽量插在相关规则之间
- enabled: true # 某用例不适用的规则可单关
- params:
- threshold: 3
- protect: ["正则1", "正则2"]
-```
-
-## 设计守则(从 gov_test_data 踩坑总结)
-
-1. **只删噪音,不删正文**。拿不准的形态默认保留,宁可漏删不可误删。
-2. **重复 ≠ 页眉**。标书是平行模板文档:签章栏、日期栏、声明结尾句、
- 编号条款都会重复出现。判定页眉前先过:
- - `protect` 正则(业务模板白名单)
- - 内容形态豁免(编号/列表/表格/字段行)
- - burst 检测(连续刷屏才是 OCR 崩坏)
-3. **每个规则独立可测**。tests/ 里用真实数据浓缩的最小样例做回归,
- 尤其是防误伤样例(protect 命中、编号条款保留)。
-4. **统计必须可见**。每条规则报告命中数,批量清洗后扫一眼 report.json
- 就能发现某条规则突然命中异常(多半是误伤)。
-
-## 已知规则明细
-
-见 `rules/default.yaml` 内注释与 README 规则表。
diff --git a/pyproject.toml b/pyproject.toml
deleted file mode 100644
index 0dac4ab..0000000
--- a/pyproject.toml
+++ /dev/null
@@ -1,21 +0,0 @@
-[build-system]
-requires = ["setuptools>=68"]
-build-backend = "setuptools.build_meta"
-
-[project]
-name = "govdoc-md-cleaner"
-version = "0.1.0"
-description = "政务文档(招标/投标/采购/合同)PDF→Markdown 产物的清洗工具"
-readme = "README.md"
-requires-python = ">=3.10"
-license = { text = "MIT" }
-dependencies = ["PyYAML>=6.0"]
-
-[project.scripts]
-md-clean = "cleaner.cli:main"
-
-[tool.setuptools.packages.find]
-include = ["cleaner*"]
-
-[tool.setuptools.package-data]
-cleaner = ["../rules/*.yaml"]
diff --git a/research-wiki/README.md b/research-wiki/README.md
new file mode 100644
index 0000000..de4385c
--- /dev/null
+++ b/research-wiki/README.md
@@ -0,0 +1,93 @@
+# research-wiki 文档治理说明
+
+> **更新触发点:** 新增、删除或改变 Wiki 分类,修改 design 冻结方式、事实权威或数据边界时,
+> 必须在同一变更中更新本文件。
+
+清洗研究会同时产生不同寿命的材料:某次方案选择需要保留当时的判断,当前机制需要随实现更新,
+运行步骤需要反复验证,探索笔记则可能很快失效。它们不能使用同一种维护方式。
+
+## 1. 目录与生命周期
+
+| 内容 | 目录 | 维护方式 |
+|---|---|---|
+| 动工前的方案比较、选择和代价 | `design/` | 批准后冻结;改变时新增下一编号 |
+| 当前有效的机制、数据流和原因 | `explanation/` | 事实变化时同步更新 |
+| 代码无法完整表达的稳定查询事实 | `reference/` | 权威事实变化时更新 |
+| 可复现运行、验证与排障步骤 | `guides/` | 操作变化时更新并重新验证 |
+| 调研笔记、计划和未收敛草稿 | `scratch/` | 不作为当前事实;由项目负责人决定去留 |
+| 当前阶段和已完成工作 | 根目录 `README.md` | 阶段变化时更新 |
+
+根目录 `AGENTS.md` 与 `CLAUDE.md` 是协作者入口,不放入 Wiki。
+空分类使用 `.gitkeep` 保留,不创建只写未来设想的占位文档。
+
+## 2. 常青层与记录层
+
+`explanation/`、`reference/`、`guides/` 属于常青层:现实改变后直接更新原文,使其继续描述当前事实。
+
+`design/` 属于记录层:它保存决策发生时的问题、方案、理由和代价。批准后即使结论后来被替代,
+也保留原文并新增一份 design。
+
+判断文档去向时可以问:三个月后发现它不再正确,是应该改掉原文,还是保留原判断并记录新决定?
+前者进入常青层,后者进入 `design/`。
+
+## 3. design:先记录选择,再实施
+
+以下事项需要 design:
+
+- 清洗语义、保真边界、规则顺序或冲突处理方式;
+- 输入输出契约、评估指标、标注方法或实验方案;
+- 重要依赖、公共接口、源码结构或数据目录;
+- 事实权威、数据安全和跨仓职责的改变;
+- 一旦选错会造成大面积返工或使实验作废的决策。
+
+文件使用 `NNNN-short-title.md`,编号四位递增,英文短名只用于稳定引用。建议结构如下:
+
+1. 状态;
+2. 问题与可观察现象;
+3. 目标与非目标;
+4. 候选方案;
+5. 决定与理由;
+6. 风险和边界;
+7. 实施与验收。
+
+草稿可以在评审期间修改。批准后冻结;如果决策改变,新文档必须写明 `supersedes: NNNN`,并保留旧文档。
+
+## 4. explanation:解释当前为什么这样工作
+
+这里解释已经生效的算法流程、数据流、边界、适用条件和代价。第一节从实际问题、失败案例或总览开始。
+
+未批准或未实现的机制必须明确标注为候选方案,并链接到对应 design,不能通过 explanation 绕过确认门。
+
+## 5. reference:准确查询事实
+
+这里保存需要稳定查询、但未来代码和测试不能完整表达的事实,例如外部格式约束、共享字段语义、
+经验证的第三方行为或数据集的脱敏统计。
+
+函数签名、默认参数和数据结构如果已由代码或测试表达,不在这里维护第二份副本。
+
+## 6. guides:完成一项已验证操作
+
+guide 必须来自实际运行,至少包含前置条件、准确命令、预期结果、验证日期和失败后的判断方式。
+尚不存在的脚本或预想中的流程不能写成指南。
+
+## 7. scratch:容纳尚未收敛的材料
+
+调研摘记、比较表、执行计划和 design 草稿可以放在 `scratch/`。它们可以支持连续协作,
+但不能作为当前机制或已批准决定引用。Agent 不自动删除 scratch 内容。
+
+## 8. 数据与实验材料
+
+- 客户原文、审核文件、历史大结果和软链接不属于 Wiki;
+- 外部真实数据默认只读,不因研究需要复制进仓库;
+- 实验产出只有在目录和脱敏规则获批后才可保存;
+- 小型汇总进入 Git 前必须确认无法还原客户内容;
+- 每个实验应能追溯输入范围、版本、参数、环境、指标和输出位置。
+
+## 9. 写作与审查
+
+- 面向没有参加过讨论、但具备相关技术背景的读者;
+- 从真实问题或读者可见现象开始,不先堆术语;
+- 结论写清理由、代价、适用边界和验证状态;
+- 参数、路径、命令、指标和当前阶段只维护一个权威版本;
+- 不把目标写成已完成,不泄露真实文档内容,不用文档替代测试;
+- 简单事实用短段落,只有比较关系确实更清楚时才使用表格或图。
diff --git a/research-wiki/design/0001-repository-foundation.md b/research-wiki/design/0001-repository-foundation.md
new file mode 100644
index 0000000..dd8d5c1
--- /dev/null
+++ b/research-wiki/design/0001-repository-foundation.md
@@ -0,0 +1,105 @@
+# 0001:文档治理基础架构
+
+## 状态
+
+已批准。2026-08-20,项目负责人明确要求清除现有代码,并参考
+[`Bepr4/GovDoc-compare`](https://github.com/Bepr4/GovDoc-compare) 建立最基础的 Wiki 与 Agent 入口框架。
+
+## 1. 问题
+
+仓库此前已经包含一个可运行的 Python 清洗器、YAML 规则和测试,但尚未先建立研究问题、清洗边界、
+评估方法与决策记录。继续在实现上迭代会让“当前代码做了什么”和“我们为什么应该这样做”混在一起。
+
+项目需要先回到可审查的治理基础:明确事实放在哪里、设计何时冻结、真实数据如何隔离,以及不同 Agent
+进入仓库时遵循哪一份规则。
+
+## 2. 目标与非目标
+
+目标:
+
+- 清除既有应用代码和工程配置,避免把旧实现默认为新基线;
+- 为人类与编码 Agent 提供一致的仓库入口;
+- 区分冻结决策、当前说明、稳定事实、验证指南和临时草稿;
+- 明确外部真实文档的只读与不入库边界;
+- 只建立当前确实需要的最小文档骨架。
+
+非目标:
+
+- 本次不定义新的清洗算法、规则 schema 或评估指标;
+- 不创建源码、测试、实验或 CI 空壳;
+- 不保留旧实现作为默认兼容基线;
+- 不读取、复制、修改或清洗真实业务文档;
+- 不提交、不推送,也不修改参考仓库。
+
+## 3. 方案比较
+
+### 方案 A:文档优先的最小骨架(采用)
+
+保留 Git 历史,删除现有实现,建立 README、同步 Agent 入口和五类 Wiki 目录。结构足以约束下一步研究,
+同时不会提前固定语言、依赖、接口和实验契约。
+
+### 方案 B:保留旧代码并补 Wiki
+
+迁移成本较低,但旧实现会继续被误解为已批准基线,与“清除所有代码”的明确要求冲突。
+
+### 方案 C:同时创建完整工程空壳
+
+可以提前提供 `src/`、`tests/`、配置和 CI,但这些选择尚无设计依据。空目录还容易让 README 把目标状态写成现状。
+
+## 4. 决定
+
+采用方案 A,并借鉴参考仓库的文档生命周期,而不是复制其算法、代码或与 GovDoc-SaaS 相关的具体约束。
+
+```text
+govdoc-md-cleaner/
+├── AGENTS.md
+├── CLAUDE.md
+├── README.md
+└── research-wiki/
+ ├── README.md
+ ├── design/
+ ├── explanation/
+ ├── reference/
+ ├── guides/
+ └── scratch/
+```
+
+- 根 README 是当前阶段和完成进度的唯一权威;
+- `AGENTS.md` 与 `CLAUDE.md` 除首行标题外逐字一致;
+- `research-wiki/README.md` 定义文档分类和更新规则;
+- `design/` 批准后冻结,变化通过下一编号记录;
+- 当前不加入镜像检查脚本,因为用户要求清空代码;先使用 README 中的 shell 检查命令验证。
+
+## 5. 数据与恢复边界
+
+- `/home/lihaoze/gov_test_data` 视为外部只读材料;本次不访问其内容;
+- 原 Python 包、规则、测试和配置从工作树删除,但仍可从 Git 历史恢复;
+- `.git` 历史保留,不执行重写历史或远端操作;
+- 新实现只有在后续 design 明确范围并获批后才建立。
+
+## 6. 风险与控制
+
+- **文档镜像漂移:** 当前以 `diff` 命令人工检查;需要自动化时另建设计;
+- **空目录被视为能力:** README 明确当前没有实现,空分类只保存 `.gitkeep`;
+- **旧实现被无意恢复:** 后续设计需要重新说明需求和验收标准,不从历史代码推断契约;
+- **客户数据误入库:** Agent 规则和 `.gitignore` 同时声明边界,提交前仍需检查实际 diff;
+- **治理过重:** 本次只保留一个必要 design,不创建教程、API 文档或未来工程占位。
+
+## 7. 实施与验收
+
+实施内容:
+
+1. 删除 `cleaner/`、`rules/`、`tests/`、旧 `docs/` 与 `pyproject.toml`;
+2. 重写根 README 和忽略规则;
+3. 创建正文镜像的 `AGENTS.md` 与 `CLAUDE.md`;
+4. 创建 Wiki 入口、首个 design 和五类目录;
+5. 检查目录中不存在应用代码,验证两份入口正文一致并审查 Git diff。
+
+验收条件:
+
+- 工作树中不存在原 Python、YAML 规则、测试或打包配置;
+- 两份 Agent 入口除首行外无差异;
+- Wiki 分类与维护方式有唯一说明;
+- README 只声明实际存在的能力和可运行检查;
+- 没有访问或写入外部真实数据;
+- 没有提交、推送或修改远端状态。
diff --git a/research-wiki/explanation/.gitkeep b/research-wiki/explanation/.gitkeep
new file mode 100644
index 0000000..e69de29
diff --git a/research-wiki/guides/.gitkeep b/research-wiki/guides/.gitkeep
new file mode 100644
index 0000000..e69de29
diff --git a/research-wiki/reference/CLINDB_REVIEWBENCH_CLEANING_SCOPE.md b/research-wiki/reference/CLINDB_REVIEWBENCH_CLEANING_SCOPE.md
new file mode 100644
index 0000000..381ab72
--- /dev/null
+++ b/research-wiki/reference/CLINDB_REVIEWBENCH_CLEANING_SCOPE.md
@@ -0,0 +1,73 @@
+# ClinDB-ReviewBench 清洗目标(第一版)
+
+> 性质:reference——本项目清洗范围的权威查询事实。
+> 权威关系:本文只定义 ClinDB-ReviewBench 第一版"洗什么、不洗什么";清洗语义的方案比较与批准记录
+> 属于 `research-wiki/design/`(尚未建立),实现后的运行方式属于 `explanation/` 与 `guides/`。
+> 依据:`research-wiki/scratch/data-5papers-cleaning-audit-2026-08-21.md`(问题编号 A–H 沿用该审计)。
+
+## 1. 项目定位
+
+ClinDB-ReviewBench 是师姐的论文清洗项目。`data/` 下当前 5 份 DOI 命名的论文 Markdown
+(JAMA、EJHF、Statistics in Medicine/arXiv、Springer/arXiv、Disaster Med Public Health Preparedness)
+是它的首批输入,未来会继续扩充同源转换产物。
+
+本仓库(govdoc-md-cleaner)为该项目的数据提供清洗能力;ClinDB-ReviewBench 通过 profile
+表达论文场景的规则组合,不把论文专属规则写进通用核心。
+
+## 2. 第一版清洗目标
+
+第一版只做"全自动、规则确定、可安全执行"的问题(审计第一档,共 9 类)。
+判定标准是三条同时满足:模式可用确定规则描述;不依赖对正文语义的理解;改错可以从 diff 直接看出。
+
+| # | 问题(审计编号) | 规则要点 | 触发范围(本轮实测) |
+|---|---|---|---|
+| 1 | HTML 实体双重转义(D2) | `>`→`>`、`<`→`<`、`&`→`&`,还原一层;幂等 | dmp L27/L33 共 23 处、ejhf L143 共 8 处,全部在 `` 行内 |
+| 2 | arXiv 边栏戳(H1) | 整行匹配 `^arXiv:\d{4}\.\d+v\d+ \[[\w.-]+\] \d{1,2} \w{3} \d{4}$` 才删除;编号条目内的 "arXiv preprint arXiv:…" 不在行首、不受影响 | sim L1、springer L18;springer L143/L152 是合法参考文献,必须不误删 |
+| 3 | Word 审阅批注(B2) | 以 `Commented [xx]:` 开头的行及其批注正文整块删除 | jama L155–157 共 2 处 |
+| 4 | 手稿行号(B1) | 仅剥离**单调递增序列**的行首 `^\d{1,3} ` 与标题内 `^#{1,6} \d{1,3} `;序列中断即停并标记待审,防止误伤正文数字(如 "35 pediatric experts") | jama 128 行正文 + 6 个标题(L127/149/151/165/193/195) |
+| 5 | 跑动页眉(C4) | 同一文本行原样重复 ≥2 次(且非正文引用对象)判为页眉,删除并把被切断的上下文段落接回 | dmp L73/L191("MSOFA Score for Critical Care Triage"),L71→L75 句子被切断 |
+| 6 | 单行 HTML 表格展开(D1) | 无 rowspan/colspan 的表转多行 GFM;含合并属性的表保留 HTML 但按 `` 换行缩进;内容一字不改 | 全部 9 个表:dmp 7、ejhf 1、springer 1 |
+| 7 | 跨页断词(E2) | 行尾连字符 + 下一行首小写字母 → 合并;仅在拼出的词能通过英文词表校验时执行,否则保留原样并标记 | dmp L125/127(thresh-olds)、sim L87/89(possi-bly)、L217/219(cre-ated) |
+| 8 | 参考文献分隔统一(G3) | `^\d+\. ` 条目之间统一一个空行 | dmp refs 19–33、springer refs 9–19(连续堆叠段) |
+| 9 | 图片断链校验(H3,仅校验) | 检查 `../images/*.jpg` 引用的文件是否存在,输出断链报告;不移动、不复制、不改写任何图片 | 全部 8 处引用(dmp 1、ejhf 1、sim 2、springer 4) |
+
+第 9 项是只读校验:它修复不了任何东西,输出的是"哪些文档的图片资产已损坏"清单。
+
+## 3. 明确不洗(第一版非目标)
+
+以下问题已确认存在但**不在**第一版范围内,避免实施时范围蔓延:
+
+- **内容级缺失(A1–A4)**:截断、表格整体缺失、图转表格、句子丢失。清洗无法恢复内容,
+ 处置方式(重新转换 / 标记 / 人工补录)由项目负责人决定,不由清洗管线代劳。
+- **修订语义(B3)**:"defined identified by as" 等修订残留词对,哪个词是定稿词需对照定稿版判断。
+- **占位符与坏日期(B4/B5)**:等待定稿填充,清洗只可检测。
+- **乱码修复(C3/E1)**:泰文标题 `## ่วง`、`ينDS Hospital`,需要人工对照 PDF 替换。
+- **表格结构修复(D3–D5)**:空单元格、错误合并行、OCR 表头错字,需人工对照原文。
+- **空行断句合并(E3)**、**层级重建(C1)**、**标题合并(C2)**、**孤行公式编号(F1)**、
+ **公式空格与纠错(F2–F4)**、**上标风格统一(G1)**、**数字格式(G2)**:属于第二档
+ "自动检测+人工确认",等第一档验证后再立项。
+- **封面页(H2)**:ejhf L1–11 的仓库封面区第一版不删——它是整块连续的正文区,删除逻辑
+ 与页眉类噪声不同,归入后续批次。
+- **一切内容改写**:原文写作瑕疵、欧式千分位、拼写(含 "Conounder")不属于转换噪声,永不由清洗工具修改。
+
+## 4. 输入输出边界
+
+- 输入:`data/<转换结果目录>/markdowns/*.md`,原文件只读;
+- 输出:清洗结果写入独立输出位置(具体目录待 design 批准后确定),不回写、不覆盖原文件;
+- 图片资产只校验存在性,不复制进仓库、不修改路径(路径改写是后续批次的独立决策);
+- 每处修改必须可追踪(规则编号 + 原文/改后对照),保证审计和回滚。
+
+## 5. 验收口径(第一版)
+
+- 上述 9 类问题在本轮 5 份文件上的触发处全部按规则处理,处理数与审计报告的实测数字一致;
+- 5 份文件中未被任何规则命中的正文零变更——除表中列出的触发处外不得有任何其他 diff;
+- 幂等性:同一输入清洗两次,第二次产出与第一次完全一致;
+- 规则 2(arXiv 戳)在 springer 上的验收必须包含反向用例:L143/L152 参考文献原文保留;
+- 规则 4(行号)验收必须包含反向用例:正文中的 "35 pediatric experts"、"10 sites"、"4 continents"
+ 等数字开头/含数字短语不受影响。
+
+## 6. 与审计报告的编号对应
+
+本文的 9 类规则对应 `scratch/data-5papers-cleaning-audit-2026-08-21.md` 的决策清单行:
+D2、H1、B2、B1、C4、D1、E2、G3、H3。该审计是 scratch 材料,本文引用其编号仅为便于追溯,
+权威以本文为准。
diff --git a/research-wiki/reference/GOVDOC_SAAS_CLEANING_SCOPE.md b/research-wiki/reference/GOVDOC_SAAS_CLEANING_SCOPE.md
new file mode 100644
index 0000000..9ba4a06
--- /dev/null
+++ b/research-wiki/reference/GOVDOC_SAAS_CLEANING_SCOPE.md
@@ -0,0 +1,276 @@
+# 7 组对比测试文档 Markdown 清洗审计与实施规范
+
+- 审计日期:2026-08-20
+- 审计目录:`/home/lihaoze/gov_test_data/compare`
+- 清洗对象:7 个测试用例中 `uploads/` 下的 45 份 Markdown
+- 背景资料:`compare/readme.md` 与各用例 `README.md`
+- 本次操作:只读审计;没有修改任何原始测试文档
+
+## 1. 结论摘要
+
+这批 Markdown 目前不适合直接作为“语义可靠”的清洗后基准。问题并不只是在空格、换行和标题层级,而是同时存在以下几类高风险污染:
+
+1. **内容级污染**:至少 32/45 份文件命中了保守的模型幻觉特征词,合计 1,703 次;典型内容包括 `The quick brown fox...`、勾股定理说明、`The image contains...`、`The steps are:` 等与投标文件无关的文本。
+2. **图像内容丢失**:45/45 份文件都有图片引用,共 8,471 个,但目录中没有任何图片资产;其中 4,012 个引用只是字面量 `data:image/...;base64...`,并不包含可解码数据。
+3. **表格结构损坏**:41 份文件含原始 HTML 表格,共 7,550 个 ``;35/41 份存在 `//` 数量不平衡。另有 4 份 007 用例文档使用 GFM 表格,其中 203 个表格块里至少 60 个行列数不一致。
+4. **重复和超长噪声**:出现 261,838 字符的单行点线、数万字符的重复英语句子、LaTeX 箭头/颜色命令和重复汉字。001 两份文件的非空行重复比例分别达到 81.8% 和 84.1%。
+5. **结构扁平化**:全库 29,358 个 Markdown 标题中有 28,736 个是一级标题,占 97.9%;至少 378 个标题缺少空格、只有 `#` 或存在其他明显语法问题。
+6. **字符与格式污染**:有 10 个替换字符 `�`、20 个私用区字符、11 个 NBSP、5 个零宽字符、1,474 个多余的 `\-` 转义,以及 151,616 行尾部双空格。
+
+最重要的实施建议是:**不要只产出一份“清洗 Markdown”**。应同时产出:
+
+- `clean_fidelity.md`:忠实版,保留有法律/业务意义的全部内容,所有修复必须能追溯到源文件。
+- `clean_compare.md`:对比版,从忠实版派生,移除页眉页脚、失效目录页码、转换器噪声和确定的重复版式块,用于文档相似度计算。
+- `audit.json`:记录每一次删除、替换、合并、回源重提取和人工确认。
+
+这样可以避免为了提升对比效果而不可逆地破坏原文,也能避免把幻觉文本、通用图片占位符和重复页眉当成“相同内容”。
+
+## 2. 审计范围与统计口径
+
+### 2.1 纳入和排除
+
+纳入:
+
+- `compare/001-2/uploads/*.md`:2 份
+- `compare/002-21/uploads/*.md`:21 份
+- `compare/003-10/uploads/*.md`:10 份
+- `compare/004-2/uploads/*.md`:2 份
+- `compare/005-3/uploads/*.md`:3 份
+- `compare/006-3/uploads/*.md`:3 份
+- `compare/007-4/uploads/*.md`:4 份
+
+排除:
+
+- 8 份 README:它们是测试说明,不是待清洗输入。
+- `review.json`、`blocks_*.json`、`match_index.json`、`summary.json`:它们是旧输入产生的下游结果,只用于理解测试背景,不能作为清洗真值。
+- `file_*_reviewed.docx`:本次未把它们当作 Markdown 清洗对象;后续可作为辅助核对材料,但是否能作为权威源需单独确认。
+
+### 2.2 基础规模
+
+45 份输入合计约 36.39 MiB、388,482 个物理行。所有文件都能按 UTF-8 读取,但“能解码”不代表内容无损,文件中仍有 `�` 和私用区字符。
+
+下表中的“幻觉特征”使用一组偏保守的固定模板进行计数,包括 `The quick brown fox...`、勾股定理模板、`The image contains...`、`The concept of a concept...`、`The steps are:` 等;因此它只是明确下限,不包含全部乱码和中文重复污染。
+
+| 用例 | 文档数 | 大小 MiB | 行数 | HTML 表格 | GFM 表格行 | 图片引用 | 空 Base64 占位 | 幻觉特征 | 最大单行字符数 | 总体判断 |
+|---|---:|---:|---:|---:|---:|---:|---:|---:|---:|---|
+| 001-2 | 2 | 6.41 | 48,450 | 2,596 | 0 | 109 | 0 | 0 | 4,482 | 高风险:表格未闭合、重复率极高、图片定位不可用 |
+| 002-21 | 21 | 15.23 | 158,462 | 2,593 | 592 | 2,000 | 0 | 1,530 | 28,624 | 严重:模型幻觉和重复文本最集中 |
+| 003-10 | 10 | 9.20 | 116,358 | 1,646 | 2 | 1,793 | 0 | 137 | 261,838 | 严重:存在灾难性长行、乱码、幻觉和 LaTeX 污染 |
+| 004-2 | 2 | 0.41 | 5,726 | 109 | 0 | 36 | 0 | 7 | 8,001 | 高风险:OCR 语义错误、缺图、幻觉 |
+| 005-3 | 3 | 2.67 | 31,537 | 476 | 0 | 359 | 0 | 7 | 11,599 | 高风险:重复、缺图、表格和少量幻觉 |
+| 006-3 | 3 | 1.12 | 14,701 | 130 | 0 | 162 | 0 | 22 | 9,151 | 高风险:含 OCR 文档,仍有明显幻觉和缺图 |
+| 007-4 | 4 | 1.35 | 13,248 | 0 | 2,792 | 4,012 | 4,012 | 0 | 5,916 | 严重:图片内容全部为无效占位,表格和 Word 目录损坏 |
+
+## 3. 对下游“文件对比”功能的直接影响
+
+这些污染会系统性扭曲相似度,不只是影响阅读体验:
+
+- `The quick brown fox...` 等同一幻觉模板出现在多个本来无关的投标文件里,会制造跨文档假阳性匹配。
+- 007 中 4,012 个完全相同的空图片占位符会被当成大量相同行。
+- 001 中同一“综合单价分析表”说明被重复约 900 次;这与 README 中 001、003 的“近似匹配占 99% 以上”和超大 `review.json` 有明显关联。这里只能判断为高度可疑的影响因素,不能在没有重新跑对比的情况下断言它是唯一原因。
+- 平铺成一级标题、把表格压成一行、把页眉页脚混入正文,会改变分块边界,并使段落/句子/近似三档匹配分布失真。
+- 如果把不同手机号、身份证号、图片都统一替换成同一个 `[PHONE]`、`[ID]`、`[IMAGE]`,又会制造新的假相同内容。因此占位符必须保留“不同原值不同 token”的性质。
+
+清洗后必须重新生成 `blocks_*.json`、`match_index.json`、`review.json` 和 `summary.json`。旧匹配数量不能作为清洗后的等值验收条件,应保留为“脏输入性能基线”,另建“干净输入语义基线”。`fileIndex` 和测试用例映射必须保持不变。
+
+## 4. 问题清单与清洗要求
+
+### 4.1 C001:固定模板型模型幻觉
+
+优先级:P0,阻断语义版交付。
+
+已确认的例子包括:
+
+- `The quick brown fox jumps over the lazy dog.`:全库 1,071 次。
+- `The equation $x^2 + y^2 = z^2$ represents a Pythagorean triple...`:全库 62 次。
+- `The image contains a single character...`
+- `The concept of a concept is fundamental in physics...`
+- `- The steps are:`
+- `Agree to be`
+- `汽车法规和商业期刊的出版`
+
+典型证据:
+
+- `002-21/file_14` 第 1,164 行:一行内重复 `quick brown fox` 约 411 次。
+- `002-21/file_3` 第 3,804 行:同类重复约 428 次。
+- `002-21/file_5` 第 2,915 行:`The image contains...` 及数字说明被重复扩展。
+- `002-21/file_8` 第 5,379 行:28,624 字符的英语概念重复行。
+- `003-10/file_2` 开头即出现无关英文、勾股定理和中文乱码。
+
+清洗要求:
+
+1. 固定模板命中后先标记其所在段、表格单元格和推定页面,不应只删除匹配到的几个单词。
+2. 有源 PDF 时,按页或按区域重新提取;没有源文件时,将该段放入 `quarantine`,不能把删除后的残缺上下文冒充完整正文。
+3. 黑名单适合做拦截器,不适合做唯一清洗器。应再检测异常语言切换、低词汇多样性、同短语高频循环和超长单行。
+4. 清洗结果中这些已知模板必须为 0;审计文件须记录被移除的原始范围和回源依据。
+
+### 4.2 C002:超长重复串和退化输出
+
+优先级:P0/P1,视能否回源而定。
+
+典型问题:
+
+- `003-10/file_2` 第 91 行长 261,838 字符,主体是目录点线重复。
+- 同文件第 8,924 行长 19,089 字符,主体是重复的 LaTeX `\rightarrow`。
+- `002-21/file_15` 第 4,898 行长 11,267 字符,主体是重复 `\textcolor{red}{\blacksquare}`。
+- `003-10/file_7` 第 24,211 行含嵌套、重复的 `\textcolor{red}`。
+- 多处出现成千上万次的 `园`、`\cdots`、`...` 或错误短语,例如“建设工程执行”。
+
+检测规则建议:
+
+- 普通文本单行超过 2,000 字符告警,超过 10,000 字符阻断;结构化表格在解析后按单元格重新执行该规则。
+- 同一字符连续 20 次以上、同一 2—20 字符片段连续 10 次以上告警。
+- 单行压缩率异常高、唯一 token 比例过低、相邻重复 n-gram 比例过高时进入隔离。
+- 目录点线只保留为结构化 TOC 信息,不保留数十万字符的视觉填充。
+
+不允许简单按固定长度截断,因为长 HTML 表格可能包含真实内容。必须先判断是表格、目录点线、Base64、SVG 还是普通文本。
+
+### 4.3 I001:图片引用全部失效
+
+优先级:P0。
+
+全库有 8,471 个图片引用,本地图片资产为 0:
+
+- 007:4,012 个 `` 或 PNG 变体。这里的 `...` 是文本,不是被终端隐藏的真实数据,无法解码恢复。
+- 001:109 个目标形如 `page=9,bbox=[...]`,不是标准图片路径,也没有对应裁剪图。
+- 其余:4,350 个 `images/.jpg` 等相对引用,但仓库中不存在相应文件。
+- 7,073/8,471 个图片没有 alt 文本。
+
+清洗要求:
+
+1. 从原始 PDF/DOCX 回源导出图片,使用内容哈希命名,并生成 `assets/manifest.json`。
+2. 对印章、签名、证书、身份证件、扫描表格等“有语义图片”执行 OCR/版面识别,但仍要保留原图引用,不能只留推测文本。
+3. 001 的 `page+bbox` 必须转换为结构化来源坐标,再从对应 PDF 裁剪;不能直接当 Markdown URL。
+4. 如果确实采用纯文本模式,图片位置应写成唯一、可追踪的标记,例如 `[IMAGE_MISSING:007-4:file_1:0001]`,不能用所有文件共享的 `[IMAGE]`,否则会制造假匹配。
+5. 生产级“完整清洗”验收要求 broken reference 为 0。无法回源的图片必须明确标为未解决,不能计作完整通过。
+
+### 4.4 T001:HTML 表格损坏和超长单行
+
+优先级:P0/P1。
+
+41 份文件中共有 7,550 个 HTML 表格。静态标签计数如下:
+
+- `` 7,155。
+- `` 101,760,` ` 101,019。
+- `` 657,263,` | ` 656,575。
+- 35/41 份含 HTML 表格的文件至少有一类标签不平衡;7 份连 table 层级都不平衡。
+
+001 最严重:
+
+- `file_0`:`table=1315/1124`。
+- `file_1`:`table=1281/1080`。
+
+清洗要求:
+
+1. 使用容错 HTML 解析器构建 DOM,记录解析器自动补齐了哪些标签;禁止用正则直接替换所有表格标签。
+2. 对每个表格校验 `rowspan/colspan` 展开后的网格是否矩形、行列数是否与表头一致、单元格顺序是否可追溯。
+3. 简单矩形表格可转为 GFM;包含合并单元格、斜线表头、嵌套结构的表格应保留规范化 HTML,或另存为结构化 JSON。强行转 GFM 会丢失语义。
+4. 一行一个完整 HTML 表格应格式化为多行结构,避免长行拖垮分块器和 diff,但换行必须发生在 DOM 节点之间。
+5. 类似 `004-2/file_0` 第 613 行中“国家、职位、导演、客户”等明显不符合资格审查表语境的表头,应回源确认,不能只修标签。
+
+### 4.5 T002:GFM 表格行列数不一致
+
+优先级:P1。
+
+007 四份文件共有 203 个连续 GFM 表格块、2,792 个表格行,至少 60 个表格块出现不同行拥有不同列数:
+
+- `file_0`:36 个块,21 个不一致。
+- `file_1`:55 个块,20 个不一致。
+- `file_2`:42 个块,7 个不一致。
+- `file_3`:70 个块,12 个不一致,另有 2 个块缺分隔行。
+
+此外,`002-21/file_7` 有一个 584 行的大型 GFM 表格,同时出现 3 列和 5 列;`002-21/file_3` 也有不一致的孤立表格块。
+
+这通常是把 Word/PDF 合并单元格硬投影到 GFM 的结果。清洗器应先恢复二维网格;无法无损表达的表格应改用规范 HTML/JSON,而不是补若干空 `|` 来“通过语法检查”。
+
+### 4.6 H001:标题层级扁平、标题断裂和错误标题
+
+优先级:P1。
+
+问题表现:
+
+- 001—006 几乎把所有章节都输出为 `#`,没有文档层级。
+- 存在 `#零星维修...`、`#(正本)` 等缺少空格的标题。
+- 存在只有 `#` 的空标题。
+- 同一个标题被版面换行切成多个连续一级标题,例如项目名称被拆成 2—3 行。
+- 普通正文、图片识别结果和幻觉句子也被错误标成标题。
+
+清洗要求:
+
+1. 每个逻辑文档保留一个主标题 H1;主要章为 H2,节为 H3,依次递进,不跳级。
+2. 使用编号模式(“第一章”“一、”“(一)”“1.”)、目录结构、相邻上下文和重复页眉信息共同推断层级。
+3. 连续短标题行在确认属于同一版面标题后合并;不能只根据行长合并。
+4. 修复 `#标题` 为 `# 标题`,删除空标题;被判为正文的行去掉标题标记。
+5. 标题文本中的项目编号、公司名、年份不得因规范化而改变。
+
+### 4.7 P001:段落、硬换行和词内断裂
+
+优先级:P1。
+
+151,616 行以两个空格结尾,主要来自 002—006 的转换器。这会把几乎每个物理行强制为 Markdown ` `,使原本同一段的文字被切碎。还存在:
+
+- `物 业`、`项 目`、`服\n务项目` 等版面换行造成的词内空格或断行。
+- 页码、目录页码和正文混在同一行。
+- 句子被错误拼接成超长段,或每句话都被拆成独立段。
+- 项目编号中的连字符被转义成 `440442\-2025\-00435`,同一标识在不同文件中形式不一致。
+
+清洗要求:
+
+1. 先识别标题、列表、表格、地址、编号、签名区,再做段落重组。
+2. 普通段落内部把版面软换行合并为空或一个空格;中文字符之间通常直接合并,中英/数字边界按规则保留空格。
+3. 列表项、诗行、地址、落款、表格单元格内的有意义换行不得统一删除。
+4. `\-` 仅在确认是转换器多余转义时还原;项目编号和负号的字符本身必须保留。
+5. Unicode 采用 NFC,不建议全局 NFKC;NFKC 可能改变罗马数字、圈号、单位和兼容字符的法律原貌。
+
+### 4.8 D001:页眉、页脚、目录页码和文档边界
+
+优先级:P1。
+
+已检测到至少 1,166 个“独立页码样式候选”,但其中也会混入 `0/1000` 等评分或限制值,所以不能仅凭正则删除。明确例子包括 `1 / 390`、`368 / 390`、`4 / 6`。
+
+清洗要求:
+
+- 只有在同一文本出现在多页相近顶部/底部位置,或页码形成合理序列时,才判定为页眉页脚。
+- `clean_fidelity.md` 可通过元数据保留页码映射;`clean_compare.md` 删除纯版式页码和重复运行标题。
+- 002 中 `file_16`—`file_19` 开头分别表现为符合性审查、综合文件、商务部分、技术部分,可能是同一投标人的分卷/分册。清洗器必须保存原始 `fileIndex` 和卷册边界,不能自行拼接。
+- 目录文本可转换为结构化章节导航;目录点线和页码不应参与正文相似度。
+
+### 4.9 D002:重复内容与模板内容
+
+优先级:P1,但严禁盲删。
+
+重复既可能是转换器错误,也可能是投标文件真实模板。典型统计:
+
+- 001 两份文件非空行重复比例分别为 81.8% 和 84.1%。同一“综合单价分析表”及说明出现约 900 次。
+- `002-21/file_3` 非空行重复比例 44.8%,含“装约买箱箱装”等乱码高频重复。
+- `002-21/file_15` 中 `Agree to be` 重复 813 次。
+- `002-21/file_5` 中 `- The steps are:` 重复 818 次。
+- `002-21/file_20` 中目录式条目“施工等级 282”“工期保证措施 282”分别重复 165、164 次。
+
+处理原则:
+
+1. 明确的幻觉/转换器退化重复应回源替换或隔离。
+2. 重复页眉、页脚、页码在对比版删除。
+3. 合法合同条款、报价表说明和表头在忠实版保留。对比版可把同一文档内重复模板块标为同一 `template_block_id`,在相似度计算时降权,而不是直接删除。
+4. 跨文档共同出现的合法招标模板本来就是对比目标的一部分,不应因“重复”而全部抹除。项目需要明确是检测抄袭、检测共同模板,还是两者分别评分。
+
+### 4.10 L001:Word/PDF 转换遗留语法
+
+优先级:P1/P2。
+
+包括:
+
+- 007 `file_1` 有 171 个 `(#_Toc...)` Word 目录链接,但全库没有对应显式锚点。
+- 001 有 2,594 个 ``,用 HTML 仅表达居中版式。
+- 575 个行内数学片段中有不少重复的 `\textcolor`、`\rightarrow`、`\cdots` 和勾股定理幻觉。
+- 20 个私用区字符主要是 U+F0B7、U+F070、U+F0D8,常见于 Wingdings/项目符号映射。
+- 10 个 `�` 出现在 7 份文件中,已经无法靠 Unicode 规范化恢复原字符。
+
+处理要求:
+
+- Word TOC 链接要么根据清洗后标题生成真实 slug,要么移除链接只保留目录文字;不得保留悬空锚点。
+- 纯版式 ` ` 转成语义标题/段落;居中信息可进样式元数据。
+- 私用区字符按原字体映射或源文件回查,不能一律删除。
+- `�` 必须逐处回源,无法回源时产生显式未解决项。
+- LaTeX 只有在源文件确实包含公式/符号时保留;重复生成的视觉符号应由原图或文本含义替代。
+
diff --git a/research-wiki/scratch/data-5papers-cleaning-audit-2026-08-21.md b/research-wiki/scratch/data-5papers-cleaning-audit-2026-08-21.md
new file mode 100644
index 0000000..f6903fa
--- /dev/null
+++ b/research-wiki/scratch/data-5papers-cleaning-audit-2026-08-21.md
@@ -0,0 +1,225 @@
+# data/ 五份论文 Markdown 审计报告(2026-08-21)
+
+> 状态:scratch 草稿,供评审。清洗力度由师姐逐项决定,本报告只列问题、证据和可选处置,不做力度决策。
+
+## 1. 结论摘要
+
+- 五份文件均为英文学术论文的 PDF→Markdown 转换产物,分属 5 个来源(JAMA、EJHF、Statistics in Medicine/arXiv、Springer/arXiv、Disaster Med Public Health Preparedness),噪声特征差异很大,不能用一套固定规则覆盖。
+- 最严重的问题不是格式噪声,而是**内容丢失**:2 份文件中途截断,1 份(JAMA)所有表格整体缺失。这类问题清洗无法恢复,只能重新转换或人工补录。
+- JAMA 文件的原始 PDF 是**未定稿的 Word 修订稿**,行号、审阅批注、修订残留词对全部泄漏进正文,是五份中污染最重的。
+- 格式类噪声(双重转义实体 31 处、孤行公式编号 12 处、空行断句、标题层级扁平、引用上标混用等)确定可清洗,风险低。
+- 少数问题涉及**语义改变**(数学公式被 OCR 改错、乱码替换专名),自动清洗有改错正文的风险,建议人工确认。
+
+## 2. 审计范围与方法
+
+- 对象:`data/*/markdowns/*.md` 共 5 份,逐行人工通读;行号均指 markdowns 下的 md 文件。
+- 辅助统计(本轮实际执行):标题层级计数、图片/表格/实体/批注/arXiv 戳的 grep 计数。
+- 判定原则:只把"转换管线引入的噪声"列为清洗对象;原文自身的写作瑕疵(如语法错误)不属于转换噪声,单独列出并标注"不建议清洗"。
+- 未验证项:未与原 PDF 逐页比对内容完整性,"缺失"结论基于文内自引用(如正文提到 Table 2 但全文无 Table 2)和文件截断位置。
+
+## 3. 总体统计
+
+| 文件(下文简称) | 行数 | H1 | H2 | H3+ | 图片 | HTML表格 | 双重转义 | 孤行编号 | 批注 | arXiv边栏戳 |
+|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
+| dmp (Disaster Med) | 208 | 0 | 11 | 0 | 1 | 7 | 23 | 0 | 0 | 0 |
+| jama (JAMA 2024) | 349 | 2 | 10 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 |
+| ejhf (EJHF 2020) | 143 | 1 | 13 | 0 | 1 | 1 | 8 | 0 | 0 | 0 |
+| sim (Stat Med/arXiv) | 247 | 2 | 11 | 0 | 2 | 0 | 0 | 12 | 0 | 1 |
+| springer (ICU LSTM) | 154 | 1 | 12 | 0 | 4 | 1 | 0 | 1 | 0 | 1 |
+
+补充:jama 有 128 行以"行号+空格"开头(手稿行号泄漏);springer 的 3 处 arXiv 字符串中 2 处是参考文献的正常引用,仅 1 处是边栏戳。
+
+## 4. 问题清单
+
+每项标注:【确定】= 确定是转换噪声,可安全清洗;【语义】= 涉及内容判断,建议人工确认;【丢失】= 内容缺失,清洗不可恢复。处置选项仅供师姐选择。
+
+### A. 内容级问题(最严重)
+
+**A1【丢失】两份文件中途截断**
+- ejhf 第 143 行在 Table 1 HTML 表格中间戛然而止("Medical history at randomization, no. (%)" 行后为空单元格)。Table 1 后半、Tables 2–4、全部图注、参考文献整体缺失。
+- sim 第 247 行止于方法 M5 描述中间,且结尾 URL 损坏(`https://cran.r-project.org/web/p6$^{10}$`)。第 3 节(结果)、4、5 节、参考文献、附录缺失。
+- 处置选项:a) 退回重新转换;b) 接受现状并在元数据标记"截断";c) 人工补录缺失部分。清洗管线本身无法解决。
+
+**A2【丢失】jama 全部表格缺失**
+- 正文多处引用 Table、Box 1、eTables 1–3,但全文 0 个表格、0 张图片。摘要性内容(如各器官系统阈值表)完全丢失。
+- 处置选项:同 A1。
+
+**A3【丢失】dmp 的 FIGURE 1 流程图被转成 HTML 表格**
+- 第 83 行:流程图(决策树)被输出为单行 HTML 表格,图形语义尽失,仅 FIGURE 2(第 111 行)保留为图片。
+- 处置选项:a) 保留现状(有总比没有好);b) 重新转换该页;c) 人工用图片替换。
+
+**A4【丢失】sim 第 93 行句子开头缺失**
+- "/unpenalized) regression models" 以斜杠开头,前文整句丢失。
+- 处置选项:标记为损坏片段,或对照原文补录。
+
+### B. 草稿/修订痕迹泄漏(仅 jama,原稿是 Word 修订稿)
+
+**B1【确定】手稿行号泄漏(128 行)**
+- 正文行以行号开头:"25 increase in the Sequential..."(第 115 行)、"26 with suspected infection"(第 116 行)等;标题也带行号:"## 116 Results/recommandations"(第 149 行)、"## 117 Criteria..."(第 151 行)、"## 143 Organ dysfunction..."(第 165 行)。
+- 处置选项:a) 剥离行首行号(注意与正常编号列表、年份区分);b) 连同批注一起整体退回,要求提供定稿版。
+
+**B2【确定】审阅批注泄漏(2 处)**
+- 第 155–157 行:"Commented [LS1]: Why highlighted?"、"Commented [SW2R1]: To make sure we use capital letters..."。
+- 处置选项:整段删除。注意第 292 行还有一句删除文字与保留文字混杂的句子("Appropriate process and balancing measures Efforts to enhance..."),需人工断句。
+
+**B3【语义】Word 修订残留词对(约 7 处)**
+- "defined identified by as"(第 91 行)、"defined identified using by"(第 153 行)、"defined identified as in sepsis-septic patients"(第 116 行)、"defined indicate by as"(第 163 行)、"was were derived"(第 306 行)、"The new-Phoenix"(第 197 行)等——是"插入词+删除词"并存的痕迹。
+- 哪个词是最终保留词需要对照定稿判断,自动二选一有风险。处置选项:a) 人工逐处确认;b) 退回要定稿。
+
+**B4【确定】未填占位符**
+- "XX societies"(第 101 行)、"XX-microbiological testing and YY-antibiotics"(第 302 行)、"Endorsing societies: To be populated after acceptance"(第 317 行)。
+- 处置选项:保留并标记待补,或等定稿填充后再清洗。
+
+**B5【确定】日期损坏**
+- 第 85 行 "Revision date: December 3122, 2023"。
+- 处置选项:对照原文改为 2023 年内正确日期(人工)。
+
+### C. 标题结构问题
+
+**C1【确定】标题层级扁平**
+- dmp:0 个 H1,11 个 H2 全部同级(含 Introduction/Methods/Results 等,第 1,3,7,59,67,103,137,153 行)。
+- ejhf:主章节与子章节同为 H2("## Methods" 第 51 行、"## Study population" 第 53 行),无层级区分。
+- 处置选项:按章节编号/语义推断层级(2.1 → H3),或统一降级保持平级。前者需人工核对推断结果。
+
+**C2【确定】标题被拆分成两行**
+- jama:标题拆成两个 H1(第 1–2 行 "International Consensus Criteria..." / "The Phoenix Pediatric Sepsis Criteria",实为正副标题)。
+- sim:主标题拆成两个 H1(第 3–4 行 "Conounder selection..." / "treatment effect estimators",且首词 "Conounder" 是 OCR 错字,原文应为 Confounder);2.2 节标题拆两行(第 183/185 行 "…full matching on the propensity" / "## score")。
+- 处置选项:合并为单标题;sim 主标题的 "Conounder" 拼写需对照原文确认(【语义】)。
+
+**C3【语义】乱码标题**
+- dmp 第 47 行 `## ่วง`(泰文字符)。按位置推断应为 METHODS,但不能凭推断改写正文级内容。
+- 处置选项:人工对照 PDF 改回,或删除该标题。
+
+**C4【确定】跑动页眉混入正文且被标为标题**
+- dmp 第 73、191 行 "## MSOFA Score for Critical Care Triage" 出现在句中和 REFERENCES 内;第 71→75 行一句话被它从中间切断。
+- 处置选项:删除页眉行并把被切断的句子接回。
+
+### D. 表格问题
+
+**D1【确定】表格压缩为单行 HTML**
+- 全部 9 个表格(dmp 7、ejhf 1、springer 1)都是 ` ` 单行输出,diff、review、编辑都极难。
+- 处置选项:转 GFM 多行表格(简单表);对含 rowspan/colspan 的复杂表保留 HTML 但格式化缩进。
+
+**D2【确定】HTML 实体双重转义(31 处)**
+- dmp 23 处(`>400`、`<1.2`、`MAP<70`,第 27/33/39 行等);ejhf 8 处(`A1C<7`、`7≤A1C<8`,第 143 行)。
+- 处置选项:还原一层转义(`>` → `>`)。这是最安全的清洗之一。
+
+**D3【确定】合并单元格信息丢失**
+- dmp 第 33 行 Table 2 的 Liver 行出现空 ` | `,跨行合并关系丢失,数值与表头对应断裂。
+- 处置选项:对照 PDF 人工修复合并结构,或标记为低可信表格。
+
+**D4【确定】表格行错误合并**
+- dmp 第 39 行 Table 3:四个器官系统 "Respiratory Coagulation Liver Cardiovascular" 被挤进一个单元格。
+- 处置选项:人工拆分修复。
+
+**D5【确定】表头 OCR 乱码**
+- springer 第 111 行 Table 1 表头 "Claesther"(应为 Classifier)。
+- 处置选项:人工改正(单处,低成本)。
+
+### E. 文本级损坏
+
+**E1【语义】跨脚本字符替换**
+- dmp 第 43 行 "atينS Hospital"、第 55 行 "ينDS Hospital"——阿拉伯字符 ين 替换了 "LD"(LDS Hospital 是机构专名)。
+- 处置选项:人工替换回 "LDS"。自动规则可检出非拉丁字符混入,但替换动作建议人工确认。
+
+**E2【确定】跨页断词**
+- dmp:第 125 行结尾 "…at the relevant thresh" + 第 127 行 "olds of 8 and 11"(单词 thresholds 被页边界切开)。
+- sim:第 87/89 行 "except possi-" / "bly via treatment";第 217/219 行 "cre-" / "ated by permuting"。
+- 处置选项:拼接断词(去连字符合并)。需注意英语中合法的行尾连字符(如 "well-known")不能误合并,建议只合并"行尾连字符+下一行首为小写字母且拼出的词在词表内"的情况,其余保留待审。
+
+**E3【确定】句内空行断句**
+- 大量段落被空行从句子中间切开:jama 第 103→105、113→115 行;ejhf 第 47–49、57–59、67–69、87–89、113–115、131–133 行;springer 第 16→20 行(中间还被 arXiv 戳隔开,见 H1)、42→44 行。
+- 处置选项:段内合并(前段末无句号且后段首为小写/连接词时拼接)。这是对 RAG 分块影响最大的问题之一。
+
+**E4【确定】段落内容错位/孤立行**
+- springer 第 63 行孤立 "1"(公式编号漂移,见 F1);第 81–83 行 "…improve the simple Multilayer Perceptron… other deep models." 后接 "including RNNs and MLPs.",段落被错误切开。
+- 处置选项:结合上下文人工归位。
+
+### F. 数学公式问题(sim 最重,springer 次之)
+
+**F1【确定】公式编号漂移成孤行**
+- sim 12 处:第 63/70/81/107/117/133/145/153/161/171/179/197 行分别是 "1"、"2"、"(4)"…"(12)";springer 第 63 行 "1"。
+- 处置选项:并入对应公式块或删除(若公式本体已带编号)。需逐处对照,不宜盲目删除。
+
+**F2【语义】公式内容被 OCR 改错**
+- sim 第 139 行 `$\exp(x) = \exp(x)/\{1+\exp(x)\}$`——这是 expit 函数定义(x↦e^x/(1+e^x)),左边的 $\exp(x)$ 应为 $x$ 或 expit(x)。OCR 错误改变了数学含义,且这种错误会误导下游读者。
+- 处置选项:人工对照原文修复;自动工具只能标记"公式与上下文不符",不宜自动改。
+- sim 第 119 行 "weights w k" 下标丢失,同类。
+
+**F3【确定】LaTeX 冗余空格与风格不一**
+- sim 全文行内公式带前导空格(`$ \widehat{\psi}_{j} $`)、内部空格过多(`\widehat { \mathrm { E } } ( Y ^ { a } )`,第 150 行)。
+- 处置选项:规范化空格(不改变符号语义的前提下)。风险低但需保守,避免动 `\,` `\;` 等有意义的间距命令。
+
+**F4【确定】公式 OCR 字符间距拉宽**
+- springer 第 72/78 行 cases 环境里 `\mathrm { s u r v i v o r s ~ g r o u p }` 逐字空格。
+- 处置选项:去除字母间空格(保守做法:只处理 `\mathrm{}` 内的单字母间距模式)。
+
+### G. 格式不一致
+
+**G1【确定】引用上标风格混用**
+- 同一文件内 LaTeX `$^{1,2}$` 与 Unicode 上标(¹²、²⁻⁴、⁴⁹ ⁵⁰,⁵¹)并存:jama(第 115–116 行 Unicode vs 第 107/187 行 `$\geq 2$`)、ejhf(第 45–49 行 LaTeX vs 第 133 行 Unicode)、springer(第 5–6 行 `$ ^{1} $` vs 第 20 行 [1,2,4,3] 方括号)。
+- 处置选项:统一为一种(选哪种由师姐定,取决于下游用途:RAG 检索倾向 Unicode 纯文本,渲染倾向 LaTeX)。
+
+**G2【可能】数字格式不一致**
+- ejhf 第 55/57 行 "6068 patients" vs "4,091 patients";dmp 第 91 行 "0.81-.85"(小数点前缺 0)。
+- 注意:springer 的 "61.532"、"46.520" 是欧式千分位,可能是原文排版而非转换噪声,不能自动统一。
+- 处置选项:统一千分位与小数风格;欧式写法是否转换需师姐定。
+
+**G3【确定】参考文献列表分隔不一致**
+- dmp:refs 1–18 空行分隔,19–33 连续堆叠(第 193–208 行);springer:refs 1–8 空行分隔,9–19 连续堆叠(第 140–154 行)。
+- 处置选项:统一为一条一空行。
+
+### H. 非正文噪声与资产
+
+**H1【确定】arXiv 边栏戳**
+- sim 第 1 行 "arXiv:2001.08971v3 [stat.ME] 10 Oct 2020";springer 第 18 行同类戳插在 Introduction 段落中间,把一段话切成三截(第 16/18/20 行)。
+- 处置选项:删除戳行并接回段落。注意别误删参考文献中的合法 "arXiv preprint arXiv:…"(springer 第 143/152 行)。
+
+**H2【确定】机构仓库封面页**
+- ejhf 第 1–11 行:Glasgow eprints 引用说明、版本声明、`http://eprints.gla.ac.uk/213358/`、"Deposited on: 27 April 2020",以及封面图 ``(该图是仓库封面,不是论文插图)。
+- 处置选项:整体删除封面区;封面图一并删或移入元数据。对 RAG 是纯噪声。
+
+**H3【可能】图片相对路径依赖**
+- 全部图片用 `../images/` 相对路径(dmp 第 111 行、ejhf 封面、sim 第 229/231 行、springer 第 65/115/117/119 行)。md 文件一旦脱离原目录结构,图片全部失效。
+- 处置选项:a) 保持现状(目录结构不变时无碍);b) 清洗时把路径改写为部署目标路径;c) 校验引用的图片文件是否存在并报告断链。sim 的 Figure 1 实为左右两个面板(sub0/sub1 两张图)共享一条图注(第 233 行),springer 的 Fig. 2 为三面板(sub1–sub3)——合并还是保持多图由师姐定。
+
+## 5. 不建议清洗的内容(保真边界)
+
+- **原文自身的写作瑕疵**:springer 论文语言明显不通("was went to describe"、"In the other hand"、"section 4 discuss"),这是作者问题不是转换噪声,清洗工具不得改写学术内容。
+- **欧式千分位**(springer "61.532"):疑似原文排版,自动统一有改数风险。
+- **专名与缩写的大小写、期刊缩写风格**:不属于转换噪声。
+- **A 类内容缺失**:不要试图用生成或推测内容"补全"缺失章节——宁可留空标记。
+
+## 6. 决策清单(供师姐勾选力度)
+
+| 编号 | 问题 | 涉及文件 | 建议决策点 |
+|---|---|---|---|
+| A1/A2/A4 | 截断与表格缺失 | ejhf, sim, jama | 重新转换 / 接受并标记 / 人工补录 |
+| A3 | 图转表格 | dmp | 保留 / 重转 / 换图 |
+| B1 | 行号剥离 | jama | 剥离 / 退回要定稿 |
+| B2 | 批注删除 | jama | 删(基本无争议) |
+| B3 | 修订词对 | jama | 人工定稿对照(不宜自动) |
+| B4/B5 | 占位符/坏日期 | jama | 保留标记 / 人工修 |
+| C1 | 层级重建 | dmp, ejhf | 推断层级 / 保持平级 |
+| C2 | 标题合并 | jama, sim | 合并(低风险) |
+| C3/C4 | 乱码标题/页眉 | dmp | 人工改 / 删 |
+| D1 | 表格展开 | 全部 | GFM / 缩进 HTML / 不动 |
+| D2 | 实体还原 | dmp, ejhf | 还原(低风险) |
+| D3/D4/D5 | 表格结构修复 | dmp, springer | 人工修 / 标记低可信 |
+| E1 | 乱码专名 | dmp | 人工替换 |
+| E2 | 断词拼接 | dmp, sim | 保守合并+白名单 |
+| E3 | 段内合并 | jama, ejhf, springer | 启用(对 RAG 影响大) |
+| E4 | 段落归位 | springer | 人工 |
+| F1 | 编号并入 | sim, springer | 对照处理 |
+| F2 | 公式纠错 | sim | 人工(含义级) |
+| F3/F4 | 公式空格 | sim, springer | 保守规范化 |
+| G1 | 上标统一 | jama, ejhf, springer | 定一种风格 |
+| G2 | 数字格式 | ejhf, dmp | 统一 / 保留原文 |
+| G3 | 参考文献分隔 | dmp, springer | 统一空行 |
+| H1 | arXiv 戳 | sim, springer | 删+接段(勿伤引文) |
+| H2 | 封面页 | ejhf | 删 |
+| H3 | 图片路径 | 全部 | 现状 / 改写 / 断链校验 |
+
+## 7. 与既有审计的关系
+
+`research-wiki/reference/GOVDOC_SAAS_CLEANING_SCOPE.md`(45 份政务文档审计,原名 MARKDOWN_CLEANING_AUDIT.md)中的幻觉、重复、页眉页脚等类别在本批论文中部分复现(C4/D2/H1 对应旧审计的 D001/L001 类),但本批新增了论文特有的类别:修订稿痕迹(B 类)、公式问题(F 类)、引用上标混用(G1)、截断缺失(A 类)。若后续建立通用清洗规则库,B/F/G 类需要论文 profile,不宜进默认规则。
diff --git a/research-wiki/scratch/markdown-cleaning-ecosystem-research-2026-08-20.md b/research-wiki/scratch/markdown-cleaning-ecosystem-research-2026-08-20.md
new file mode 100644
index 0000000..8e55f20
--- /dev/null
+++ b/research-wiki/scratch/markdown-cleaning-ecosystem-research-2026-08-20.md
@@ -0,0 +1,492 @@
+# Markdown 清洗生态调研与通用架构建议
+
+> 状态:调研草稿,尚未批准为项目设计。
+>
+> 调研日期:2026-08-20。
+>
+> 更新方式:候选工具、许可证、实测结果或项目范围变化时更新;形成实施决定后转写为下一编号 design。
+
+## 1. 结论先行
+
+这个项目不应该重新实现一个“正则表达式合集”,也不应该把 Prettier、mdformat、Unstructured 或某个
+PDF→Markdown 模型直接包装成最终产品。
+
+现有工具各自只解决问题的一层:
+
+- Markdown parser/formatter 能统一语法,但无法知道一句话是不是模型幻觉;
+- HTML 容错解析器能补齐标签,但无法保证补出的表格在业务上正确;
+- PDF/DOCX 提取器能回源重建,但仍可能 OCR 错误或生成幻觉;
+- PII 工具能提供候选实体,但无法自动决定跨文档伪名是否应该一致;
+- 文本质量过滤器能发现重复和低熵,却常以“整篇丢弃”为目标,不适合忠实修复文档。
+
+因此建议把 `govdoc-md-cleaner` 定位为:
+
+> **面向多项目的、可审计的文档规范化与派生框架。Markdown 是主要输入输出格式,但核心对象是带来源、
+> 结构、置信度和问题记录的文档,而不是一串待正则替换的文本。**
+
+推荐的技术组合是:
+
+| 层 | 首选候选 | 在本项目中的角色 |
+|---|---|---|
+| 核心语言 | Python | 与文档解析、OCR、隐私工具及现有下游生态衔接 |
+| Markdown 解析 | `markdown-it-py` + GFM 插件 | CommonMark/GFM 结构识别、块级行号映射;不负责语义修复 |
+| Markdown 输出 | 自有受控 renderer;`mdformat` 只作可选格式化后端 | 保证 profile 输出稳定,避免 formatter 越权改原文 |
+| 损坏 HTML | `html5lib`,必要时配合 `lxml` tree builder | 按浏览器规则恢复 DOM;恢复动作必须进入审计 |
+| 回源提取 | Docling 作为默认候选 adapter | PDF/DOCX/图片转结构化文档,保留页码、bbox 和 provenance |
+| 编码异常 | `ftfy` 作为候选建议器 | 识别/建议 mojibake 修复;默认不静默应用到法律文本 |
+| 隐私 | Presidio 可选 adapter + 中文自定义 recognizer | 检测、确定性伪名和图片脱敏;不是默认核心依赖 |
+| 重复/退化 | 自有 detector,参考 DataTrove 指标 | 长行、低熵、重复字符/n-gram、语言突变和固定幻觉模板 |
+| 多格式转换 | Pandoc 可选 adapter/对照 oracle | DOCX/HTML/Markdown 转换与 AST filter;不作为忠实度权威 |
+
+`remark/unified` 是 Markdown 原生变换能力最完整的候选,但它会引入 Node.js/TypeScript 运行时;本项目的
+回源、OCR、中文隐私和下游环境更偏 Python,所以建议把 remark 作为设计参照和交叉验证器,而不是第一版核心。
+
+这不是最终技术选型。下一步应以本报告为输入编写 design,并用小型 spike 验证关键假设后再批准依赖。
+
+## 2. 审计告诉我们的真实问题
+
+本报告以 [45 份 Markdown 清洗审计](../reference/MARKDOWN_CLEANING_AUDIT.md) 为本地事实来源。
+审计发现的不是单一格式问题,而是至少五个不同层次的问题:
+
+1. **字节与字符层**:替换字符、私用区字符、NBSP、零宽字符、多余转义;
+2. **Markdown/HTML 语法层**:标题扁平、悬空链接、损坏 HTML/GFM 表格、极端长行;
+3. **文档结构层**:段落断裂、阅读顺序错误、页眉页脚混入、图片与表格丢失;
+4. **内容可信度层**:模型幻觉、退化重复、OCR 语义错误、无法凭 Markdown 恢复的缺失内容;
+5. **用途与合规层**:对比、RAG、受控忠实版、公开脱敏版对内容保留规则不同。
+
+其中两个结论直接改变技术路线。
+
+第一,Markdown parser 解析成功不能作为质量通过条件。CommonMark 明确规定任意字符序列都是合法文档,
+因此绝大多数“脏 Markdown”仍然可以无报错解析;我们必须建立额外的结构、内容和来源验证器
+([CommonMark 0.31.2](https://spec.commonmark.org/0.31.2/))。
+
+第二,GFM parser 接受的表格也未必满足我们的忠实度要求。GFM 对正文行缺列会补空单元格,多出的单元格
+会被忽略;这对法律和金额表格可能造成静默丢失,所以项目必须在 parser 之上做严格矩形网格验证
+([GFM 表格规范](https://github.github.io/gfm/#tables-extension-))。
+
+## 3. 为什么成熟 formatter 不能直接解决
+
+### 3.1 Prettier、mdformat
+
+[Prettier](https://prettier.io/docs/) 和 [mdformat](https://mdformat.readthedocs.io/) 都是成熟的确定性格式化器。
+它们通过“解析后重新打印”统一标题、列表、换行等书写风格。mdformat 使用 `markdown-it-py`,并提供语法扩展
+和代码围栏 formatter 插件([mdformat 插件文档](https://mdformat.readthedocs.io/en/stable/users/plugins.html))。
+
+适合:
+
+- 已经确认语义正确的 Markdown;
+- 统一输出风格;
+- 检查幂等性;
+- Wiki、README 和开发者手写文档。
+
+不适合直接处理本审计数据:
+
+- formatter 不知道 `The quick brown fox...` 是幻觉;
+- 重新打印会扩大 diff,使逐项审计更困难;
+- 对 raw HTML、损坏表格和未知扩展可能规范化或转义;
+- 它无法从缺失图片引用恢复资产,也无法回到 PDF bbox。
+
+建议:只在结构和内容已经通过验证的节点上使用,或作为最终输出的可选 profile;永不直接覆盖原输入。
+
+### 3.2 markdownlint、remark-lint
+
+[remark-lint](https://github.com/remarkjs/remark-lint) 有约 70 条可组合规则,能检查标题跳级、硬换行、
+链接语法和行长等;markdownlint 也有成熟的规则集。这些工具适合开发文档质量门禁,但其规则主要面向
+作者书写风格,不认识 PDF 页、OCR 置信度、表格合并单元格或业务实体。
+
+建议:用作本仓 Wiki/README 的 CI,或复用部分规则思想;不作为业务文档清洗引擎。
+
+## 4. Markdown AST 候选
+
+### 4.1 `remark` / `unified`
+
+[remark](https://github.com/remarkjs/remark) 提供 Markdown→mdast→Markdown 的完整插件流水线;
+[mdast](https://github.com/syntax-tree/mdast) 对 CommonMark、GFM 表格、图片、raw HTML 等节点有稳定模型,
+unist 生态还提供位置、source extraction、遍历、lint 和 vfile 消息。它是本次调研中最完整的
+Markdown-native 变换生态。
+
+优点:
+
+- parser、AST、visitor、transformer、lint、stringifier 是同一生态;
+- 节点通常带行、列、offset,适合生成诊断;
+- GFM、frontmatter、数学、directives 等扩展成熟;
+- TypeScript 类型和插件边界清晰。
+
+代价:
+
+- 核心运行时是 Node.js/ESM;
+- PDF/DOCX/OCR、中文文本处理和当前下游大多仍在 Python;
+- 双运行时会增加部署、版本锁定和跨语言 IR 的维护成本。
+
+判断:如果项目只清洗开发者 Markdown,remark 是首选;对当前“文档回源 + 多项目 profile”目标,第一版
+不建议为它引入第二套运行时。可把它用于 conformance 对照或以后提供 TypeScript 前端。
+
+### 4.2 `markdown-it-py` + `mdformat`
+
+[markdown-it-py](https://markdown-it-py.readthedocs.io/en/latest/) 遵循 CommonMark,支持插件、自定义规则和
+GFM 相关扩展;Token 的 `map` 字段提供块级起止行号
+([Token 文档](https://markdown-it-py.readthedocs.io/en/v4.2.0/_modules/markdown_it/token.html))。它活跃、
+MIT、Python 原生,适合本项目第一版。
+
+局限也需要明确:
+
+- 它主要是 parser/HTML renderer,不是完整的 Markdown transformation framework;
+- 行号映射主要在块级,细粒度字符 offset 和跨回源 bbox 仍需我们维护;
+- raw HTML 会成为特殊 token,表格恢复仍要交给 HTML parser;
+- CommonMark 合法不等于文档内容可信。
+
+建议:把它用于“识别现有 Markdown 的结构和边界”,再投影到项目自己的 Document IR;不要直接在 token
+列表上堆满业务规则。`mdformat` 可为确认安全的 AST 提供稳定输出,但 renderer 行为必须通过回归样本冻结。
+
+### 4.3 Pandoc
+
+[Pandoc](https://pandoc.org/MANUAL.html) 使用 reader→AST→writer 架构,Lua/JSON filter 可以按顺序变换 AST
+([Pandoc filter 文档](https://pandoc.org/filters.html))。它的多格式覆盖和长期稳定性很强。
+
+适合:
+
+- DOCX、HTML、Markdown 等格式导入导出;
+- 做第二实现的转换对照;
+- 用户明确接受 Pandoc 方言规范化的 profile。
+
+不适合担任忠实版核心:
+
+- reader/writer round-trip 会改变原始 Markdown 表达;
+- Pandoc AST 不是为逐字符审计和 PDF bbox 设计的;
+- 外部二进制与 [GPL-2.0 许可证](https://github.com/jgm/pandoc/blob/main/COPYING.md)需要独立部署评估;
+- 不能修复不存在于输入中的图片和内容。
+
+判断:可选 adapter,不作为唯一内部表示。
+
+### 4.4 Marko、Mistune 等 Python parser
+
+[Marko](https://marko-py.readthedocs.io/en/latest/) 提供纯 Python CommonMark AST 和扩展机制,Mistune 偏向
+高速渲染。它们都能用于特定场景,但相较 `markdown-it-py`,当前项目更看重现成插件、维护活跃度、
+生态采用以及块级 source map。第一轮 spike 不必同时维护三个 Python parser。
+
+## 5. 损坏 HTML 与表格恢复
+
+[html5lib](https://html5lib.readthedocs.io/en/stable/) 按 WHATWG 浏览器解析算法处理可能损坏的 HTML,
+可以输出 ElementTree 或使用 lxml tree builder;[lxml 的 HTML5 接口](https://lxml.de/4.5/apidoc/lxml.html.html5parser.html)
+也支持 fragment 解析。
+
+推荐流程:
+
+1. 从 Markdown AST 中只取 raw HTML fragment,不把整篇 Markdown 当 HTML;
+2. 保存原 fragment、source span 和哈希;
+3. 使用 html5lib 容错解析并收集 parser errors;
+4. 构建显式二维 table grid,展开 `rowspan`/`colspan`;
+5. 校验每个输出 cell 都能映射到原节点或 source 区域;
+6. 仅无合并单元格的简单矩形表格输出 GFM;
+7. 复杂表格输出规范 HTML,并并行保留 JSON grid;
+8. parser 自动补齐的标签只说明“语法可恢复”,不能自动标为“语义已验证”。
+
+不能采用旧实现那样用正则匹配 ` `:审计已经证明大量闭合标签缺失,正则既无法正确嵌套,
+也会把后续正文吞入表格。
+
+## 6. PDF、DOCX 和图片回源候选
+
+### 6.1 Docling:默认候选 adapter
+
+[Docling](https://docling.org/) 支持 PDF、Office、HTML、Markdown、图片等格式,能输出 Markdown 和结构化
+`DoclingDocument`;后者包含表格、层级、bbox 和 provenance
+([DoclingDocument 说明](https://github.com/docling-project/docling/blob/main/docs/concepts/docling_document.md))。
+项目是 Python/MIT,OCR 后端可插拔。
+
+它与审计需求最匹配的不是“Markdown 看起来更漂亮”,而是能先保存结构化、带位置的中间结果,再由我们
+生成 fidelity/profile 输出。因此建议把 Docling 作为第一批回源 adapter 的基准候选。
+
+但它仍不能成为无条件真值:OCR、阅读顺序和表格模型都会出错,VLM 路径也可能生成内容。必须在 001、003
+有原始 PDF 的受控样本上验证字符、数字、表格和图片,不以官方 demo 或总准确率代替本项目测试。
+
+### 6.2 Unstructured
+
+[Unstructured partition](https://docs.unstructured.io/open-source/core-functionality/partitioning) 能把多种格式切成
+`Title`、`NarrativeText`、`ListItem`、`Table` 等元素,一些格式保留页码、坐标和 table HTML,适合作为
+另一种 source adapter 或元素分类对照。
+
+其 `cleaners` 不能整体照搬。例如官方实现中的 `clean_dashes` 会替换连字符,`clean_bullets` 会删除项目符号,
+`clean_non_ascii_chars` 会丢弃非 ASCII 字符;这对中文法律文本、项目编号和列表结构明显过于激进
+([cleaners 源码](https://github.com/Unstructured-IO/unstructured/blob/main/unstructured/cleaners/core.py))。
+
+判断:可评估 partition/metadata;不采用通用 `clean(...)` 作为默认清洗策略。
+
+### 6.3 MinerU、Marker、MarkItDown
+
+- [MinerU](https://github.com/opendatalab/MinerU) 支持 PDF/Office/图片到 Markdown、JSON 和图片资产,能力覆盖广,
+ 但本地审计已经展示某些现有解析产物中的幻觉与退化;此外它当前是 Apache-2.0 加附加商业与署名条款,
+ 不是无条件的标准 Apache-2.0([MinerU 许可证](https://github.com/opendatalab/MinerU/blob/master/LICENSE.md))。
+- [Marker](https://github.com/datalab-to/marker) 能输出 Markdown、JSON、HTML 和 chunks,也暴露页/块结构;代码为
+ Apache-2.0,但模型权重采用带商业门槛和用途限制的修改版 OpenRAIL-M,必须把代码与模型许可分开审查
+ ([Marker 模型许可证](https://github.com/datalab-to/marker/blob/master/MODEL_LICENSE))。
+- [Microsoft MarkItDown](https://github.com/microsoft/markitdown) 是轻量多格式→Markdown 工具,适合低成本文本提取,
+ 但它的目标不是页级 provenance、复杂表格忠实恢复或审计账本。
+
+判断:三者都可成为 benchmark adapter,不应把任何一个输出直接标为 fidelity 真值。第一轮优先比较
+Docling、MinerU 和 Marker 的结构化 JSON,而不是只比较最终 Markdown 的视觉效果。
+
+## 7. 编码、内容退化和隐私工具
+
+### 7.1 `ftfy`
+
+[ftfy](https://ftfy.readthedocs.io/en/latest/) 用保守启发式修复 Unicode mojibake,目标之一是避免把正常文本
+误改。它适合发现和建议典型 UTF-8/Windows-1252 误解码。
+
+边界:
+
+- 已经变成 `�` 的原字符信息不在字符串中,ftfy 无法凭空恢复;
+- 私用区字符需要字体或源文件映射;
+- 中文旧编码误解码和法律文本中的兼容字符仍需专门验证;
+- 即使候选看起来合理,也要保留 before/after、置信度和规则版本。
+
+建议:作为 detector/candidate fixer;默认 profile 只自动应用有严格前置条件、通过实体保护检查的修复。
+
+### 7.2 重复、低熵和幻觉模板
+
+[DataTrove](https://github.com/huggingface/datatrove) 是大规模文本过滤/去重框架,已有行重复率、长行比例、
+标点比例、语言分数和 contamination 等统计。它的默认任务是筛掉低质量训练语料,而本项目需要定位并修复
+文档中的局部区域。
+
+建议借鉴指标,不把 DataTrove 作为核心依赖:
+
+- 最大行长与结构白名单;
+- 字符/短片段 run-length;
+- 唯一字符、token 和 n-gram 比例;
+- 压缩率与局部信息熵;
+- 相邻和非相邻重复块;
+- 文档主要语言与局部语言突变;
+- 已知转换器/模型幻觉签名。
+
+detector 只产生 issue 和范围。没有可信来源时,默认隔离或人工确认,不自动编写替代内容。
+
+### 7.3 Presidio
+
+[Presidio](https://microsoft.github.io/presidio/) 支持文本、图片和结构化数据中的 PII 检测与匿名化,并允许使用
+正则、校验和、上下文、NER 和自定义 recognizer。官方也明确说明自动检测不能保证找到全部敏感信息。
+
+适合:
+
+- 作为可选 privacy adapter;
+- 为中国身份证、统一社会信用代码、手机号、银行账号等实现校验和与上下文 recognizer;
+- 用 custom operator 实现稳定、按实体区分的伪名;
+- 把文本、表格单元格和图片脱敏放进同一 profile。
+
+不适合:
+
+- 默认把所有候选直接覆盖;
+- 把不同值统一变成同一 `[PHONE]`/`[ID]`;
+- 认为通用 NER 已覆盖中文政务/合同实体;
+- 把 privacy profile 与 fidelity 修复写死在一起。
+
+## 8. 推荐的领域无关架构
+
+下面是候选架构,不是已批准契约:
+
+```mermaid
+flowchart LR
+ A[Markdown / HTML / PDF / DOCX / Image] --> B[Immutable source artifact]
+ B --> C[Preflight detectors]
+ B --> D[Parser / source adapters]
+ C --> E[Issue ledger]
+ D --> F[Document IR]
+ F --> G[Validation and routing]
+ E --> G
+ G --> H[Safe deterministic repair]
+ G --> I[Source-verified repair]
+ G --> J[Quarantine / human review]
+ H --> K[Canonical fidelity document]
+ I --> K
+ J --> K
+ K --> L[Fidelity profile]
+ K --> M[Retrieval profile]
+ K --> N[Compare profile]
+ K --> O[Public/privacy profile]
+ L --> P[Markdown + assets + audit]
+ M --> P
+ N --> P
+ O --> P
+```
+
+### 8.1 Immutable source artifact
+
+任何输入先冻结:原始 bytes、SHA-256、媒体类型、来源 ID 和接收时间。后续全部是新产物,不原地覆盖。
+只有路径而没有内容哈希不足以复现。
+
+### 8.2 Document IR
+
+IR 至少需要表达:
+
+- block/node 类型、层级和子节点;
+- 原始 byte/line/column span;
+- 有源文档时的 page、bbox、source artifact hash;
+- 文本、表格网格、图片 asset ref 和文档边界;
+- parser/extractor、版本和置信度;
+- issue、annotation、repair 和 unresolved 关联。
+
+不要让 Markdown AST 直接承担全部职责:mdast 或 markdown-it token 不包含完整的 PDF provenance、表格网格、
+修复证据和多 profile 状态。也不要直接把 DoclingDocument 定为公共契约,否则核心会被某个提取器绑定。
+
+### 8.3 Detector 与 transformer 分离
+
+每条规则先检测,再决定是否变换。建议规则声明:
+
+- `rule_id` 与版本;
+- 支持的 node/input 类型;
+- source span 与证据;
+- safety level;
+- 是否确定性、幂等、可逆;
+- 影响文本、数字、实体、结构、资产或下游权重;
+- 验收 predicate。
+
+安全级别建议:
+
+| 级别 | 含义 | 默认行为 |
+|---|---|---|
+| `detect_only` | 只能确认异常,不能确认正确内容 | 记录 issue,不修改 |
+| `deterministic` | 不改变语义、前置条件严格 | 可自动执行并记录 |
+| `source_verified` | 新内容可回链到可信源区域 | 自动或抽检执行 |
+| `heuristic` | 有合理推断但可能误伤 | profile 显式开启或人工确认 |
+| `forbidden_without_source` | 金额、编号、缺失正文等无法猜测 | 隔离/未解决 |
+
+### 8.4 Canonical fidelity 与 profiles
+
+核心不应硬编码只有 `clean_fidelity.md` 和 `clean_compare.md`。更通用的方式是先生成 canonical fidelity
+document,再由 profile 派生:
+
+| Profile | 目标 | 典型变化 |
+|---|---|---|
+| `fidelity` | 法律/业务忠实与可回源 | 只含确定性和源验证修复 |
+| `retrieval` | 搜索、RAG 和可读分块 | 规范段落、结构化 chunk、保留来源 |
+| `compare` | 相似度与模板分析 | 页眉页脚降噪、稳定图片 token、模板标注/降权 |
+| `public` | 可共享样例或外部处理 | 确定性伪名、图片/二维码脱敏、严格日志脱敏 |
+
+未来项目可以增加自己的 profile;GovDoc 的章节模式、投标模板、compare 权重和中国政务字段放在插件/配置包,
+不能污染领域无关 core。
+
+## 9. 建议的第一版产品边界
+
+第一版不要一开始就做“全自动修复所有 Markdown”。建议逐层交付。
+
+### M0:只读 audit
+
+- 接受 Markdown;
+- 冻结哈希并解析 CommonMark/GFM/raw HTML 边界;
+- 输出 issue、source span、统计和阻断等级;
+- 覆盖编码、超长行、重复退化、链接/图片、标题、HTML/GFM 表格和 PII 候选;
+- 不改输入,不需要 PDF 模型。
+
+这一阶段可以最早验证规则召回、误报、性能和审计 schema,不把修复风险混进来。
+
+### M1:安全规范化
+
+- 只执行严格确定性的 LF、NFC、尾空白、空标题等修复;
+- 每项变更有 source span 和 before/after hash;
+- 输出 fidelity Markdown、audit 和 unresolved;
+- 强制幂等、确定性和原输入不覆盖。
+
+### M2:结构与回源
+
+- raw HTML fragment 恢复和 table grid;
+- Docling source adapter;
+- 图片 asset store 与 manifest;
+- 页/区域级 re-extract;
+- 标题、列表、段落只在来源或高置信结构证据下恢复。
+
+### M3:多用途 profile
+
+- `retrieval`、`compare`、`public`;
+- privacy adapter;
+- 模板标注/权重和稳定实体/图片 token;
+- 各 profile 的差异可回链到 fidelity。
+
+### M4:插件与规模化
+
+- 稳定 rule/adapter/profile API;
+- 项目专属配置包;
+- 并行批处理、缓存、可恢复任务和机器可读报告;
+- 再评估 CLI、Python SDK、服务接口和跨语言消费。
+
+## 10. 选型 spike 与验收建议
+
+进入实现前建议建立下一份 design,并批准两个小型 spike。
+
+### Spike A:Markdown/HTML 核心
+
+使用脱敏合成 fixture 和审计列出的结构模式,比较:
+
+- `markdown-it-py` + 自有 IR/renderer;
+- remark/mdast 作为对照;
+- html5lib 与 lxml recover 对损坏 table fragment 的差异。
+
+至少覆盖:未闭合 table、GFM 多/少列、raw HTML 与 Markdown 交错、代码围栏内伪标签、超长行、中文硬换行、
+图片 URL、Word `_Toc`、标题断裂和多余转义。
+
+验收关注:source span 完整率、round-trip 语义一致、没有静默 cell 丢失、幂等性、峰值内存和每 MiB 耗时。
+
+### Spike B:回源提取
+
+只在受控环境抽取 001、003 的风险分层页面,对 Docling、MinerU、Marker 做 A/B:
+
+- 原文字符和关键实体准确率;
+- 表格网格、合并单元格和阅读顺序;
+- 图片数量、bbox 和 asset 引用;
+- 已知幻觉与重复退化命中;
+- CPU/GPU、耗时、峰值内存、模型版本和许可证约束。
+
+不能只比较“生成的 Markdown 肉眼是否整齐”,也不能把某个引擎自己的置信度当作金标。
+
+### 回归体系
+
+- 公开/合成 fixture 进入 Git,复现结构问题但不包含客户原文;
+- 真实样本只在外部受控目录运行,以 case/file/page ID 和聚合指标报告;
+- P0 页面 100% 人工核对,其他页面风险分层抽样;
+- 金额、日期、项目编号、公司名、身份证候选做前后对账;
+- 每个 transformer 测幂等、确定性、边界和反例;
+- fidelity、retrieval、compare、public 分别验收,不能用单一“清洗率”。
+
+## 11. 明确不建议的路线
+
+- 不恢复旧版逐行正则清洗器作为默认基线;
+- 不对原文件直接运行 Prettier/mdformat 并覆盖;
+- 不用正则解析或补齐 HTML 表格;
+- 不把 parser 无报错当成 Markdown 正确;
+- 不对全文执行 `clean_extra_whitespace`、`clean_dashes`、全局 NFKC 或非 ASCII 删除;
+- 不因重复就删除合同条款,不因语言突变就自动删除段落;
+- 不用生成模型补写缺失文字、表格单元格或图片说明;
+- 不让不同实体、图片和缺失区域坍缩成同一个通用 token;
+- 不把某个 PDF 提取器的 Markdown 直接当权威真值;
+- 不把 GovDoc 的投标/采购规则写进通用 core。
+
+## 12. 下一份 design 需要决定的事项
+
+1. 是否批准“Python core + adapter/profile”方向;
+2. 第一阶段是否只做 Markdown audit,暂不引入 PDF/OCR 重依赖;
+3. 内部 IR 的最小字段和版本策略;
+4. audit/unresolved 的事件粒度与敏感信息保存边界;
+5. `fidelity`、`retrieval`、`compare`、`public` 哪些进入第一版;
+6. Markdown dialect 是 CommonMark + GFM,还是还要支持 frontmatter、math、directives;
+7. Docling/MinerU/Marker 的 benchmark 范围和许可证审查责任;
+8. 真实数据输出目录、保留周期、人工审核和脱敏规则;
+9. Python SDK、CLI、配置文件和插件 API 哪些属于首个可交付范围。
+
+在这些事项获得批准前,本报告只代表调研判断,不代表依赖、schema 或产品行为已经确定。
+
+## 13. 主要资料来源
+
+本次优先使用官方文档、规范和上游仓库,GitHub 活跃度与许可证检查日期为 2026-08-20:
+
+- [CommonMark 规范](https://spec.commonmark.org/0.31.2/)
+- [GitHub Flavored Markdown 规范](https://github.github.io/gfm/)
+- [markdown-it-py 文档](https://markdown-it-py.readthedocs.io/en/latest/)
+- [mdformat 文档](https://mdformat.readthedocs.io/en/stable/)
+- [remark](https://github.com/remarkjs/remark) 与 [mdast](https://github.com/syntax-tree/mdast)
+- [Pandoc filters](https://pandoc.org/filters.html)
+- [Docling](https://docling.org/) 与 [DoclingDocument](https://github.com/docling-project/docling/blob/main/docs/concepts/docling_document.md)
+- [Unstructured partition/cleaning](https://docs.unstructured.io/open-source/core-functionality/partitioning)
+- [html5lib](https://html5lib.readthedocs.io/en/stable/)
+- [ftfy](https://ftfy.readthedocs.io/en/latest/)
+- [Presidio](https://microsoft.github.io/presidio/)
+- [DataTrove](https://github.com/huggingface/datatrove)
+- [MinerU](https://github.com/opendatalab/MinerU)
+- [Marker](https://github.com/datalab-to/marker)
+- [MarkItDown](https://github.com/microsoft/markitdown)
diff --git a/rules/default.yaml b/rules/default.yaml
deleted file mode 100644
index 8d7b760..0000000
--- a/rules/default.yaml
+++ /dev/null
@@ -1,55 +0,0 @@
-# 政务文档 Markdown 默认清洗规则集
-# 每条规则: name(必填,须在引擎 REGISTRY 中注册) / order(应用顺序) / enabled / params
-# 针对 PDF→Markdown 管线(MinerU/OCR)产物的典型脏数据。
-
-rules:
- # 1) 页码行:"第 X 页 共 Y 页" / "第X页共4页" / "Page 3 of 10" / "3 / 10"
- - name: strip_page_lines
- order: 10
- params:
- keep_bare_numbers: true # 单独一行纯数字(可能是页码也可能是编号),默认保留
-
- # 2) 页眉页脚 + OCR 重复崩坏行:
- # a) 同一短行全篇重复 >= threshold 次(如逐页出现的项目名、"正本")
- # b) 同一短行连续刷屏 >= burst_limit 次(OCR 崩坏,如"审计程序"×1359)
- # protect 列出"重复但属于正文模板"的保护正则(标书里逐章出现的签章/日期栏)
- # 内容形态行(编号条款/列表/表格行)天然重复,已在引擎侧豁免
- - name: strip_repeated_short_lines
- order: 20
- params:
- threshold: 3
- max_len: 40
- burst_limit: 5
- burst_gap: 2
- protect:
- - "公章" # 投标人:(公章)
- - "签名|签字|盖章" # 法定代表人签名:
- - "日期|年.*月.*日" # 日期: / 日期: 年 月 日
- - "^致[::]" # 致:xxx(投标函收件人)
- - "负责|声明" # 声明函固定结尾句(中小企业声明函等)
-
- # 3) 目录点线:"第一章 投标邀请函 ……………… 2"(保留标题文字,去掉点线和页码)
- - name: strip_toc_dots
- order: 30
-
- # 4) 图片引用: 为死链,整行删除
- - name: drop_images
- order: 40
- params:
- placeholder: null # 需要保留位置时改为 "[图]" 之类
-
- # 5) HTML 表格 → Markdown 管道表格( 单行压缩形态)
- - name: normalize_tables
- order: 50
-
- # 6) 散落的 标签
- - name: strip_stray_html
- order: 60
-
- # 7) 行尾空白(MinerU 输出每行带双空格硬换行符)
- - name: rstrip_lines
- order: 70
-
- # 8) 连续空行压为 1 行,裁掉文首文末空白
- - name: collapse_blank_lines
- order: 80
diff --git a/tests/test_rules.py b/tests/test_rules.py
deleted file mode 100644
index 49d5b17..0000000
--- a/tests/test_rules.py
+++ /dev/null
@@ -1,154 +0,0 @@
-"""清洗规则单元测试。
-
-fixtures 里是各脏数据模式的最小样例,跑一遍断言规则命中且正文无损。
-"""
-
-import sys
-import unittest
-from pathlib import Path
-
-sys.path.insert(0, str(Path(__file__).resolve().parent.parent))
-
-from cleaner.cleaner import MarkdownCleaner
-from cleaner.rules import (
- _drop_images,
- _normalize_tables,
- _rstrip_lines,
- _strip_page_lines,
- _strip_repeated_short_lines,
- _strip_toc_dots,
- load_rules,
-)
-
-S = {} # 每个用例独立 stats
-
-
-def st():
- return {}
-
-
-class TestPageLines(unittest.TestCase):
- def test_cn_page(self):
- text = "正文A\n第 3 页 共 53 页\n正文B\n第4页共4页\n结尾"
- out = _strip_page_lines(text, {}, st())
- self.assertEqual(out, "正文A\n正文B\n结尾")
-
- def test_en_page(self):
- text = "foo\nPage 3 of 10\nbar\n- 4 -\nbaz"
- out = _strip_page_lines(text, {"keep_bare_numbers": False}, st())
- self.assertNotIn("Page 3", out)
- self.assertNotIn("- 4 -", out)
-
- def test_bare_number_kept_by_default(self):
- text = "条款\n12\n下文"
- out = _strip_page_lines(text, {}, st())
- self.assertIn("12", out)
-
-
-class TestRepeatedLines(unittest.TestCase):
- def test_header_removed(self):
- lines = ["某某采购项目招标文件"] + ["内容%d" % i for i in range(5)]
- text = "\n".join(("某某采购项目招标文件 \n" + l) for l in lines)
- out = _strip_repeated_short_lines(text, {"threshold": 3, "max_len": 40}, st())
- self.assertNotIn("某某采购项目招标文件", out)
- self.assertIn("内容1", out)
-
- def test_protected_signature_kept(self):
- text = "\n".join(["投标人:(公章)"] * 4 + ["正文"])
- out = _strip_repeated_short_lines(
- text, {"threshold": 3, "max_len": 40, "protect": ["公章"]}, st()
- )
- self.assertIn("投标人:(公章)", out)
-
- def test_numbered_clause_kept(self):
- # 编号条款是正文不是页眉
- text = "\n".join(["(1)乙方须接受甲方监督。"] * 4 + ["正文"])
- out = _strip_repeated_short_lines(text, {"threshold": 3, "max_len": 40}, st())
- self.assertIn("(1)乙方须接受甲方监督。", out)
-
- def test_ocr_burst_removed(self):
- text = "\n".join(["审计程序"] * 30)
- out = _strip_repeated_short_lines(
- text,
- {"threshold": 999, "max_len": 40, "burst_limit": 5, "burst_gap": 2},
- st(),
- )
- self.assertNotIn("审计程序", out)
-
-
-class TestTocDots(unittest.TestCase):
- def test_toc_line(self):
- text = "第一章 投标邀请函 ……………………………………… 2"
- out = _strip_toc_dots(text, {}, st())
- self.assertEqual(out, "第一章 投标邀请函")
-
- def test_plain_toc_line_keeps_text(self):
- # 无标题目录行:去掉点线页码,保留"序号+标题"文字
- text = "21 迷交的投标文件 ………………………………………………… 25"
- out = _strip_toc_dots(text, {}, st())
- self.assertEqual(out, "21 迷交的投标文件")
-
- def test_body_with_ellipsis_kept(self):
- text = "此处省略部分内容……后续"
- out = _strip_toc_dots(text, {}, st())
- self.assertIn("后续", out)
-
-
-class TestImages(unittest.TestCase):
- def test_image_line_dropped(self):
- text = " \n正文"
- out = _drop_images(text, {}, st())
- self.assertEqual(out, "正文")
-
- def test_placeholder(self):
- text = "\n正文"
- out = _drop_images(text, {"placeholder": "[图]"}, st())
- self.assertIn("[图]", out)
-
- def test_base64_image_dropped(self):
- text = "\n正文"
- out = _drop_images(text, {}, st())
- self.assertNotIn("base64", out)
-
-
-class TestTables(unittest.TestCase):
- def test_table_to_pipe(self):
- html = ""
- out = _normalize_tables(html, {}, st())
- self.assertIn("| 序号 | 名称 |", out)
- self.assertIn("| 1 | 保洁 |", out)
- self.assertIn("|---|---|", out)
-
- def test_pipe_escaped(self):
- html = ""
- out = _normalize_tables(html, {}, st())
- self.assertIn("a\\|b", out)
-
- def test_br_in_cell(self):
- html = ""
- out = _normalize_tables(html, {}, st())
- self.assertIn("品 目", out)
-
-
-class TestEngine(unittest.TestCase):
- def test_full_pipeline(self):
- cleaner = MarkdownCleaner(rules=load_rules())
- raw = (
- "# 标题\n \n第 1 页 共 2 页 \n"
- "正文一段。 \n \n\n\n\n尾部\n"
- )
- result = cleaner.clean_text(raw)
- self.assertNotIn("images/", result.text)
- self.assertNotIn("第 1 页", result.text)
- self.assertNotIn("", result.text)
- self.assertIn("| a |", result.text)
- self.assertNotIn("\n\n\n", result.text)
-
- def test_default_rules_load(self):
- rules = load_rules()
- self.assertTrue(len(rules) >= 8)
- self.assertEqual(rules, sorted(rules, key=lambda r: r.order))
-
-
-if __name__ == "__main__":
- unittest.main(verbosity=2)
|
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