feat(ceus,segment): 任务书 02 第二阶段——分割和后半段算法

- ceus 迁入 polygons、dark_region、reference_region、tic_fitting、tic、anchor_frames、
  perfusion_metrics、trajectory、tic_curves、tic_plot、overlay，旧测试照搬（改 import 与配置读取）。
- 对外两段接口：prepare_segmentation（第 1–2 步）与 quantify_case（第 4–9 步）。
- 第 3 条：删掉 D1 取医生标注时刻的模式，D1 只从拟合曲线算。
- 第 4 条：F1/F2 取视频第 20−X、60−X 秒（X 为视频第 0 秒时已推注的秒数），落在视频外记未定位。
- 绿框融合权重、紫圈颜色阈值照搬；关键帧容差窗口的出处写进 ceus.yaml 注释。
- segment：同一进程调用 MedSAM2，设置写进 ceus.yaml 的 segment 段，全部必填；gpu 测试真跑通过。
- 依赖加 scipy、matplotlib、medsam2（可编辑安装，不编译 CUDA 扩展）；uv 只解析 linux x86_64。
- 导入契约：只有 segment 引用 torch、sam2；segment 不引用其他 cadx 模块。

Co-Authored-By: Claude Opus 5.5 <noreply@anthropic.com>

config/ceus.yaml

@@ -1,7 +1,8 @@
 # CEUS 定量的配置，给 scripts/ceus_quant.py 用。
 #
 # 分三段：paths（位置）、segment（分割设置，任务书 02 第二阶段加）、ceus（算法参数）。
-# ceus 段的字段定义和校验在 src/cadx/ceus/_config.py；paths 段和最外层由 scripts/ceus_quant.py 定义。
+# ceus 段的字段定义和校验在 src/cadx/ceus/_config.py，segment 段在 src/cadx/segment/_config.py；
+# paths 段和最外层由 scripts/ceus_quant.py 定义。路径都相对仓库根目录。
 # 每个字段必填，可以没有的值写 null。
 #
 # ceus 段的数值逐个照抄旧项目 config/ceus_roi_default.yaml，没有改动（待定问题/02：参数何时冻结）。
@@ -17,6 +18,14 @@ paths:
   runs_root: runs/ceus # 每次运行一个子目录，只追加不删
   work_root: work # 可删掉重算的中间文件（分割缓存）
 
+segment: # 分割设置，字段定义在 src/cadx/segment/_config.py。出自旧项目 debugs/medsam2_local_track.py
+  medsam2_dir: reference/MedSAM2 # MedSAM2 代码，提交号从它的 .git 读。旧脚本是远程 /home/wangwenhan/MedSAM2
+  checkpoint: models/MedSAM2_latest.pt # 权重。旧脚本是 MedSAM2/checkpoints/MedSAM2_latest.pt
+  sam2_config: configs/sam2.1_hiera_t512.yaml # 模型配置的 Hydra 名（相对 sam2 包）。照旧脚本 DEFAULT_MEDSAM2_CFG
+  device: cuda # 照旧脚本 DEFAULT_DEVICE
+  offload_video_to_cpu: false # 照旧脚本：t1_local_debug.py 调它时没开这个开关
+  offload_state_to_cpu: false # 同上
+
 ceus:
   config_version: "4" # 参数口径版本号，由人改。出自旧项目：Lognormal-v2 参数口径（design/0044）
 
@@ -65,6 +74,12 @@ ceus:
     threshold_offset: 0 # 出自旧项目 findings §3.8
     min_area: 300 # findings §2A：非代码默认 64。出自旧项目 findings §3.8
     min_area_ratio: 0.015 # findings §2A：非代码默认 0.0。出自旧项目 findings §3.8
+    # 下面四项旧 schema 里没有，旧 dark_region.py 用 getattr(..., 默认值) 读，这里照旧值写出来。
+    # 旧项目工程侧定的，无出处
+    max_regions: null # 每帧最多保留几块暗区，null 不限
+    max_contours_per_region: null # 每块暗区最多取几条外轮廓，null 不限
+    preferred_area_ratio_range: null # 暗区占 ROI 面积的偏好区间 [lo, hi]，null 时面积分偏好占一半
+    prompt_exclude_dilate: 3 # 剔绿框色前对绿色像素的膨胀核边长（与 tic_analysis 那个是两个独立的数）
     preserve_holes: true # 出自旧项目 findings §3.8
     fill_holes: false # 出自旧项目 findings §3.8
     morphology_kernel: 5 # 出自旧项目 findings §3.8
@@ -129,9 +144,11 @@ ceus:
       estimated_baseline_lookback_s: 10.0 # 允许 t0 位于视频起点前，但截图不外推。出自旧项目 design/0044
       maximum_perf_area_step_fraction: 0.15 # 相邻帧去暗区面积比例最大变化。出自旧项目 design/0044
       parameter_boundary_fraction: 0.001 # 形状参数贴边判据占允许区间的比例。出自旧项目 design/0044
-    anchor_frames: # 7 张关键帧定位。出自旧项目 design/0040 决策二
+    anchor_frames: # 7 张关键帧定位（第 8 步）。出自旧项目 design/0040 决策二
       # 下面这批数旧项目注明镜像自 Linear《临床口径契约》（2026-08-25 版，同步日期 2026-09-01），
-      # 动任何一个之前先去那边核对。各容差窗口的出处在第二阶段迁移关键帧模块时逐个再核对。
+      # 动任何一个之前先去那边核对。容差窗口的出处任务书 02 第二阶段逐个核对过（旧 yaml 注释、
+      # 旧 research-wiki/explanation/tic-quantification-encoding.md 第 8、9 节、
+      # 旧 research-wiki/reference/glossary.md「锚点帧」两张表、旧 design/0030 的「已定的事」表）。
       arrival: # 到达判据，门槛取两个候选的高者。出自旧项目：《临床口径契约》5.2
         baseline_sd_multiplier: 3.0 # 候选一：基线抖动 ×3.0。出自旧项目：《临床口径契约》5.2
         relative_peak_threshold: 0.10 # 候选二：峰高 ×0.10。出自旧项目：《临床口径契约》5.2
@@ -139,17 +156,26 @@ ceus:
       # 主峰突出度门槛：基线抖动 ×3。与到达判据那个 3.0 是两个独立的数，改一个不连带改另一个。
       # 出自旧项目：《临床口径契约》第六节
       peak_prominence_baseline_sd_multiplier: 3.0
-      baseline_frame_backoff_s: 0.3 # B0 锚点 = 到达时刻再往前 0.3 秒。出自旧项目：《临床口径契约》5.11
-      d1_window_after_s: 0.5 # D1 窗 [锚点, 锚点+0.5]。出自旧项目：《临床口径契约》第 12 题
-      d2_window_s: 0.3 # D2 窗 ±0.3 秒。出自旧项目：《临床口径契约》第 12 题
-      d3_window_s: 0.5 # D3 窗 ±0.5 秒。出自旧项目：《临床口径契约》第 12 题
-      # D4 窗 ±0.5 秒：契约空着、第 12 题委托工程侧。旧项目工程侧定，理由是 D4 与 D2/D3 同属曲线
-      # 形状锚点，洗出段比洗入段平缓、导数极值定位误差更大，取 D2/D3 中较宽的一档。无外部出处
+      baseline_frame_backoff_s: 0.3 # B0 锚点 = 到达时刻再往前 0.3 秒。出自旧项目：《临床口径契约》5.11（临床方原规范 §13.2）
+      # D1 窗 [锚点, 锚点+0.5 秒]（不许取到达之前）。出自旧项目：《临床口径契约》第 12 题四个容差之一，
+      # 对应临床方原规范 §13.3
+      d1_window_after_s: 0.5
+      d2_window_s: 0.3 # D2 窗 ±0.3 秒。出自旧项目：《临床口径契约》第 12 题，临床方原规范 §13.4
+      d3_window_s: 0.5 # D3 窗 ±0.5 秒。出自旧项目：《临床口径契约》第 12 题，临床方原规范 §13.5
+      # D4 窗 ±0.5 秒：临床方原规范 §13.6 只给约束（晚于主峰、不许用最后一帧）不给窗口，契约第 12 题
+      # 委托工程侧。旧项目工程侧定，理由是 D4 与 D2/D3 同属曲线形状锚点，洗出段比洗入段平缓、导数
+      # 极值定位误差更大，取 D2/D3 中较宽的一档。无外部出处
       d4_window_s: 0.5
-      b0_window_s: 0.5 # B0 窗 ±0.5 秒：契约空着，旧项目工程侧取与 D4 同档，无外部出处
+      # B0 窗 ±0.5 秒：临床口径只说「视频开始到到达前 0.3 秒之间挑帧」，没给窗口。旧项目工程侧取与 D4
+      # 同档，无外部出处
+      b0_window_s: 0.5
       late_phase:
-        preferred_time_s: 60.0 # F2 锚点：推注后 60 秒。出自旧项目：《临床口径契约》
-        tolerance_s: 2.0 # F2 容差 ±2 秒。出自旧项目：《临床口径契约》第 12 题
+        # F2 锚点：推注后 60 秒。出自旧项目：《临床口径契约》，临床方 2026-08-16 定（旧 glossary 记 HAI-75）
+        preferred_time_s: 60.0
+        # F2 容差 ±2 秒（只属于 F2）。出自旧项目：《临床口径契约》第 12 题四个容差之四，临床方原规范
+        # §10.1、§13.7
+        tolerance_s: 2.0
       # F1 锚点：推注后 20 秒。出自旧项目：《临床口径契约》（08-16 口头定）。
-      # F1 没有容差键：旧项目工程侧暂定「无上限，取最近的一帧」，无出处
+      # F1 没有容差键：旧项目工程侧暂定「无上限，在视频有效帧范围内取最近的一帧」（旧
+      # tic-quantification-encoding.md 第 8 节），临床方没给容差，无外部出处
       f1_anchor_s: 20.0