iomgaa/CADx-4
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iomgaa 77ee03f9a3 docs: 任务书 04 加资料库清理：tic.json 只留两组指标与关键帧时间，关键图并入 keyframes/ 
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 2026-10-17 09:01:27 -04:00
iomgaa 9e1d37b34c docs: 任务书 04 核对包改成医生读得懂；紫圈与病灶去暗区两组灌注指标 
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 2026-10-17 08:52:01 -04:00
iomgaa 0c24f6b89d docs(结构): 规模表改为审阅修改后的行数 
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 2026-10-17 06:08:42 -04:00
iomgaa 0066342887 docs: WORK_LOG 记任务书 03 完成与真跑结果 
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 2026-10-17 06:06:44 -04:00
iomgaa c7373efde2 feat(review): 医生核对包入口；CEUS 运行目录的读取收进 runs 
- 新模块 review（组织层，只依赖 library、answers、runs）：把一次构建和它装入的
  CEUS 运行整理成医生可读的文件夹（CSV 带 BOM、说明与报告转 PDF、图片视频逐字节拷贝），
  入口 scripts/review_pack.py + config/review_pack.yaml。任务书 03。
- 读 CEUS 运行目录（failed.csv、结果目录、关键帧文件）从 build 挪进 runs，build 与
  review 都经它读；failed.csv 读取在边界上收严（步号须为整数、视频号不重复、列数固定）。
- library、answers 补只读函数；import-linter 增 review 契约。
- 文档：guides/医生核对包.md（过一轮硕士生阅读），结构.md 第三至八部分同步。

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 2026-10-17 06:04:19 -04:00
iomgaa 14d6f8e153 docs: 任务书 03 医生核对包；TIC 拟合约束文献核查记录 
来源：负责人 2026-10-17 要求把 29 例处理结果整理成医生能看的格式并做成长期入口（表格 CSV、文字 PDF、视频不压缩、不向医生提问、问题清单只写现象）；文献核查为负责人要求的质量门依据核对，结论待医生看过后再定。

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 2026-10-17 05:09:34 -04:00
iomgaa 2753ea7721 feat(build): 资料库装入全量 CEUS 结果；补 CEUS 定量使用说明 
- config/build.yaml 的 ceus_run 指向全量运行 runs/ceus/20261016-090325-1de88a5-dirty；
  test_committed_config_is_valid 随之改为断言指向 runs/ceus/ 下跑完的运行目录。
- config/ceus.yaml 配准门槛注释注明全量运行复算的分布相同。
- 新增 research-wiki/guides/CEUS定量.md（已过一轮硕士生阅读）；装配两个库.md 补上 CEUS 运行与
  交付包的三条核对、finished.json；结构.md 行数表按当前代码更新。
- WORK_LOG 记任务书 02 完成情况。

来源：任务书 02 第四阶段。

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 2026-10-16 09:49:53 -04:00
iomgaa 1de88a5d0a fix(ceus): 降低长视频内存峰值，快照开跑即写，build 核对 CEUS 运行与交付包 
- 内存：prepare_segmentation 改为流式解码，只留分屏和配准的抽样帧，绿框逐帧在两半上找；
  分割那一半由 SegmentationInput.target_frames() 到用时再解码，segment_video 边读边写 jpg；
  MedSAM2 init_state 的读帧换成直接在存放设备上建张量（不改 MedSAM2 源码，结果逐位相同）；
  传播结果写进预分配数组。帧数最多的一段视频常驻内存峰值 11.2 GiB → 2.3 GiB，分辨率最大的
  一段原代码被 OOM 杀掉、现为 4.2 GiB；两段的掩码和全部产物与改前逐字节相同，33 段视频的
  第 1–2 步结果与改前一致，29 例配准与 review.csv 一致。
- 快照：ceus_quant 开跑时写 snapshot/（git、ceus.yaml、review.csv、uv.lock、segment.json），
  配置和核对表从快照副本读；收尾由新函数 runs.finish_snapshot 只新建 finished.json。
  build 与 ceus_align_review 同样改用 finish_snapshot 记结束时间。
- build：summary.json 加 video_sha256；装 CEUS 结果时核对快照里的 delivery_dir、逐例核对
  视频 SHA-256 和推注时间，不同就整次停下；新字段做类型检查，不进 tic.json。

来源：主会话任务（问题 1–3 及补充的 delivery_dir 比对）。

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 2026-10-16 09:01:44 -04:00
iomgaa e165b32b9d chore(ceus): align_review 指向 2026-10-16 通过的配准目视核对 
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 2026-10-16 07:02:14 -04:00
iomgaa 00ebbffb28 feat(ceus): 两半坐标换算改为每段视频配准，加目视核对脚本 
- 第 1 步分屏后在两半扇形区内用边缘图归一化互相关估 (dx, dy)，再用逐帧多块模板匹配的中位数独立核对；
  两者各分量之差超过门槛（15 像素）这一例第 1 步失败。删掉「两个视图左上角相减」的实现与测试。
- 门槛依据：34 例中走完第 1 步的 29 例，差值中位 2、95 分位 6.2、最大 13；参数与门槛在同一批视频上调出。
- scripts/ceus_align_review.py：只做第 1 步，出扇形区棋盘图与边缘叠加图，混入错开 15–30 像素的
  阴性对照、随机编号；计分时任一对照未被判「没对齐」即作废。
- ceus_quant 读 review.csv：不通过的病例第 1 步失败；表里没有这段视频或平移对不上即停。
- 配准与紫圈颜色参数进分割缓存键。

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 2026-10-16 06:47:27 -04:00
iomgaa c582fe426f feat(build): 任务书 02 第四阶段代码——build 装入 CEUS 结果 
- build.yaml 加必填字段 ceus_run（CEUS 运行目录或 null）。
- 不为 null 时按视频号找结果；在 failed.csv 里或缺结果目录的整例跳过，记 C15；关键帧图沿用 C14 检查。
- 资料库超声一路加 keyframes/<槽位>.png（去附加数据重编码）和 tic.json（白名单逐字段构造：
  四条曲线的拟合成败与 R²、灌注指标、紫圈曲线是否可用、7 个槽位的定位与视频时间或原因）。
- manifest 的 CEUS 来源写运行号；泄露扫描已覆盖 tic.json，补命中测试。
- 真实构建等配准改完、全量 CEUS 运行之后再做。

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 2026-10-16 05:55:57 -04:00
iomgaa e78d1b50b8 docs(任务书02): 两半坐标换算改为每段视频配准，全量运行前由子 Agent 带阴性对照做目视核对 
来源：执行者 2026-10-16 实测两半残余错位 −10 到 +182 像素；负责人 2026-10-16 同意配准方案和子 Agent 目视核对。

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 2026-10-16 05:54:15 -04:00
iomgaa 3524b31e3e feat(ceus): 任务书 02 第三阶段——scripts/ceus_quant.py 
- delivery 的 CaseRecord 加视频路径和推注时间（C04、C08 已检查过）。
- scripts/ceus_quant.py：读 ceus.yaml，跑检查全部通过的病例；runs/ceus/<运行号>/ 先写 .partial
  再改名；第 1–6 步的单例失败记 failed.csv 后接着跑；终端只打印计数。
- 分割缓存 work/segment_cache/<键>/：键含视频 SHA-256、第 1–3 步参数、权重 SHA-256、MedSAM2 提交号。
- 视频解码错误改为第 1 步的单例失败（VideoDecodeError），不再停掉整次运行（审阅意见）。
- 暗区 kmeans 用 cv2 进程级随机数，结果受病例顺序影响；ceus 配置加必填 random_seed，每例第 4 步前设种子。
- segment 导出 cuda_peak_memory_bytes，供运行快照记录显存峰值。

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 2026-10-16 05:30:29 -04:00
iomgaa 150eb5f6ae feat(ceus,segment): 任务书 02 第二阶段——分割和后半段算法 
- ceus 迁入 polygons、dark_region、reference_region、tic_fitting、tic、anchor_frames、
  perfusion_metrics、trajectory、tic_curves、tic_plot、overlay，旧测试照搬（改 import 与配置读取）。
- 对外两段接口：prepare_segmentation（第 1–2 步）与 quantify_case（第 4–9 步）。
- 第 3 条：删掉 D1 取医生标注时刻的模式，D1 只从拟合曲线算。
- 第 4 条：F1/F2 取视频第 20−X、60−X 秒（X 为视频第 0 秒时已推注的秒数），落在视频外记未定位。
- 绿框融合权重、紫圈颜色阈值照搬；关键帧容差窗口的出处写进 ceus.yaml 注释。
- segment：同一进程调用 MedSAM2，设置写进 ceus.yaml 的 segment 段，全部必填；gpu 测试真跑通过。
- 依赖加 scipy、matplotlib、medsam2（可编辑安装，不编译 CUDA 扩展）；uv 只解析 linux x86_64。
- 导入契约：只有 segment 引用 torch、sam2；segment 不引用其他 cadx 模块。

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 2026-10-16 05:07:02 -04:00
iomgaa 9a916c65a5 feat(ceus): 任务书 02 第一阶段——底层和分割之前的算法；修复 C14 
任务书 01 遗留修复（C14）：
- library 新增 check_key_image(path)：关键图能逐像素保真重编码时返回 None，否则返回原因；
  _write_clean_png 的判断移过去，自身保留断言性质报错（走到这里说明 build 漏了检查）。
- build 写库前对每例调用，返回原因的整例跳过，记 C14「关键图能原样重编码」，涉及值写原因。
- 原来三条「关键图格式不对整次构建停下」的测试改为整例跳过，另加非 PNG、library 漏检报错两条。
- 结构.md 第八部分、guides/装配两个库.md 相应几行改掉。

第一阶段（src/cadx/ceus/）：
- 照搬旧 geometry、video_decoder、research_config、split_screen、green_prompt、prompt_frames、
  mapping，去掉产品层，注释改中文。
- 配置类去掉全部默认值，strict、extra=forbid、frozen；新建 config/ceus.yaml（paths、ceus 两段），
  数值照抄旧 yaml，逐项注明出处。删去 source_view/target_view、effective_region、mapping 锚点；
  旧代码写死的分屏抽帧数 25 和搜索区间 (0.35, 0.65) 改成配置，值不变。
- 视频解码改为按路径用 cv2 逐帧读。
- 坐标换算改为两个视图矩形左上角之差，不再用按某种宽度写死的锚点。
- 造影画面在哪一半：两半各自选提示帧，恰好一半有才定，否则抛 ContrastSideError（CeusCaseError
  子类，带步号和原因，供第三阶段记 failed.csv）。
- 旧测试照搬（改 import 与配置读取方式），因上述改动不再成立的删去；新增两处修改的手算测试。
- import-linter 加「ceus 不引用其他 cadx 模块」。依赖加 numpy、opencv-python-headless。

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 2026-10-16 03:46:56 -04:00
iomgaa de1d6b2d51 docs: 任务书 02 CEUS 定量；待定问题 07、08；CEUS 运行产物改放 runs/ceus/ 
- 任务书 02：先修 C14（关键图问题改为跳过单例）；四阶段迁移 ceus、segment、
  ceus_quant、build 装入 8 张图中的 7 张关键帧与 tic.json；过一轮「硕士生阅读」
- 负责人 2026-10-16：MedSAM2 从远程拷贝最快；任务书一份；紫圈阈值先照搬并记待定问题；
  CEUS 整例失败跳过、拟合不过只缺 D1–D4，两点认可
- 待定问题 07（超声图上烧录的性别年龄）、08（紫圈颜色阈值是占位值）
- 结构.md：CEUS 运行产物进 runs/ceus/（会进资料库与论文，需可追溯），work/ 只放分割缓存

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 2026-10-16 03:24:01 -04:00
iomgaa bceb01e8fa feat: 装配两个库（不含 CEUS 结果） 
按任务书 01 实现 delivery、library、answers、runs（快照部分）、build 五个模块，
scripts/build.py、scripts/scan_library.py 与 config/build.yaml（decode_codes: false）。
交付包整表检查 T1–T4、映射表检查 T5、逐例检查 C01–C13，一例遇到第一项不过即整例跳过。

与任务书原文的出入：
- C04 报告表名随视频名配对（负责人 2026-10-16 定）。
- 按两轮独立审阅加严 C11（更多换行符、比例号冒号）、C12（同义词与词根）、
  C13（空格、周岁、中文数字、繁体）；泄露扫描做 NFKC；关键图只接受能保真重编码的 PNG；
  YAML 配置拒绝重复键和空路径。
- import-linter 第 1 条拆成互不依赖与不引用其他 cadx 模块两条。

文档：结构.md 第五、六、八部分按实际更新；新增 guides/装配两个库.md；WORK_LOG 更新。

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 2026-10-16 03:00:20 -04:00
iomgaa bcd5932a66 docs: 诊断编码改归解码开关管 
负责人 2026-10-16「诊断编码归开关管，实现统一」：映射表加 Diagnosis 一项（17 项），
管三张表的诊断列；不再从报告表列名取编码含义；decode_codes 为 false 时答案库诊断名留空。

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 2026-10-16 01:18:23 -04:00
iomgaa fa962a2672 docs: 任务书 01 装配两个库；待定问题 06 超声描述中段的造影提示 
- 任务书 01：配置、delivery 的 T1–T5 与 C01–C13 检查、library/answers 布局、
  快照、build、测试、规模与审阅；已过一轮「硕士生阅读」并按意见修订
- C11 只认段首的结论标题；中段「造影提示：」按负责人 2026-10-16「先不进行任何处理」
  原样保留，记入待定问题 06 待问医生
- 结构.md 第五部分补「只有 library 引用 PIL」；WORK_LOG 更新下一步

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 2026-10-16 01:14:04 -04:00
iomgaa 9c636c0a4f docs: 补整体框架图与参数系统，交付资料检查改为整例跳过 
- 结构.md 第二部分加四段整体框架图；第五部分新增「配置」：每段一份 YAML、
  pydantic 定义、只接收配置路径、编码解码开关与独立映射表
- 结构.md 第三、四部分：检查不过整例跳过，答案库存三表诊断、化名对照、跳过清单
- AGENTS.md「错误怎么处理」加交付资料单例问题的例外。来源：负责人 2026-10-16
  「都是遇到整个病例跳过，让医生核对去吧」
- 待定问题/03 补被跳过病例；WORK_LOG 记决定与下一步

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 2026-10-16 01:02:16 -04:00
iomgaa 9b2f842559 docs: 架构定稿——四段流水线、两个库与待定问题 
负责人 2026-10-16 定：数据流为「医院原始资料->中间文件->给专家的资料库 & 标准答案库」；
两个库和中间文件都用文件夹，SQLite 只用于调模型账本；调模型用 PolyGateway；CEUS 直接逐个
迁移；数据格式和口径以 40 例交付包为准。存储与迁移方案先由两个中立子 Agent 独立评审。

- design 0002：八条决定及负责人原话（化名与打乱顺序一条为 Agent 提出）
- explanation/结构.md 对照 ClinDB 的结构文档重写：切分原则、完整范围、12 个模块与依赖、
  边界、两个库与 CEUS 中间文件的内容、目录与检查、规模、推进顺序
- research-wiki/待定问题/：绿框、参数冻结、排除标准、跨表不一致四个问题；定了就删
- AGENTS.md：事实来源加「交付资料的格式和口径以最新交付包为准」
- .gitignore 与 pre-commit 拦截 library/、answers/、work/

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 2026-10-16 00:44:42 -04:00
iomgaa 22cf532dc4 docs: WORK_LOG 记首次提交 
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 2026-10-15 23:42:45 -04:00
iomgaa 1f7a6a3d9c docs: 协作规则、工作记录与 research-wiki 文档体系 
从产品重构为研究原型的第一步（负责人 2026-10-15：「其其实不需要（至少目前不需要）
是一个工程产品」）。协作环境照 ClinDB-ReviewBench（负责人点名参考）。

- AGENTS.md 为唯一规则，CLAUDE.md 只引用它；硬性约束保留旧项目的答案隔离、各路隔离，
  加上数字可追溯、花钱先报预估等
- WORK_LOG.md 记当前状态与负责人的关键决定
- research-wiki：README、explanation/结构.md（8 个模块、依赖边界、推进顺序）、
  design/0001（为什么重构、继承与放弃什么、单一 uv 环境）、guides/开发环境.md
- 三份新文档过了一轮「硕士生阅读」并按意见修订

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 2026-10-15 23:42:37 -04:00
iomgaa 5eb38df22d build: uv 工具链、检查命令与提交前检查 
- pyproject：Python 3.12、ruff、pyright strict、pytest（live/gpu 标记）、import-linter；
  首条导入契约：cadx 不导入 torch、sam2（design 0001 第 7 条）
- Makefile：sync/fmt/test/check
- pre-commit：gitleaks、拦截 data/runs/reference/reference-pdf/models 与 .env、ruff format
- 空包 cadx 与一项导入测试，让 make check 能跑通

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 2026-10-15 23:42:36 -04:00