Bepr4
977bfb832b
- README 更新项目定位为实验室共用清洗库，明确 data/ 职责与 profile 复用原则； - 新增 ClinDB-ReviewBench（论文清洗）5 份 Markdown 问题审计（scratch）， 并确定第一版清洗范围：9 类确定性规则（reference/CLINDB_REVIEWBENCH_CLEANING_SCOPE.md）； - 45 份政务文档审计重命名为 GOVDOC_SAAS_CLEANING_SCOPE.md，截去第 6 节起的 实施建议，只保留问题报告（396 行）； - 收录 2026-08-20 生态调研草稿（scratch）。
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# data/ 五份论文 Markdown 审计报告（2026-08-21）
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> 状态：scratch 草稿，供评审。清洗力度由师姐逐项决定，本报告只列问题、证据和可选处置，不做力度决策。
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## 1. 结论摘要
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- 五份文件均为英文学术论文的 PDF→Markdown 转换产物，分属 5 个来源（JAMA、EJHF、Statistics in Medicine/arXiv、Springer/arXiv、Disaster Med Public Health Preparedness），噪声特征差异很大，不能用一套固定规则覆盖。
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- 最严重的问题不是格式噪声，而是**内容丢失**：2 份文件中途截断，1 份（JAMA）所有表格整体缺失。这类问题清洗无法恢复，只能重新转换或人工补录。
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- JAMA 文件的原始 PDF 是**未定稿的 Word 修订稿**，行号、审阅批注、修订残留词对全部泄漏进正文，是五份中污染最重的。
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- 格式类噪声（双重转义实体 31 处、孤行公式编号 12 处、空行断句、标题层级扁平、引用上标混用等）确定可清洗，风险低。
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- 少数问题涉及**语义改变**（数学公式被 OCR 改错、乱码替换专名），自动清洗有改错正文的风险，建议人工确认。
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## 2. 审计范围与方法
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- 对象：`data/*/markdowns/*.md` 共 5 份，逐行人工通读；行号均指 markdowns 下的 md 文件。
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- 辅助统计（本轮实际执行）：标题层级计数、图片/表格/实体/批注/arXiv 戳的 grep 计数。
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- 判定原则：只把"转换管线引入的噪声"列为清洗对象；原文自身的写作瑕疵（如语法错误）不属于转换噪声，单独列出并标注"不建议清洗"。
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- 未验证项：未与原 PDF 逐页比对内容完整性，"缺失"结论基于文内自引用（如正文提到 Table 2 但全文无 Table 2）和文件截断位置。
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## 3. 总体统计
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| 文件（下文简称） | 行数 | H1 | H2 | H3+ | 图片 | HTML表格 | 双重转义 | 孤行编号 | 批注 | arXiv边栏戳 |
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| dmp (Disaster Med) | 208 | 0 | 11 | 0 | 1 | 7 | 23 | 0 | 0 | 0 |
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| jama (JAMA 2024) | 349 | 2 | 10 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 |
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| ejhf (EJHF 2020) | 143 | 1 | 13 | 0 | 1 | 1 | 8 | 0 | 0 | 0 |
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| sim (Stat Med/arXiv) | 247 | 2 | 11 | 0 | 2 | 0 | 0 | 12 | 0 | 1 |
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| springer (ICU LSTM) | 154 | 1 | 12 | 0 | 4 | 1 | 0 | 1 | 0 | 1 |
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补充：jama 有 128 行以"行号+空格"开头（手稿行号泄漏）；springer 的 3 处 arXiv 字符串中 2 处是参考文献的正常引用，仅 1 处是边栏戳。
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## 4. 问题清单
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每项标注：【确定】= 确定是转换噪声，可安全清洗；【语义】= 涉及内容判断，建议人工确认；【丢失】= 内容缺失，清洗不可恢复。处置选项仅供师姐选择。
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### A. 内容级问题（最严重）
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**A1【丢失】两份文件中途截断**
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- ejhf 第 143 行在 Table 1 HTML 表格中间戛然而止（"Medical history at randomization, no. (%)" 行后为空单元格）。Table 1 后半、Tables 2–4、全部图注、参考文献整体缺失。
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- sim 第 247 行止于方法 M5 描述中间，且结尾 URL 损坏（`https://cran.r-project.org/web/p6$^{10}$`）。第 3 节（结果）、4、5 节、参考文献、附录缺失。
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- 处置选项：a) 退回重新转换；b) 接受现状并在元数据标记"截断"；c) 人工补录缺失部分。清洗管线本身无法解决。
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**A2【丢失】jama 全部表格缺失**
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- 正文多处引用 Table、Box 1、eTables 1–3，但全文 0 个表格、0 张图片。摘要性内容（如各器官系统阈值表）完全丢失。
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- 处置选项：同 A1。
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**A3【丢失】dmp 的 FIGURE 1 流程图被转成 HTML 表格**
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- 第 83 行：流程图（决策树）被输出为单行 HTML 表格，图形语义尽失，仅 FIGURE 2（第 111 行）保留为图片。
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- 处置选项：a) 保留现状（有总比没有好）；b) 重新转换该页；c) 人工用图片替换。
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**A4【丢失】sim 第 93 行句子开头缺失**
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- "/unpenalized) regression models" 以斜杠开头，前文整句丢失。
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- 处置选项：标记为损坏片段，或对照原文补录。
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### B. 草稿/修订痕迹泄漏（仅 jama，原稿是 Word 修订稿）
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**B1【确定】手稿行号泄漏（128 行）**
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- 正文行以行号开头："25 increase in the Sequential..."（第 115 行）、"26 with suspected infection"（第 116 行）等；标题也带行号："## 116 Results/recommandations"（第 149 行）、"## 117 Criteria..."（第 151 行）、"## 143 Organ dysfunction..."（第 165 行）。
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- 处置选项：a) 剥离行首行号（注意与正常编号列表、年份区分）；b) 连同批注一起整体退回，要求提供定稿版。
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**B2【确定】审阅批注泄漏（2 处）**
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- 第 155–157 行："Commented [LS1]: Why highlighted?"、"Commented [SW2R1]: To make sure we use capital letters..."。
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- 处置选项：整段删除。注意第 292 行还有一句删除文字与保留文字混杂的句子（"Appropriate process and balancing measures Efforts to enhance..."），需人工断句。
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**B3【语义】Word 修订残留词对（约 7 处）**
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- "defined identified by as"（第 91 行）、"defined identified using by"（第 153 行）、"defined identified as in sepsis-septic patients"（第 116 行）、"defined indicate by as"（第 163 行）、"was were derived"（第 306 行）、"The new-Phoenix"（第 197 行）等——是"插入词+删除词"并存的痕迹。
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- 哪个词是最终保留词需要对照定稿判断，自动二选一有风险。处置选项：a) 人工逐处确认；b) 退回要定稿。
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**B4【确定】未填占位符**
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- "XX societies"（第 101 行）、"XX-microbiological testing and YY-antibiotics"（第 302 行）、"Endorsing societies: To be populated after acceptance"（第 317 行）。
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- 处置选项：保留并标记待补，或等定稿填充后再清洗。
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**B5【确定】日期损坏**
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- 第 85 行 "Revision date: December 3122, 2023"。
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- 处置选项：对照原文改为 2023 年内正确日期（人工）。
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### C. 标题结构问题
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**C1【确定】标题层级扁平**
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- dmp：0 个 H1，11 个 H2 全部同级（含 Introduction/Methods/Results 等，第 1,3,7,59,67,103,137,153 行）。
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- ejhf：主章节与子章节同为 H2（"## Methods" 第 51 行、"## Study population" 第 53 行），无层级区分。
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- 处置选项：按章节编号/语义推断层级（2.1 → H3），或统一降级保持平级。前者需人工核对推断结果。
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**C2【确定】标题被拆分成两行**
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- jama：标题拆成两个 H1（第 1–2 行 "International Consensus Criteria..." / "The Phoenix Pediatric Sepsis Criteria"，实为正副标题）。
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- sim：主标题拆成两个 H1（第 3–4 行 "Conounder selection..." / "treatment effect estimators"，且首词 "Conounder" 是 OCR 错字，原文应为 Confounder）；2.2 节标题拆两行（第 183/185 行 "…full matching on the propensity" / "## score"）。
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- 处置选项：合并为单标题；sim 主标题的 "Conounder" 拼写需对照原文确认（【语义】）。
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**C3【语义】乱码标题**
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- dmp 第 47 行 `## ่วง`（泰文字符）。按位置推断应为 METHODS，但不能凭推断改写正文级内容。
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- 处置选项：人工对照 PDF 改回，或删除该标题。
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**C4【确定】跑动页眉混入正文且被标为标题**
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- dmp 第 73、191 行 "## MSOFA Score for Critical Care Triage" 出现在句中和 REFERENCES 内；第 71→75 行一句话被它从中间切断。
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- 处置选项：删除页眉行并把被切断的句子接回。
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### D. 表格问题
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**D1【确定】表格压缩为单行 HTML**
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- 全部 9 个表格（dmp 7、ejhf 1、springer 1）都是 `<table>...</table>` 单行输出，diff、review、编辑都极难。
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- 处置选项：转 GFM 多行表格（简单表）；对含 rowspan/colspan 的复杂表保留 HTML 但格式化缩进。
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**D2【确定】HTML 实体双重转义（31 处）**
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- dmp 23 处（`&gt;400`、`&lt;1.2`、`MAP&lt;70`，第 27/33/39 行等）；ejhf 8 处（`A1C&lt;7`、`7≤A1C&lt;8`，第 143 行）。
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- 处置选项：还原一层转义（`&gt;` → `>`）。这是最安全的清洗之一。
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**D3【确定】合并单元格信息丢失**
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- dmp 第 33 行 Table 2 的 Liver 行出现空 `<td></td>`，跨行合并关系丢失，数值与表头对应断裂。
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- 处置选项：对照 PDF 人工修复合并结构，或标记为低可信表格。
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**D4【确定】表格行错误合并**
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- dmp 第 39 行 Table 3：四个器官系统 "Respiratory Coagulation Liver Cardiovascular" 被挤进一个单元格。
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- 处置选项：人工拆分修复。
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**D5【确定】表头 OCR 乱码**
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- springer 第 111 行 Table 1 表头 "Claesther"（应为 Classifier）。
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- 处置选项：人工改正（单处，低成本）。
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### E. 文本级损坏
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**E1【语义】跨脚本字符替换**
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- dmp 第 43 行 "atينS Hospital"、第 55 行 "ينDS Hospital"——阿拉伯字符 ين 替换了 "LD"（LDS Hospital 是机构专名）。
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- 处置选项：人工替换回 "LDS"。自动规则可检出非拉丁字符混入，但替换动作建议人工确认。
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**E2【确定】跨页断词**
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- dmp：第 125 行结尾 "…at the relevant thresh" + 第 127 行 "olds of 8 and 11"（单词 thresholds 被页边界切开）。
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- sim：第 87/89 行 "except possi-" / "bly via treatment"；第 217/219 行 "cre-" / "ated by permuting"。
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- 处置选项：拼接断词（去连字符合并）。需注意英语中合法的行尾连字符（如 "well-known"）不能误合并，建议只合并"行尾连字符+下一行首为小写字母且拼出的词在词表内"的情况，其余保留待审。
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**E3【确定】句内空行断句**
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- 大量段落被空行从句子中间切开：jama 第 103→105、113→115 行；ejhf 第 47–49、57–59、67–69、87–89、113–115、131–133 行；springer 第 16→20 行（中间还被 arXiv 戳隔开，见 H1）、42→44 行。
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- 处置选项：段内合并（前段末无句号且后段首为小写/连接词时拼接）。这是对 RAG 分块影响最大的问题之一。
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**E4【确定】段落内容错位/孤立行**
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- springer 第 63 行孤立 "1"（公式编号漂移，见 F1）；第 81–83 行 "…improve the simple Multilayer Perceptron… other deep models." 后接 "including RNNs and MLPs."，段落被错误切开。
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- 处置选项：结合上下文人工归位。
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### F. 数学公式问题（sim 最重，springer 次之）
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**F1【确定】公式编号漂移成孤行**
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- sim 12 处：第 63/70/81/107/117/133/145/153/161/171/179/197 行分别是 "1"、"2"、"(4)"…"(12)"；springer 第 63 行 "1"。
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- 处置选项：并入对应公式块或删除（若公式本体已带编号）。需逐处对照，不宜盲目删除。
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**F2【语义】公式内容被 OCR 改错**
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- sim 第 139 行 `$\exp(x) = \exp(x)/\{1+\exp(x)\}$`——这是 expit 函数定义（x↦e^x/(1+e^x)），左边的 $\exp(x)$ 应为 $x$ 或 expit(x)。OCR 错误改变了数学含义，且这种错误会误导下游读者。
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- 处置选项：人工对照原文修复；自动工具只能标记"公式与上下文不符"，不宜自动改。
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- sim 第 119 行 "weights w k" 下标丢失，同类。
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**F3【确定】LaTeX 冗余空格与风格不一**
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- sim 全文行内公式带前导空格（`$ \widehat{\psi}_{j} $`）、内部空格过多（`\widehat { \mathrm { E } } ( Y ^ { a } )`，第 150 行）。
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- 处置选项：规范化空格（不改变符号语义的前提下）。风险低但需保守，避免动 `\,` `\;` 等有意义的间距命令。
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**F4【确定】公式 OCR 字符间距拉宽**
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- springer 第 72/78 行 cases 环境里 `\mathrm { s u r v i v o r s ~ g r o u p }` 逐字空格。
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- 处置选项：去除字母间空格（保守做法：只处理 `\mathrm{}` 内的单字母间距模式）。
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### G. 格式不一致
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**G1【确定】引用上标风格混用**
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- 同一文件内 LaTeX `$^{1,2}$` 与 Unicode 上标（¹²、²⁻⁴、⁴⁹ ⁵⁰,⁵¹）并存：jama（第 115–116 行 Unicode vs 第 107/187 行 `$\geq 2$`）、ejhf（第 45–49 行 LaTeX vs 第 133 行 Unicode）、springer（第 5–6 行 `$ ^{1} $` vs 第 20 行 [1,2,4,3] 方括号）。
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- 处置选项：统一为一种（选哪种由师姐定，取决于下游用途：RAG 检索倾向 Unicode 纯文本，渲染倾向 LaTeX）。
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**G2【可能】数字格式不一致**
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- ejhf 第 55/57 行 "6068 patients" vs "4,091 patients"；dmp 第 91 行 "0.81-.85"（小数点前缺 0）。
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- 注意：springer 的 "61.532"、"46.520" 是欧式千分位，可能是原文排版而非转换噪声，不能自动统一。
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- 处置选项：统一千分位与小数风格；欧式写法是否转换需师姐定。
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**G3【确定】参考文献列表分隔不一致**
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- dmp：refs 1–18 空行分隔，19–33 连续堆叠（第 193–208 行）；springer：refs 1–8 空行分隔，9–19 连续堆叠（第 140–154 行）。
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- 处置选项：统一为一条一空行。
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### H. 非正文噪声与资产
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**H1【确定】arXiv 边栏戳**
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- sim 第 1 行 "arXiv:2001.08971v3 [stat.ME] 10 Oct 2020"；springer 第 18 行同类戳插在 Introduction 段落中间，把一段话切成三截（第 16/18/20 行）。
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- 处置选项：删除戳行并接回段落。注意别误删参考文献中的合法 "arXiv preprint arXiv:…"（springer 第 143/152 行）。
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**H2【确定】机构仓库封面页**
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- ejhf 第 1–11 行：Glasgow eprints 引用说明、版本声明、`http://eprints.gla.ac.uk/213358/`、"Deposited on: 27 April 2020"，以及封面图 ``（该图是仓库封面，不是论文插图）。
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- 处置选项：整体删除封面区；封面图一并删或移入元数据。对 RAG 是纯噪声。
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**H3【可能】图片相对路径依赖**
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- 全部图片用 `../images/` 相对路径（dmp 第 111 行、ejhf 封面、sim 第 229/231 行、springer 第 65/115/117/119 行）。md 文件一旦脱离原目录结构，图片全部失效。
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- 处置选项：a) 保持现状（目录结构不变时无碍）；b) 清洗时把路径改写为部署目标路径；c) 校验引用的图片文件是否存在并报告断链。sim 的 Figure 1 实为左右两个面板（sub0/sub1 两张图）共享一条图注（第 233 行），springer 的 Fig. 2 为三面板（sub1–sub3）——合并还是保持多图由师姐定。
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## 5. 不建议清洗的内容（保真边界）
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- **原文自身的写作瑕疵**：springer 论文语言明显不通（"was went to describe"、"In the other hand"、"section 4 discuss"），这是作者问题不是转换噪声，清洗工具不得改写学术内容。
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- **欧式千分位**（springer "61.532"）：疑似原文排版，自动统一有改数风险。
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- **专名与缩写的大小写、期刊缩写风格**：不属于转换噪声。
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- **A 类内容缺失**：不要试图用生成或推测内容"补全"缺失章节——宁可留空标记。
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## 6. 决策清单（供师姐勾选力度）
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| 编号 | 问题 | 涉及文件 | 建议决策点 |
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|---|---|---|---|
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| A1/A2/A4 | 截断与表格缺失 | ejhf, sim, jama | 重新转换 / 接受并标记 / 人工补录 |
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| A3 | 图转表格 | dmp | 保留 / 重转 / 换图 |
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| B1 | 行号剥离 | jama | 剥离 / 退回要定稿 |
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| B2 | 批注删除 | jama | 删（基本无争议） |
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| B3 | 修订词对 | jama | 人工定稿对照（不宜自动） |
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| B4/B5 | 占位符/坏日期 | jama | 保留标记 / 人工修 |
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| C1 | 层级重建 | dmp, ejhf | 推断层级 / 保持平级 |
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| C2 | 标题合并 | jama, sim | 合并（低风险） |
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| C3/C4 | 乱码标题/页眉 | dmp | 人工改 / 删 |
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| D1 | 表格展开 | 全部 | GFM / 缩进 HTML / 不动 |
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| D2 | 实体还原 | dmp, ejhf | 还原（低风险） |
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| D3/D4/D5 | 表格结构修复 | dmp, springer | 人工修 / 标记低可信 |
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| E1 | 乱码专名 | dmp | 人工替换 |
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| E2 | 断词拼接 | dmp, sim | 保守合并+白名单 |
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| E3 | 段内合并 | jama, ejhf, springer | 启用（对 RAG 影响大） |
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| E4 | 段落归位 | springer | 人工 |
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| F1 | 编号并入 | sim, springer | 对照处理 |
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| F2 | 公式纠错 | sim | 人工（含义级） |
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| F3/F4 | 公式空格 | sim, springer | 保守规范化 |
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| G1 | 上标统一 | jama, ejhf, springer | 定一种风格 |
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| G2 | 数字格式 | ejhf, dmp | 统一 / 保留原文 |
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| G3 | 参考文献分隔 | dmp, springer | 统一空行 |
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| H1 | arXiv 戳 | sim, springer | 删+接段（勿伤引文） |
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| H2 | 封面页 | ejhf | 删 |
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| H3 | 图片路径 | 全部 | 现状 / 改写 / 断链校验 |
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## 7. 与既有审计的关系
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`research-wiki/reference/GOVDOC_SAAS_CLEANING_SCOPE.md`（45 份政务文档审计，原名 MARKDOWN_CLEANING_AUDIT.md）中的幻觉、重复、页眉页脚等类别在本批论文中部分复现（C4/D2/H1 对应旧审计的 D001/L001 类），但本批新增了论文特有的类别：修订稿痕迹（B 类）、公式问题（F 类）、引用上标混用（G1）、截断缺失（A 类）。若后续建立通用清洗规则库，B/F/G 类需要论文 profile，不宜进默认规则。
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