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150eb5f6ae
- ceus 迁入 polygons、dark_region、reference_region、tic_fitting、tic、anchor_frames、 perfusion_metrics、trajectory、tic_curves、tic_plot、overlay，旧测试照搬（改 import 与配置读取）。 - 对外两段接口：prepare_segmentation（第 1–2 步）与 quantify_case（第 4–9 步）。 - 第 3 条：删掉 D1 取医生标注时刻的模式，D1 只从拟合曲线算。 - 第 4 条：F1/F2 取视频第 20−X、60−X 秒（X 为视频第 0 秒时已推注的秒数），落在视频外记未定位。 - 绿框融合权重、紫圈颜色阈值照搬；关键帧容差窗口的出处写进 ceus.yaml 注释。 - segment：同一进程调用 MedSAM2，设置写进 ceus.yaml 的 segment 段，全部必填；gpu 测试真跑通过。 - 依赖加 scipy、matplotlib、medsam2（可编辑安装，不编译 CUDA 扩展）；uv 只解析 linux x86_64。 - 导入契约：只有 segment 引用 torch、sam2；segment 不引用其他 cadx 模块。 Co-Authored-By: Claude Opus 5.5 <noreply@anthropic.com>
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14 KiB
YAML
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# CEUS 定量的配置，给 scripts/ceus_quant.py 用。
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#
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# 分三段：paths（位置）、segment（分割设置，任务书 02 第二阶段加）、ceus（算法参数）。
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# ceus 段的字段定义和校验在 src/cadx/ceus/_config.py，segment 段在 src/cadx/segment/_config.py；
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# paths 段和最外层由 scripts/ceus_quant.py 定义。路径都相对仓库根目录。
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# 每个字段必填，可以没有的值写 null。
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#
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# ceus 段的数值逐个照抄旧项目 config/ceus_roi_default.yaml，没有改动（待定问题/02：参数何时冻结）。
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# 注释里的出处：
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# - 「出自旧项目」：旧 yaml 注释原样引用的来源。其中 findings 指旧项目
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# research-wiki/findings/2026-06-16-roi-tic-config-parameter-reference.md（伙伴参考组件
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# references/ROI/ 那套参数的原始口径），§2A 指「删键即静默退化、yaml 值与代码默认不同」的那批；
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# design/00NN 指旧项目 research-wiki/design/；《临床口径契约》在 Linear，抄本可能过期。
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# - 「旧项目工程侧定的，无出处」：旧 yaml 没给来源的值。
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paths:
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delivery_dir: data/交付包_20260908_40例 # 交付包位置，相对仓库根目录
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runs_root: runs/ceus # 每次运行一个子目录，只追加不删
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work_root: work # 可删掉重算的中间文件（分割缓存）
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segment: # 分割设置，字段定义在 src/cadx/segment/_config.py。出自旧项目 debugs/medsam2_local_track.py
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medsam2_dir: reference/MedSAM2 # MedSAM2 代码，提交号从它的 .git 读。旧脚本是远程 /home/wangwenhan/MedSAM2
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checkpoint: models/MedSAM2_latest.pt # 权重。旧脚本是 MedSAM2/checkpoints/MedSAM2_latest.pt
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sam2_config: configs/sam2.1_hiera_t512.yaml # 模型配置的 Hydra 名（相对 sam2 包）。照旧脚本 DEFAULT_MEDSAM2_CFG
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device: cuda # 照旧脚本 DEFAULT_DEVICE
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offload_video_to_cpu: false # 照旧脚本：t1_local_debug.py 调它时没开这个开关
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offload_state_to_cpu: false # 同上
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ceus:
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config_version: "4" # 参数口径版本号，由人改。出自旧项目：Lognormal-v2 参数口径（design/0044）
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views: # 出自旧项目：findings §3.1 视图切分
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layout: horizontal_split # 屏幕左右各一半。出自旧项目 findings §3.1
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split_sample_frames: 25 # 找分屏线只用均匀抽的 25 帧。旧 debug 脚本写死的数，旧项目工程侧定的，无出处
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split_search_band: [0.35, 0.65] # 只在宽度的这一段里找分屏线。旧 detect_split_x 的参数默认值，旧项目工程侧定的，无出处
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prompt_source: # 出自旧项目：findings §3.2 绿框检测
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type: color_polygon # 出自旧项目 findings §3.2
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hsv_lower: [35, 60, 60] # 出自旧项目 findings §3.2
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hsv_upper: [90, 255, 255] # 出自旧项目 findings §3.2
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ignore_regions: [[0.0, 0.0, 1.0, 0.0834]] # 抹掉顶部约 8.34% 的文字带。出自旧项目 findings §3.2
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min_area: 10000 # 外接框面积 w×h（findings §2D）。出自旧项目 findings §3.2
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pan_source: # 紫圈检测（待定问题/08）。出自旧项目 design/0030 决策四；旧 yaml 注明全部是占位、待真实素材标定
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type: color_polygon # 旧项目工程侧定的，无出处
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hsv_lower: [125, 60, 60] # 占位，待标定。出自旧项目 design/0030 决策四
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hsv_upper: [165, 255, 255] # 占位，待标定。出自旧项目 design/0030 决策四
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ignore_regions: [[0.0, 0.0, 1.0, 0.0834]] # 占位，同绿框那条顶部文字带。出自旧项目 design/0030 决策四
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min_area: 2000 # 占位，待标定。出自旧项目 design/0030 决策四
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min_detected_frame_fraction: 0.9 # 占位，待标定。出自旧项目 design/0030 决策四
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keyframes: # 提示帧选择（不是第 8 步的关键帧）。出自旧项目：findings §3.3
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change_metric: mask_iou # 出自旧项目 findings §3.3
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iou_threshold: 0.92 # 出自旧项目 findings §3.3
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min_gap_frames: 1 # 出自旧项目 findings §3.3
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smoothing: # 出自旧项目：findings §3.6 轮廓分辨率与时间平滑
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contour_points: 64 # 出自旧项目 findings §3.6
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temporal_window: 15 # 须奇数。出自旧项目 findings §3.6
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roi_shape: # 最终轮廓与绿框的融合（待定问题/01）。出自旧项目：findings §3.7
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source: prompt_prior # findings §2A：非代码默认 medsam2。出自旧项目 findings §3.7
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keyframe_shape_strength: 1.0 # 出自旧项目 findings §3.7
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propagation_shape_strength: 0.75 # 出自旧项目 findings §3.7
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min_area_ratio_to_prompt: 0.70 # 须 < max。出自旧项目 findings §3.7
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max_area_ratio_to_prompt: 1.25 # 出自旧项目 findings §3.7
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interior_dark_region: # 暗区识别。出自旧项目：findings §3.8
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enabled: true # findings §2A：非代码默认 false。出自旧项目 findings §3.8
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analysis_view: source # findings §2A：非代码默认 target。出自旧项目 findings §3.8
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exclude_prompt_color: true # findings §2A：非代码默认 false。出自旧项目 findings §3.8
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threshold_method: auto_ensemble # findings §2A：非代码默认 otsu。出自旧项目 findings §3.8
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candidate_methods: [otsu, adaptive, percentile, kmeans, clahe_otsu] # 出自旧项目 findings §3.8
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threshold_offset: 0 # 出自旧项目 findings §3.8
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min_area: 300 # findings §2A：非代码默认 64。出自旧项目 findings §3.8
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min_area_ratio: 0.015 # findings §2A：非代码默认 0.0。出自旧项目 findings §3.8
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# 下面四项旧 schema 里没有，旧 dark_region.py 用 getattr(..., 默认值) 读，这里照旧值写出来。
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# 旧项目工程侧定的，无出处
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max_regions: null # 每帧最多保留几块暗区，null 不限
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max_contours_per_region: null # 每块暗区最多取几条外轮廓，null 不限
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preferred_area_ratio_range: null # 暗区占 ROI 面积的偏好区间 [lo, hi]，null 时面积分偏好占一半
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prompt_exclude_dilate: 3 # 剔绿框色前对绿色像素的膨胀核边长（与 tic_analysis 那个是两个独立的数）
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preserve_holes: true # 出自旧项目 findings §3.8
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fill_holes: false # 出自旧项目 findings §3.8
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morphology_kernel: 5 # 出自旧项目 findings §3.8
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fragment_penalty_weight: 0.08 # 出自旧项目 findings §3.8
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temporal_consistency_weight: 0.35 # 出自旧项目 findings §3.8
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contour_points: 64 # 出自旧项目 findings §3.8
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# 以下是各方法的子参数：参考 yaml 没列，取参考代码的默认值。出自旧项目 findings §2C、§3.8
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percentile: 45.0 # 出自旧项目 findings §2C
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threshold: 96 # absolute 法的固定灰度阈值。出自旧项目 findings §2C
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adaptive_block_size: 31 # 须奇数 ≥3。出自旧项目 findings §2C
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adaptive_c: 5.0 # 出自旧项目 findings §2C
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kmeans_max_iter: 30 # 出自旧项目 findings §2C
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kmeans_attempts: 3 # 出自旧项目 findings §2C
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clahe_clip_limit: 2.0 # 出自旧项目 findings §2C
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clahe_tile_grid_size: 8 # 出自旧项目 findings §2C
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constraints: # 出自旧项目：findings §3.9 提示帧位置约束
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keyframe_position:
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enabled: true # findings §2A：非代码默认 false。出自旧项目 findings §3.9
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mode: center_interpolation # 出自旧项目 findings §3.9
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strength: 1.0 # 截到 [0, 1]。出自旧项目 findings §3.9
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tic_analysis: # 出自旧项目：findings §3.11 TIC 曲线（参考 yaml 整块不存在，取参考代码默认值）
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brightness_metric: grayscale_mean # 出自旧项目 findings §3.11
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exclude_prompt_color: true # 出自旧项目 findings §3.11
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prompt_exclude_dilate: 3 # 出自旧项目 findings §3.11
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baseline: # 增强前基线。出自旧项目 design/0030 决策二
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preferred_duration_s: 2.0 # 出自旧项目：Linear《临床口径契约》
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minimum_duration_s: 1.0 # 出自旧项目：Linear《临床口径契约》
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stability_sd_multiplier: 3.0 # 临床口径里没有这个判据，旧项目工程侧占位，无出处
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reference_region: # 病灶外背景圆。出自旧项目 findings §3.11
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enabled: true # 出自旧项目 findings §3.11
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mode: auto_near_roi # 出自旧项目 findings §3.11
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radius_px: 24 # 出自旧项目 findings §3.11
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min_distance_px: 12 # 出自旧项目 findings §3.11
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nonblack_threshold: 12 # 出自旧项目 findings §3.11
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min_valid_fraction: 0.65 # 出自旧项目 findings §3.11
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center_xy: null # manual 模式必填。出自旧项目 findings §3.11
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fitting: # Lognormal 拟合。出自旧项目 design/0044：工程验收占位，代表性开发集标定后一次性锁定
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algorithm_version: lognormal-v2 # 出自旧项目 design/0044
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detect_duplicate_frames: true # 出自旧项目 design/0044
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candidate_window_s: 1.5 # 二阶 Savitzky-Golay 只做候选检测，窗口按秒。出自旧项目 design/0044
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candidate_long_window_s: 5.0 # 宏观团注候选，抑制逐帧掩膜与压缩波动。出自旧项目 design/0044
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candidate_polyorder: 2 # 出自旧项目 design/0044
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max_candidate_gap_s: 0.5 # 出自旧项目 design/0044
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duplicate_mean_absdiff_threshold: 0.25 # 8 位灰度的平均绝对差。出自旧项目 design/0044
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minimum_valid_samples: 20 # 出自旧项目 design/0044
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minimum_peak_distance_s: 1.0 # 出自旧项目 design/0044
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minimum_relative_peak_height: 0.10 # 出自旧项目 design/0044
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multi_peak_minimum_separation_s: 5.0 # 出自旧项目 design/0044
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multi_peak_minimum_relative_height: 0.50 # 出自旧项目 design/0044
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multi_peak_maximum_valley_fraction: 0.25 # 出自旧项目 design/0044
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sigma_min: 0.08 # 出自旧项目 design/0044
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sigma_max: 2.5 # 出自旧项目 design/0044
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robust_loss: soft_l1 # 出自旧项目 design/0044
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max_nfev: 4000 # 出自旧项目 design/0044
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minimum_r2: 0.35 # 出自旧项目 design/0044
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maximum_nrmse: 0.45 # 出自旧项目 design/0044
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maximum_residual_noise_ratio: 2.0 # 残差不高于基线噪声同量级时允许低 R²。出自旧项目 design/0044
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boundary_margin_s: 0.25 # 出自旧项目 design/0044
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estimated_baseline_percentile: 15.0 # 无稳定开头时的有界基线先验。出自旧项目 design/0044
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estimated_baseline_lookback_s: 10.0 # 允许 t0 位于视频起点前，但截图不外推。出自旧项目 design/0044
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maximum_perf_area_step_fraction: 0.15 # 相邻帧去暗区面积比例最大变化。出自旧项目 design/0044
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parameter_boundary_fraction: 0.001 # 形状参数贴边判据占允许区间的比例。出自旧项目 design/0044
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anchor_frames: # 7 张关键帧定位（第 8 步）。出自旧项目 design/0040 决策二
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# 下面这批数旧项目注明镜像自 Linear《临床口径契约》（2026-08-25 版，同步日期 2026-09-01），
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# 动任何一个之前先去那边核对。容差窗口的出处任务书 02 第二阶段逐个核对过（旧 yaml 注释、
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# 旧 research-wiki/explanation/tic-quantification-encoding.md 第 8、9 节、
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# 旧 research-wiki/reference/glossary.md「锚点帧」两张表、旧 design/0030 的「已定的事」表）。
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arrival: # 到达判据，门槛取两个候选的高者。出自旧项目：《临床口径契约》5.2
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baseline_sd_multiplier: 3.0 # 候选一：基线抖动 ×3.0。出自旧项目：《临床口径契约》5.2
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relative_peak_threshold: 0.10 # 候选二：峰高 ×0.10。出自旧项目：《临床口径契约》5.2
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persistence_s: 0.5 # 越线后连续保持 0.5 秒。出自旧项目：《临床口径契约》（08-23 确认）
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# 主峰突出度门槛：基线抖动 ×3。与到达判据那个 3.0 是两个独立的数，改一个不连带改另一个。
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# 出自旧项目：《临床口径契约》第六节
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peak_prominence_baseline_sd_multiplier: 3.0
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baseline_frame_backoff_s: 0.3 # B0 锚点 = 到达时刻再往前 0.3 秒。出自旧项目：《临床口径契约》5.11（临床方原规范 §13.2）
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# D1 窗 [锚点, 锚点+0.5 秒]（不许取到达之前）。出自旧项目：《临床口径契约》第 12 题四个容差之一，
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# 对应临床方原规范 §13.3
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d1_window_after_s: 0.5
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d2_window_s: 0.3 # D2 窗 ±0.3 秒。出自旧项目：《临床口径契约》第 12 题，临床方原规范 §13.4
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d3_window_s: 0.5 # D3 窗 ±0.5 秒。出自旧项目：《临床口径契约》第 12 题，临床方原规范 §13.5
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# D4 窗 ±0.5 秒：临床方原规范 §13.6 只给约束（晚于主峰、不许用最后一帧）不给窗口，契约第 12 题
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# 委托工程侧。旧项目工程侧定，理由是 D4 与 D2/D3 同属曲线形状锚点，洗出段比洗入段平缓、导数
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# 极值定位误差更大，取 D2/D3 中较宽的一档。无外部出处
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d4_window_s: 0.5
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# B0 窗 ±0.5 秒：临床口径只说「视频开始到到达前 0.3 秒之间挑帧」，没给窗口。旧项目工程侧取与 D4
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# 同档，无外部出处
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b0_window_s: 0.5
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late_phase:
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# F2 锚点：推注后 60 秒。出自旧项目：《临床口径契约》，临床方 2026-08-16 定（旧 glossary 记 HAI-75）
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preferred_time_s: 60.0
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# F2 容差 ±2 秒（只属于 F2）。出自旧项目：《临床口径契约》第 12 题四个容差之四，临床方原规范
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# §10.1、§13.7
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tolerance_s: 2.0
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# F1 锚点：推注后 20 秒。出自旧项目：《临床口径契约》（08-16 口头定）。
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# F1 没有容差键：旧项目工程侧暂定「无上限，在视频有效帧范围内取最近的一帧」（旧
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# tic-quantification-encoding.md 第 8 节），临床方没给容差，无外部出处
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f1_anchor_s: 20.0
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